Zu den Subspezialitäten der Kinderchirurgie selbst gehören: die Neugeborenenchirurgie und die fetale Chirurgie.
Auch in anderen Bereichen der Chirurgie gibt es eigene pädiatrische Spezialgebiete, die während der Assistenzzeit und in einem Fellowship weiter ausgebildet werden müssen: Pädiatrische Kardiothorax-Chirurgie (Chirurgie am Herzen und/oder an der Lunge des Kindes, einschließlich Herz- und/oder Lungentransplantation), Pädiatrische Nephrologische Chirurgie (Chirurgie an den Nieren und Harnleitern des Kindes, einschließlich Nieren- oder Nierentransplantation), Pädiatrische Neurochirurgie (Chirurgie am Gehirn, zentralen Nervensystem, Rückenmark und den peripheren Nerven des Kindes), Pädiatrische Urologische Chirurgie (Chirurgie an der Harnblase des Kindes und anderen Strukturen unterhalb der Niere, die für die Ejakulation notwendig sind), Pädiatrische Notfallchirurgie, Chirurgie an Föten oder Embryonen (Überschneidung mit der geburtshilflichen/gynäkologischen Chirurgie, der Neonatologie und der maternal-fetalen Medizin), Chirurgie an Jugendlichen oder jungen Erwachsenen, pädiatrische hepatologische (Leber) und gastrointestinale (Magen und Darm) Chirurgie (einschließlich Leber- und Darmtransplantation bei Kindern), pädiatrische orthopädische Chirurgie (Muskel- und Knochenchirurgie bei Kindern), pädiatrische plastische und rekonstruktive Chirurgie (z. B. bei Verbrennungen oder bei angeborenen Defekten wie Gaumenspalten, die nicht die großen Organe betreffen) und pädiatrische onkologische Chirurgie (Krebserkrankungen bei Kindern).