Francis Cabot Lowell wurde in Newburyport, Massachusetts, als Sohn von John Lowell, einem prominenten Anwalt, und Susanna Cabot, der Tochter einer wohlhabenden Familie von Handelsschiffern, geboren. Lowell erwarb 1793 einen Abschluss in Harvard und fuhr kurz darauf auf den Schiffen der Familie zur See. Durch seine Heirat mit Hannah Jackson im Jahr 1798 kam er in den Besitz zweier weiterer bedeutender Schifffahrtsfamilien. Bis 1810 war er selbst ein bedeutender Kaufmann; sein Handel erstreckte sich auf Europa, Kanada, Indien und China.
Im Jahr 1810 unternahm Lowell einen längeren Besuch in England, wo er von dem in Amerika noch nicht erhältlichen Webstuhl fasziniert war. Da es illegal war, Modelle oder Entwürfe zu exportieren, studierte er die Webstühle so gründlich, dass er sie nach seiner Rückkehr nach Boston mit Hilfe eines geschickten Mechanikers, Paul Moody, aus seinem Gedächtnis und Zeichnungen nachbauen lassen konnte. Der Webstuhl war entscheidend für den amerikanischen Versuch, in der Textilherstellung konkurrenzfähig zu werden, zu einer Zeit, als Kapital und technologische Überlegenheit noch den Engländern gehörten.
Die Boston Manufacturing Company wurde 1812 mit einem genehmigten Kapital von 400.000 Dollar gegründet. Lowell, fünf Schwager und andere Kaufleute stellten die großen Kapitalsummen zur Verfügung, die für das Unternehmen notwendig waren, das sich schnell zu einem Großunternehmen entwickelte. Im Jahr 1814 wurde in Waltham, Massachusetts, eine Mühle in Betrieb genommen, die nicht nur den Kraftwebstuhl nutzte, sondern auch zum ersten Mal alle Prozesse des Spinnens und Webens von Baumwolltuch unter einem Dach vereinte. Die Waltham-Mühle war die Mutter der berühmten Mühlen in Lowell, Massachusetts. Lowell war eine der ersten amerikanischen Kompaniestädte und zeichnete sich durch einen Paternalismus aus, der sowohl gelobt als auch verdammt wurde.
Lowell war ein aktiver Lobbyist für den Schutzzoll und war 1816 einflussreich bei der Durchsetzung des ersten amerikanischen Zolltarifs, der das Prinzip der „infant industries“ anerkannte und einen erheblichen Zoll auf ausländische Baumwollwaren vorsah. Lowell starb im frühen Alter von 42 Jahren und hinterließ eine Tochter und drei Söhne, von denen einer, Francis Cabot Lowell II, die Managementfähigkeiten seines Vaters und eine führende Position in der expandierenden Textilindustrie erben sollte. Nach Lowells Tod im Jahr 1817 produzierten die miteinander verbundenen Familienunternehmen auch Textilmaschinen.