Mission San Juan Capistrano war in seiner 240-jährigen Geschichte Heimat für viele Menschen. Seine Geschichte besteht aus Erinnerungen und Geschichten seiner früheren Bewohner und heutigen Besucher. Es ist ein Ort von historischer, kultureller und religiöser Bedeutung sowie ein Ort der Inspiration und Bildung.
Die Mission San Juan Capistrano wurde am 1. November 1776 von Junipero Serra als siebte von 21 Missionen, die von den Spaniern in Kalifornien errichtet wurden, dauerhaft gegründet. Sie war ursprünglich Ende Oktober 1775 begonnen worden, musste aber nach nur einer Woche wieder aufgegeben werden. Eine Kriegspartei der Kumeyaay zerstörte Anfang November die Mission San Diego, und die Soldaten wurden nach San Diego zurückbeordert, um die dortige Garnison zu verstärken. Die Priester mussten mit den Soldaten nach San Diego gehen.
Die Mission San Juan Capistrano wurde gegründet, um die territorialen Grenzen Spaniens zu erweitern und um das Christentum unter den Ureinwohnern Kaliforniens zu verbreiten. Missionen und Presidios (Forts) sollten die wichtigsten Institutionen für die Ausbreitung der spanischen Herrschaft sein. Die Missionen sollten die Eingeborenen davon überzeugen, katholisch zu werden und ihnen die Grundlagen des spanischen Landwirtschafts- und Dorflebens vermitteln. Das Ziel war es, sie in selbständige spanische Untertanen und Mitglieder der kolonialen Ordnung zu verwandeln. Presidios sollten die Missionen vor feindlichen Eingeborenen schützen und auch das Gebiet vor einem möglichen Einfall Russlands oder anderer europäischer Mächte bewahren.
Die Gründung der Mission San Juan Capistrano im Jahr 1776 bedeutete viele Veränderungen und Herausforderungen für die einheimischen Acjachemen (Ah-HAWSH-eh-men). Die Spanier brachten neue Arten von Technologie, Kleidung, Nahrung, Tieren und Ideen mit. Die Missionare ermutigten die Acjachemen, den katholischen Glauben kennenzulernen und sich taufen zu lassen, um der Mission beizutreten. Der offizielle Beitritt zur Mission bedeutete jedoch, dass die Acjachemen fast alles an ihrem Leben ändern mussten. Sie mussten ihre Kultur, ihre Sprache, ihre Religion, ihre Arbeit, ihre Kleidung, ihr Essen und sogar ihren Tagesablauf ändern.
Die Entscheidung, den Missionen beizutreten, war nicht immer einfach. Der kalifornische Missionshistoriker Steven Hackel erklärt, mit der Ankunft der Spanier „kamen Pferde, Maultiere, Ochsen und Schafe, und sie vermehrten sich und gediehen. Sie zerstörten auch die einheimische Pflanzen- und Tierwelt und prägten einen Großteil der heute so typischen kalifornischen Hügellandschaft, in der außer Eichen und trockenen Gräsern nichts mehr wächst. Die Ureinwohner des Staates waren gezwungen, neue Nahrungsquellen zu finden, und viele von ihnen hatten kaum eine andere Wahl, als ihre Dörfer zu verlassen und in die Missionen zu ziehen.“
Außerdem bedeutete das Leben in den Missionen auch, dass sie Keimen ausgesetzt waren. Mit ihrer Ankunft setzten die Spanier die amerikanischen Ureinwohner ungewollt Krankheiten wie Lungenentzündung, Tuberkulose, Masern und Syphilis aus. Ohne modernes medizinisches Wissen gab es wenig Erfolg bei der Verhinderung der Ausbreitung von Krankheiten. Enge Quartiere, schlechte sanitäre Verhältnisse und das Fehlen einer natürlichen Immunität gegen gängige europäische Krankheiten erwiesen sich als tödlich für die indigene Bevölkerung.
Schätzungsweise lebten 1770 etwa 65.000 Indianer in der Küstenzone Kaliforniens (Missionskettenzone), 1830 waren es nur noch 17.000, ein Rückgang von 74 %.
Nach 1812 begann der Niedergang der Missionen. Viele Faktoren waren am Niedergang der Mission beteiligt, darunter das Erdbeben im Dezember 1812, das die Große Steinkirche zum Einsturz brachte, der Rückgang der Geburtenrate, die steigende Sterblichkeitsrate der einheimischen Bevölkerung durch Krankheiten und die Unfähigkeit der spanischen Regierung, die Missionen angemessen zu schützen und mit benötigten Gütern zu versorgen.
Im Jahr 1821 erlangte Mexiko seine Unabhängigkeit von Spanien, wodurch Alta California ein Territorium Mexikos wurde. Unter der neuen Regierungsführung sah sich die Mission mit einem weiteren Niedergang konfrontiert.
Im Jahr 1845 verkaufte Gouverneur Pio Pico die Mission selbst. Die Mission wurde an John Forster, den Schwager von Gouverneur Pico, versteigert. Für die nächsten 20 Jahre war die Mission eine private Ranch im Besitz der Familie Forster.
Kalifornien wurde 1850 ein Staat. Der katholische Bischof von Kalifornien, Joseph Alemany, beantragte bei der US-Regierung die Rückgabe der Missionsgebäude und des Landes an die katholische Kirche. Im Jahr 1865 gab Präsident Abraham Lincoln die Mission an die katholische Kirche zurück.
Ab den 1870er Jahren und in den frühen 1900er Jahren interessierten sich Künstler, Fotografen und Visionäre für die Missionen. Viele führende Persönlichkeiten der Gemeinde schlossen sich der Kampagne zur Restaurierung an. Der Landmarks Club, angeführt von Charles Lummis und dem ortsansässigen Pater St. John O’Sullivan, waren die größten Befürworter der Erhaltung der Mission San Juan Capistrano und läuteten eine neue Ära für das Wahrzeichen ein.
Heute ist die Mission ein kulturelles Ziel, ein Ort der Inspiration, Bildung und Erhaltung und dient als ein lebendiger Ort des ständigen Lernens und der Anbetung.