Die Religionsfreiheit in Ägypten wird durch eine diskriminierende und restriktive Regierungspolitik in unterschiedlichem Ausmaß beeinträchtigt. Auch die koptischen Christen als größte religiöse Minderheit in Ägypten sind davon negativ betroffen. Nach dem Staatsstreich von Gamal Abdel Nasser im Jahr 1952 wurden die Kopten zunehmend an den Rand gedrängt. Bis vor kurzem mussten Christen selbst für kleinere Reparaturen in Kirchen die Genehmigung des Präsidenten einholen. Obwohl das Gesetz 2005 gelockert wurde, indem die Genehmigungsbefugnis an die Gouverneure übertragen wurde, sehen sich Kopten weiterhin vielen Hindernissen und Einschränkungen beim Bau neuer Kirchen gegenüber. Diese Einschränkungen gelten nicht für den Bau von Moscheen.
Die koptische Gemeinde wurde von islamischen Extremisten mit Hassverbrechen bedroht. Das bedeutendste war der Anschlag in El Kosheh im Jahr 2000, bei dem es nach einem Streit zwischen einem Muslim und einem Christen zu blutigen interreligiösen Zusammenstößen kam. „Zwanzig Christen und ein Muslim wurden getötet, nachdem in der Stadt el-Kosheh, 440 Kilometer südlich von Kairo, Gewalt ausgebrochen war“. International Christian Concern berichtete, dass im Februar 2001 Muslime eine neue ägyptische Kirche und die Häuser von 35 Christen verbrannten, und dass im April 2001 ein 14-jähriges ägyptisches christliches Mädchen entführt wurde, weil man glaubte, dass ihre Eltern einer Person Unterschlupf gewährten, die vom Islam zum Christentum konvertiert war.
Im Jahr 2006 griff eine Person drei Kirchen in Alexandria an, tötete eine Person und verletzte 5-16. Der Angreifer stand in keiner Verbindung zu einer Organisation und wurde vom Innenministerium als „psychisch gestört“ beschrieben. Im Mai 2010 berichtete das Wall Street Journal über zunehmende Wellen von Mob-Angriffen durch Muslime gegen ethnische Kopten. Trotz verzweifelter Hilferufe traf die Polizei in der Regel erst ein, als die Gewalt schon vorbei war. Die Polizei zwang die Kopten außerdem, eine „Versöhnung“ mit ihren Angreifern zu akzeptieren, um eine strafrechtliche Verfolgung zu vermeiden, wobei kein Muslim für einen der Angriffe verurteilt wurde. In Marsa Matrouh versuchte ein Beduinenmob von 3.000 Muslimen, die koptische Bevölkerung der Stadt anzugreifen, wobei sich 400 Kopten in ihrer Kirche verbarrikadieren mussten, während der Mob 18 Häuser, 23 Geschäfte und 16 Autos zerstörte.
Der Journalist John R. Bradley schrieb etwa 2008:
“ … andere langjährige koptische Beschwerden beinhalten die Unterrepräsentation von Christen in der Polizei, der Justiz, den Streitkräften, dem öffentlichen Dienst, der Regierung und dem Bildungssystem. Außerdem ist der Zugang zum staatlich kontrollierten Radio und Fernsehen praktisch verboten. Ein oft zitiertes Beispiel für offizielle Diskriminierung ist ein Gesetz, das bis vor kurzem eine persönliche Genehmigung des Präsidenten erforderte, um selbst einfache Kirchenreparaturen durchzuführen, wie z.B. die Reparatur einer Toilette, und das für Verzögerungen von mehr als einem Jahrzehnt bei der Erteilung von Baugenehmigungen für Kirchen verantwortlich gemacht wurde. Mubarak lockerte das Gesetz 2005 und übertrug die Verantwortung an lokale Gouverneure.“
Mitglieder des US-Kongresses haben sich besorgt über „Menschenhandel“ geäußert. Kongresses haben sich besorgt über den „Menschenhandel“ mit koptischen Frauen und Mädchen geäußert, die Opfer von Entführungen, Zwangskonvertierung zum Islam, sexueller Ausbeutung und Zwangsverheiratung mit muslimischen Männern sind.
Boutros Boutros-Ghali war ein Kopte, der unter Präsident Anwar Sadat als Außenminister Ägyptens diente. Während des Mubarak-Regimes gab es zwei Kopten, die im ägyptischen Regierungskabinett dienten: Finanzminister Youssef Boutros Ghali und Umweltminister Magued George. Es gab auch einen koptischen Gouverneur von 25, nämlich den des oberägyptischen Gouvernements Qena, und damit den ersten koptischen Gouverneur seit einigen Jahrzehnten. Außerdem ist Naguib Sawiris, ein äußerst erfolgreicher Geschäftsmann, ein Kopte, der während dieser Ära in Ägypten lebte. Im Jahr 2002, unter der Regierung Mubarak, wurde das koptische Weihnachtsfest (7. Januar) als offizieller Feiertag anerkannt. Viele Kopten beklagen sich jedoch weiterhin darüber, dass sie in der Strafverfolgung, der Staatssicherheit und in öffentlichen Ämtern kaum vertreten sind und in der Arbeitswelt aufgrund ihrer Religion diskriminiert werden. Die meisten Kopten unterstützen keine Unabhängigkeits- oder Trennungsbewegung von anderen Ägyptern.
Kopten sind in der ägyptischen Politik, Bürokratie und Gesellschaft unterrepräsentiert und marginalisiert. Minorities at Risk berichtet, dass es keine christlichen Gouverneure, Universitätspräsidenten oder Dekane im Land gibt. Die offizielle und inoffizielle Diskriminierung von Kopten äußert sich in Form von Benachteiligungen im Bildungswesen und im Justizsystem, Gewalt durch militante Islamisten und Einschränkungen bei religiösen Aktivitäten und Äußerungen.
Während die Religionsfreiheit in der ägyptischen Verfassung garantiert ist, können laut Human Rights Watch „Ägypter im Allgemeinen ohne Schwierigkeiten zum Islam konvertieren, aber Muslime, die zum Christentum konvertieren, haben Schwierigkeiten, neue Ausweispapiere zu bekommen, und einige wurden verhaftet, weil sie solche Dokumente angeblich gefälscht haben.“ Die koptische Gemeinde bemüht sich jedoch, Konversionen vom Christentum zum Islam zu verhindern, da es Christen oft leicht fällt, Muslime zu werden. Beamte, die selbst konservativ sind, verschärfen die Komplexität der rechtlichen Verfahren, die erforderlich sind, um den Religionswechsel wie gesetzlich vorgeschrieben anzuerkennen. Die Sicherheitsbehörden behaupten manchmal, dass solche Konversionen vom Islam zum Christentum (oder gelegentlich auch umgekehrt) soziale Unruhen auslösen könnten, und rechtfertigen damit, dass sie die Betroffenen zu Unrecht inhaftieren, indem sie darauf bestehen, dass sie lediglich Maßnahmen ergreifen, um mögliche soziale Unruhen zu verhindern. Im Jahr 2007 verweigerte ein Kairoer Verwaltungsgericht 45 Bürgern das Recht, Ausweispapiere zu erhalten, die ihren Übertritt zum Christentum dokumentieren, nachdem sie zum Islam konvertiert waren. Im Februar 2008 hob das Oberste Verwaltungsgericht die Entscheidung jedoch auf und erlaubte 12 Bürgern, die zum Christentum zurückgekehrt waren, ihre Religion wieder in den Personalausweis einzutragen, allerdings mit dem Hinweis, dass sie für kurze Zeit den Islam angenommen hatten.
Die ägyptische Volkszählung von 1897 gab den Anteil der Nicht-Muslime in den städtischen Provinzen mit 14,7% an (13,2% Christen, 1,4% Juden). Die ägyptische Volkszählung von 1986 gab den Anteil der Nicht-Muslime in den städtischen Provinzen mit 6,1 % an (5,7 % Christen, 0 % Juden). Der Rückgang des jüdischen Anteils wird durch die Gründung des Staates Israel und die anschließende Auswanderung der ägyptischen Juden interpretiert. Eine Erklärung für den Rückgang des Anteils der Christen in Ägypten um 55% gibt es nicht. Es wird vermutet, dass die ägyptischen Volkszählungen, die nach 1952 durchgeführt wurden, politisiert wurden, um die christliche Bevölkerung zu unterrepräsentieren.
Im August 2013, nach dem Putsch vom 3. Juli 2013 und den Zusammenstößen zwischen dem Militär und Morsi-Anhängern, kam es zu weit verbreiteten Angriffen auf koptische Kirchen und Einrichtungen in Ägypten durch Morsi-Anhänger. Laut mindestens einem ägyptischen Gelehrten (Samuel Tadros) handelt es sich bei den Angriffen um die schlimmste Gewalt gegen die koptische Kirche seit dem 14. Jahrhundert.
USA Today berichtete, dass „vierzig Kirchen geplündert und in Brand gesetzt wurden, während 23 weitere angegriffen und schwer beschädigt wurden“. Die Facebook-Seite der Freiheits- und Gerechtigkeitspartei der Muslimbruderschaft war laut der Journalistin Kirsten Powers „voller falscher Anschuldigungen, die den Hass gegen Kopten schüren sollen“. Auf der Seite der Partei wurde behauptet, dass die koptische Kirche „dem Islam und den Muslimen den Krieg erklärt“ habe und dass „der Papst der Kirche an der Absetzung des ersten gewählten islamistischen Präsidenten beteiligt ist. Der Papst der Kirche behauptet, die islamische Scharia sei rückständig, starrsinnig und reaktionär.“ Am 15. August veröffentlichten neun ägyptische Menschenrechtsgruppen unter dem Dachverband „Egyptian Initiative for Personal Rights“ eine Erklärung, in der es heißt:
Im Dezember … begannen Führer der Bruderschaft, antichristliche sektiererische Hetze zu schüren. Die antikoptische Hetze und Drohungen setzten sich bis zu den Demonstrationen vom 30. Juni unvermindert fort und gingen mit der Absetzung von Präsident Mursi … in sektiererische Gewalt über, die durch … die fortgesetzte antikoptische Rhetorik der Gruppenführer auf der Bühne … während des gesamten Sit-in sanktioniert wurde.