Gegründet 1886 von Pastor John Andrew Parker, einem Freigelassenen, hatte die Ebenezer Baptist Church in Atlanta, Georgia nur 13 Mitglieder und kein Kirchengebäude, als Parker 1894 starb und Alfred Daniel Williams ihr zweiter Pastor wurde. Williams‘ kraftvolle Predigten und starke Führungsqualitäten ließen die Zahl der Gemeindemitglieder bis 1913 auf 750 ansteigen. Inspiriert von dem lebenslangen Wunsch, das Wort Gottes zu predigen, und einem Bekehrungserlebnis, ermöglichte es Williams‘ Zielstrebigkeit, sich ein Grundstück an der Ecke Auburn Avenue und Jackson Street in Atlanta zu sichern und 25.000 Dollar für ein Gebäude mit einem Auditorium und einer Galerie zu beschaffen, das 1.250 Menschen Platz bot. Der erste Spatenstich für das neue Gebäude erfolgte im März 1914. Nach dem Tod von Pastor Williams im Jahr 1931 übernahm Reverend Martin Luther King Sr., der Ehemann von Alberta, der Tochter von Pastor Williams, die Leitung von Ebenezer.
Pastor King leitete die Gemeinde, während seine Frau Alberta Williams King den Musikdienst leitete. Ihr Sohn, Martin Jr. wuchs in dieser nährenden christlichen Umgebung auf. Er hielt seine erste Predigt in der Kirche im Jahr 1948, als er 19 Jahre alt war, und wurde bald darauf zum Pastor ordiniert. Einige der nachhaltigsten Predigten von Dr. Martin Luther King, Jr. wurden in Ebenezer gehalten, darunter “The Dimensions of a Complete Life“, “What Is Man?“ und “Loving Your Enemies“
Als der jüngere King 1954 sein Doktoratsstudium an der Boston (Massachusetts) University School of Theology abschloss, nahm er eine Pastorenstelle an der Dexter Avenue Baptist Church in Montgomery, Alabama an. Die Mitglieder der Ebenezer Baptist Church nahmen zahlreich an seinem Einführungsgottesdienst teil. Er schloss sich seinem Vater bei Ebenezer als Co-Pastor an und diente von 1960 bis 1968, als er ermordet wurde. Sein Bruder, A. D. Williams King, diente nach der Ermordung als Co-Pastor. „Daddy“ King, wie Rev. Martin Luther King, Sr. genannt wurde, übte diese Funktion bis zu seinem Tod 1975 aus.
Im Jahr 1980 wurde die Martin Luther King, Jr. National Historic Site gegründet. Die Stätte besteht aus mehreren Gebäuden, die sich rund um das King-Haus an der Auburn Avenue in Atlantas historischem Stadtteil Sweet Auburn befinden. Zu diesen Gebäuden gehört auch die ursprüngliche Ebenezer Baptist Church, die eine wichtige Rolle bei der Erforschung von Dr. Kings Leben und Wirken spielt. Die Stätte erstreckt sich über 35 Hektar. Es gibt ein Besucherzentrum mit einem Museum der amerikanischen Bürgerrechtsbewegung, das den Weg von Dr. Martin Luther King, Jr. illustriert. Es gibt einen „I Have a Dream“ International World Peace Rose Garden und eine Gedenkstätte zu Ehren von Mohandas K. Gandhi. Der „International Civil Rights Walk of Fame“ ehrt diejenigen, die mit ihren Opfern dazu beigetragen haben, dass Gleichberechtigung für alle Realität wurde.
Heute dient Ebenezer Baptist mit einer Gemeinde von 6.000 Menschen der Gemeinde von Atlanta von ihrer neuen Einrichtung in der King Historic Site aus unter der Leitung von Reverend Dr. Raphael G. Warnock. Dr. Warnock diente zuvor als Assistenzpastor der Abyssinian Baptist Church in New York City und als leitender Pastor der Douglas Memorial Community Church in Baltimore, Maryland. Er ist erst der fünfte Pastor, der die Ebenezer-Gemeinde leitet und seit 2005 in dieser Funktion tätig ist.