Ile Sudest, die größte Insel, wurde erst in der letzten Hälfte des 18. Jahrhunderts besiedelt, zu der Zeit, als die anderen Atolle der Chagos von den Franzosen besiedelt wurden.
Commander Robert Moresby machte eine Vermessung dieses Atolls und kartierte es 1838. Zu dieser Zeit befand sich eine Kokosnussplantage auf diesem Atoll. Es wurde ein Damm gebaut, der die Inseln miteinander verband, und es wurde etwas Landgewinnung betrieben. Schließlich verschmolzen einige der Inseln miteinander.
Die Egmont-Inseln waren in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts nicht mehr bewohnt, zu der Zeit, als die Chagossianer oder Ilois von den Chagos vertrieben wurden.
In den Jahren 1972-73 gab es eine Unterwasser-Expedition zu den Egmont-Inseln durch die Joint Services (JSEI). Geleitet von Sqn Leader „Dickie“ Bird RAF, war es die erste Expedition dieser Art auf den Chagos. Cdr Alan Baldwin RN war der stellvertretende Leiter und die wissenschaftliche Arbeit wurde unter der Leitung von Dr. David Bellamy durchgeführt. Ihr Ziel war es, die Entstehung und das Wachstum von Korallenriffen sowie die Flora und Fauna der Inseln zu untersuchen. Die Expeditionsmitglieder wurden von Gan, Addu Atoll, mit RFA Gold Ranger zum Egmont Atoll gebracht und nach Abschluss der Untersuchungen mit RFA Stromness zurück nach Gan gebracht. Nach dem Erfolg wurde im darauffolgenden Jahr eine zweite Expedition nach Danger Island unternommen.