Konflikt
Die Kämpfe begannen am 12. Januar 1904 in der Kleinstadt Okahandja, dem Sitz des Herero-Häuptlings unter dem paramount leader Samuel Maharero. Es ist bis heute unklar, wer die ersten Schüsse abfeuerte, aber bis zum Mittag dieses Tages hatten Herero-Kämpfer das deutsche Fort belagert. In den folgenden Wochen breiteten sich die Kämpfe über das zentrale Hochland aus. Um die Situation unter Kontrolle zu bringen, erließ Maharero spezielle Einsatzregeln, die Gewalt gegen Frauen und Kinder ausschlossen. Dennoch wurden bei diesen Angriffen 123 Siedler und Soldaten getötet, darunter mindestens vier Frauen.
Maj. Theodor Leutwein, Militärkommandant und Gouverneur der Kolonie, leitete die deutsche Reaktion. Da die Herero gut bewaffnet und zudem der deutschen Kolonialgarnison zahlenmäßig deutlich überlegen waren, favorisierte er eine Verhandlungslösung des Konflikts. Er wurde jedoch vom Generalstab in Berlin überstimmt, der eine militärische Lösung forderte. Am 13. April wurden Leutweins Truppen zu einem peinlichen Rückzug gezwungen, woraufhin der Gouverneur seines militärischen Kommandos enthoben wurde. An seiner Stelle ernannte der deutsche Kaiser Wilhelm II. Generalleutnant Lothar von Trotha zum neuen Oberbefehlshaber. Er war ein Kolonialveteran der Kriege in Deutsch-Ostafrika und des Boxeraufstandes in China.
Von Trotha kam am 11. Juni 1904 an. Zu diesem Zeitpunkt hatte es seit zwei Monaten keine größeren Kämpfe mehr gegeben. Die Herero hatten sich auf das abgelegene Waterberg-Plateau am Rande der Kalahari (Wüste) geflüchtet, um sich von den deutschen Truppen und Nachschublinien zu distanzieren, um weitere Kämpfe zu vermeiden und in Sicherheit auf mögliche Friedensverhandlungen zu warten oder, falls nötig, eine gute Ausgangsposition für die Flucht ins britische Bechuanaland (heute Botswana) zu haben. Von Trotha nutzte diese Flaute, um die Herero allmählich einzukesseln. Die Verlegung seiner Truppen auf das Waterberg-Plateau war ein großes Unterfangen, wenn man bedenkt, dass die deutschen Karten dieses Gebietes unvollständig waren und dass Wasser über das zerklüftete Gelände geschleppt werden musste, zusammen mit der schweren Artillerie, die für einen erfolgreichen Angriff unerlässlich sein würde. Die erklärte Strategie des Generals war es, „diese Massen mit einem gleichzeitigen Schlag zu vernichten“
Am frühen Morgen des 11. August 1904 befahl von Trotha seinen 1.500 Soldaten den Angriff. Gegen geschätzte 40.000 Herero, von denen nur etwa 5.000 Waffen trugen, verließen sich die Deutschen auf das Überraschungsmoment und ihre modernen Waffen. Die Strategie ging auf. Der ständige Beschuss durch die Artillerie veranlasste die Herero-Kämpfer zu einer verzweifelten Offensive, die von den deutschen Maschinengewehren erwartet wurde. Am späten Nachmittag waren die Herero besiegt. Eine schwache deutsche Flanke im Südosten ermöglichte jedoch dem Großteil der Herero eine verzweifelte Flucht in die Kalahari. Bei diesem Exodus ins britische Bechuanaland verdursteten schließlich viele tausend Männer, Frauen und Kinder.
In den folgenden Monaten verfolgte von Trotha die Herero weiter in die Wüste. Diejenigen, die sich ergaben oder von den Deutschen gefangen genommen wurden, wurden oft kurzerhand hingerichtet. Anfang Oktober war von Trotha jedoch gezwungen, die Verfolgung aufgrund von Erschöpfung und Mangel an Vorräten aufzugeben.