Die Darsteller und die Crew des Films reisen mit dem Bus in die israelische Wüste, um die Passion Christi nachzuspielen. Sie bauen ihre Requisiten zusammen und ziehen ihre Kostüme an. Einer aus der Gruppe, Ted Neeley, ist von den anderen umgeben. Er zieht ein weißes Gewand an und entpuppt sich als Jesus („Ouvertüre“).
Die Geschichte beginnt mit Judas, der sich Sorgen um die Popularität Jesu macht; er wird als Sohn Gottes gefeiert, aber Judas hat das Gefühl, dass er zu sehr an seine eigene Botschaft glaubt. Judas fürchtet die Konsequenzen ihrer wachsenden Bewegung („Heaven on Their Minds“). Die anderen Jünger fragen Jesus vergeblich nach Informationen über seine zukünftigen Pläne („What’s the Buzz?“). Judas trifft ein und erklärt daraufhin, dass Jesus nicht mit Leuten wie Maria Magdalena (die historisch gesehen als Prostituierte gilt) verkehren sollte; das dämpft die Stimmung („Strange Thing Mystifying“). Wütend sagt Jesus zu Judas, er solle Maria in Ruhe lassen, weil seine eigene Weste nicht rein sei. Jesus beschuldigt dann alle Apostel, sich nicht um ihn zu kümmern. In dieser Nacht im Tempel ist Kaiphas besorgt, dass das Volk Jesus zum König krönen wird, was die Römer für einen Aufstand halten werden. Hannas versucht, seine Ängste zu beschwichtigen, aber schließlich sieht er Kaiphas‘ Standpunkt ein. Hannas schlägt vor, den Rat einzuberufen und ihm Kaiphas‘ Befürchtungen zu erklären. Kajaphas stimmt zu („Dann sind wir entschieden“). Als Jesus und die Apostel sich für die Nacht niederlassen, besänftigt Maria ihn mit einer teuren Salbe. Judas sagt, dass solches Geld den Armen gegeben werden sollte, anstatt es so zu vergeuden. Jesus weist ihn erneut zurecht…und erklärt, dass die Armen immer da sein werden, aber er selbst nicht („Everything’s Alright“).
Am nächsten Tag im Tempel von Jerusalem diskutiert der Priesterrat seine Ängste über Jesus. Kaiphas sagt ihnen, dass es nur eine Lösung gibt: wie Johannes der Täufer muss Jesus um des Volkes willen hingerichtet werden („Dieser Jesus muss sterben“). Als Jesus und seine Anhänger freudig in Jerusalem ankommen, befiehlt Kaiphas ihm, die Menge aufzulösen, aus Angst vor einem Aufstand. Jesus antwortet, dass eine solche Geste zwecklos wäre, und fährt stattdessen fort, die Massen zu grüßen („Hosanna“). Später äußern Simon der Zelot und eine Horde anderer Zeloten ihre Bewunderung für Jesus („Simon Zealotes“). Obwohl Jesus dies zunächst zu schätzen weiß, wird er besorgt, als Simon vorschlägt, die Menge zu einem Aufstand gegen die römischen Besatzer zu bewegen. Jesus weist diesen Vorschlag traurig zurück und sagt, dass sie seine wahre Absicht nicht verstehen („Armes Jerusalem“).
Pontius Pilatus, der römische Statthalter von Judäa, offenbart, dass er von einem galiläischen Mann (Jesus) geträumt hat und dass er für den Tod dieses Mannes verantwortlich gemacht wird („Pilatus‘ Traum“). Jesus und seine Anhänger kommen im Tempel an, der von Geldwechslern und Prostituierten in Beschlag genommen wurde („Der Tempel“). Die wütenden Priester sehen aus dem Hintergrund zu, wie ein wütender Jesus zum Entsetzen von Judas die Stände zerstört und die Verkäufer zwingt, zu gehen („Mein Tempel soll sein…“). Als Jesus allein außerhalb der Stadt wandert, wird er von Aussätzigen umringt, die seine Hilfe suchen. Jesus heilt so viele von ihnen wie möglich, wird aber von ihrer schieren Anzahl überwältigt; schließlich gibt er auf und schreit sie an, ihn in Ruhe zu lassen. In dieser Nacht tröstet Maria Jesus beim Einschlafen („Everything’s Alright“). Maria liebt Jesus, ist aber verwirrt, weil er so anders ist als jeder andere Mann, dem sie begegnet ist („I Don’t Know How to Love Him“). Judas geht zu den Priestern und äußert seine Bedenken, zusammen mit seinen Sorgen über die Konsequenzen des Verrats an Jesus („Damned for All Time“). Die Priester nutzen Judas‘ Zweifel aus und bieten ihm Geld an, wenn er sie zu Jesus führt. Judas lehnt zunächst ab, aber Kaiphas und Hannas überzeugen ihn mit dem Hinweis, dass er das Geld verwenden könnte, um den Armen zu helfen. Judas verrät, dass Jesus am Donnerstagabend im Garten Gethsemane sein wird („Blutgeld“).
Beim letzten Abendmahl (tagsüber in einem Garten im Freien) offenbart Jesus, dass er weiß, dass Petrus ihn verleugnen wird…und dass Judas ihn verraten wird. Es kommt zu einem erbitterten Streit zwischen Jesus und Judas, als Judas Jesus beschimpft, weil er (angeblich) genau die Hoffnungen und Ideale zerstört hat, die er ihnen selbst gegeben hat. Judas droht, Jesu Ehrgeiz zu ruinieren, indem er dort bleibt, ohne ihm zu helfen, die Herrlichkeit zu erreichen. Jesus sagt ihm, er solle gehen – und weist ihn darauf hin, dass „sie auf dich warten!“ — was er schließlich auch tut („Das letzte Abendmahl“). Als die Apostel einschlafen, geht Jesus tiefer in Gethsemane, um über seinen bevorstehenden Tod zu beten; widerwillig stimmt er zu, mit Gottes Plan fortzufahren („Gethsemane/I only want to say“). Jesus wartet auf Judas, der tatsächlich eintrifft… in Begleitung von Wachen. Er verrät Jesus mit einem Kuss. Die Jünger bieten an, gegen die Wachen zu kämpfen, halten sich aber auf Jesu Drängen hin zurück. Jesus wird zum Haus des Kaiphas gebracht, der Gotteslästerung für schuldig befunden und zu Pilatus geschickt („Die Verhaftung“). Petrus wird unterdessen beschuldigt, einer von Jesu Anhängern zu sein; ängstlich leugnet er Jesus dreimal („Petrus‘ Verleugnung“). Jesus wird zu Pilatus‘ Wohnsitz gebracht; der Statthalter verspottet ihn, ohne zu wissen, dass Jesus der Mann aus seinem Traum ist. Da er nicht mit Juden verhandelt, schickt Pilatus Jesus zu König Herodes („Pilatus und Christus“). Der extravagante Herodes ist begeistert, Jesus endlich zu treffen, denn das ist die Chance, den Hype zu bestätigen, der um ihn gemacht wurde. Herodes drängt Jesus dazu, verschiedene Wunder zu vollbringen; als er das nicht tut, tut er ihn als harmlosen Schwindler ab. Er lässt die Wachen Jesus zu Pilatus zurückbringen („King Herod’s Song/Try It And See“).
Maria und die Apostel erinnern sich daran, wie alles begann, und wünschen sich, dass ihre Situation nicht so aus dem Ruder gelaufen wäre („Could We Start Again Please?“). Jesus wird in eine Zelle geworfen; dort wird er von Judas gesehen, der nun seine Rolle bei der Verhaftung bereut. Judas wirft sein Geld auf den Boden und verflucht die Priester, bevor er in die Wüste rennt. Überwältigt von Trauer und Reue über den Verrat an Jesus, gibt Judas Gott die Schuld an seinem Unglück, indem er ihm die Rolle des Verräters gibt. Während Judas sich erhängt („Judas‘ Tod“), wird Jesus zurück zu Pilatus gebracht, der ihn verhört; Herodes ist ebenfalls anwesend, macht sich aber angesichts seiner Verachtung für Jesus nicht die Mühe, auszusagen. Kaiphas sagt im Namen des Herodes aus. Obwohl er Jesus für einen Wahnsinnigen hält, erkennt Pilatus, dass er kein wirkliches Verbrechen begangen hat. Er lässt Jesus geißeln; Herodes ist zunächst schadenfroh, dann aber empört und schließlich entsetzt. Pilatus‘ verwirrte Gleichgültigkeit verwandelt sich in einen Rausch der Verwirrung und des Zorns … hauptsächlich über den irrationalen Blutdurst der Menge, aber auch über die unerklärliche Resignation Jesu und seine Weigerung, sich zu verteidigen. Pilatus erkennt, dass er keine andere Wahl hat, als Jesus hinrichten zu lassen, oder die Massen werden gewalttätig („Trial Before Pilate; the Thirty-Nine Lashes“). Ein wütender Pilatus verhängt das Todesurteil, wie von den Priestern gefordert. Pilatus macht dann eine große Show, indem er seine Hände in Unschuld wäscht, was das Schicksal Jesu betrifft. Die Erscheinung Jesu verwandelt sich, der Himmel öffnet sich und ein in einen weißen Overall gekleideter Judas steigt an einem silbernen Kreuz herab. Judas beklagt, dass Jesus heute, in den 1970er Jahren, als Messias hätte zurückkehren sollen; er wäre beliebter gewesen und seine Botschaft hätte sich leichter verbreiten lassen. Judas fragt sich auch, was Jesus von den Propheten anderer Religionen hält… und schließlich, ob Jesus glaubt, dass er der ist, für den sie ihn halten, womit er möglicherweise den Sohn Gottes meint („Superstar“). Judas‘ Fragen bleiben unbeantwortet. Jesus wird zum Sterben geschickt („The Crucifixion“), untermalt von unheilvoller, atonaler Musik; er sagt einige seiner letzten Worte, bevor er stirbt.
Am Ende des Films steigen die Darsteller (jetzt ohne Kostüm) in ihren Bus. Nur Barry Dennen, Yvonne Elliman und Carl Anderson – die jeweils Pilatus, Maria Magdalena und Judas gespielt haben – bemerken, dass ihr Kollege Ted Neeley, der Jesus gespielt hat, zu fehlen scheint. Anderson hält sich am hinteren Eingang des Busses fest, als dieser gerade anspringt und losfährt. In einer Schlusseinstellung, die der von Ben Hur ähnelt, überquert ein Hirte mit seiner Herde den Berghang unter dem nun leeren Kreuz („John Nineteen Forty-One“).