Die Havasupai lebten, bewirtschafteten und jagten in ihrem traditionellen Territorium, das die Canyons und Plateaus in und um den Havasu Canyon umfasst, schon Jahrhunderte vor der Ankunft der Europäer. Im Frühling und Sommer betrieben sie Landwirtschaft in den Canyons, im Herbst und Winter zogen sie auf die Hochebenen. In den 1870er Jahren, als europäische Bergleute, Viehzüchter und Siedler in wachsender Zahl in das Gebiet von Arizona kamen, wuchs der Druck, die Havasupai und andere Stämme in kleine, abgegrenzte Reservate einzuschließen. 1882 richtete Präsident Chester Arthur per Executive Order das Havasupai-Indianerreservat ein und beschränkte den Stamm auf 518 Acres im Havasu Canyon. Der Rest ihres angestammten Landes wurde von der Bundesregierung für die öffentliche Nutzung in Beschlag genommen. Berichten zufolge wussten die Havasupai mehrere Jahre lang überhaupt nichts von der Executive Order. Die Verkleinerung ihres Landes führte zu einer Störung der Lebensweise des Stammes und zu ständigen Spannungen zwischen dem Stamm und der US-Regierung.
Mit der Gründung des Grand Canyon Nationalparks im Jahr 1919 wurde das Reservat vollständig von Nationalparkland umgeben. Durch eine Vereinbarung mit der Bundesregierung blieben das Reservat und die Pfade, die dorthin führten, dem Havasupai-Stamm vorbehalten. Der Stamm setzte sich immer wieder bei den Vereinigten Staaten dafür ein, dass ihnen mehr von ihrem angestammten Land zurückgegeben wurde, allerdings ohne Erfolg. In den 1950er Jahren schlug der Superintendent des Grand Canyon, John McLaughlin, vor, das Reservat zu übernehmen, aber er wurde vom Stamm abgewiesen.
Schließlich begann sich die Hartnäckigkeit des Stammes auszuzahlen. Im Jahr 1968 gewann der Stamm einen Prozess gegen die Regierung bei der Indian Claim Commission. Das Urteil besagte, dass das Land dem Stamm 1882 unrechtmäßig weggenommen worden war und dass der Stamm das Recht hatte, das Land zurückzuerhalten, indem er der Regierung den fairen Marktwert für das Land zahlte. Bei einem Satz von 55 Cents pro Acre wurde der Wert des Landes auf etwas mehr als eine Million Dollar festgelegt. Dennoch kämpfte der Stamm darum, das Land zurückzubekommen, ohne dafür bezahlen zu müssen. Der Stamm fand die Unterstützung der Nixon-Administration und begann, sich für die Verabschiedung der Kongressvorlage S. 1296 einzusetzen, die die Ländereien an den Stamm zurückgeben würde. Schließlich verabschiedete der US-Kongress 1975 den Grand Canyon National Park Enlargement Act, der von Präsident Gerald Ford am 4. Januar 1975 unterzeichnet wurde. Unter anderem gab das Gesetz den Havasupai 188.077 Acres (76.112 ha) an Plateau- und Canyonland zurück, was heute das Reservat bildet.
Der Stamm spricht immer noch Yuman, eine von etwa 200 indigenen Sprachen, die noch in Nordamerika gesprochen werden.