Seretse Khama wurde am 1. Juli 1921 in Serowe, Bechuanaland (heute Botswana) geboren. Sein Großvater war Kgosi (König) Khama III, bekannt als Khama der Gute, der Herrscher des Bangwato-Volkes. Unter seiner Herrschaft und mit seiner Zustimmung war Bechuanaland im 19. Jahrhundert unter britischen Schutz gestellt worden. Seretse’s Name bedeutet „der Ton, der verbindet“ und bezog sich auf die Versöhnung nach einem Zerwürfnis zwischen seinem Vater und Großvater. Im Jahr 1925 folgte Seretse Khama seinem Vater auf den Thron, aber sein Onkel Tshekedi Khama wurde der neue Regent und Vormund des vierjährigen Kgosi.
Seretse wurde für seine Ausbildung nach Südafrika geschickt, und 1944 schloss er das Fort Hare University College mit einem BA-Abschluss ab. Danach ging er nach England, um sein Jurastudium fortzusetzen, zunächst am Balliol College in Oxford, dann am Inner Temple in London. Im Jahr 1947 lernte er Ruth Williams kennen, die Tochter eines pensionierten Armeeoffiziers. Sie heirateten im September 1948. Seretses Onkel Tshekedi befahl ihm, nach Hause zu kommen, um ihn für seine Heirat mit einer weißen Frau zu tadeln. Er wollte, dass Seretse sich scheiden lässt, aber Seretse schaffte es, die Gunst des Volkes zu gewinnen. Er wurde als Kgosi anerkannt und Ruth als seine Frau.
Südafrika war nicht bereit, dies in einem Gebiet zu akzeptieren, das so strategisch zwischen ihnen und Rhodesien lag, und verhandelte mit Großbritannien, Seretse die Häuptlingswürde nicht zu gewähren. Folglich wurde er 1951 nach England verbannt. Aber fünf Jahre später beschloss ein neuer Commonwealth-Minister, Großbritannien von der rassistischen Politik Südafrikas zu distanzieren, und Seretse und Ruth durften zurück nach Bechuanaland, aber nur als normale Bürger. Hier versuchte er sich in der Viehzucht und in der Lokalpolitik, aber viele hielten ihn für unnahbar am Zeitgeschehen. Seine Gesundheit, die ihn schon als Kind geplagt hatte, verschlechterte sich zusehends und 1960 wurde bei ihm Diabetes diagnostiziert. Dieser Rückschlag hinderte ihn jedoch nicht an einem politischen Comeback: Bald darauf wurde er Vorsitzender der Bechuanaland Democratic Party (BDP), die sowohl aus progressiven als auch aus konservativen Kreisen große Unterstützung erfuhr. 1965 gewann die BDP die Wahlen, und Seretse Khama wurde Premierminister. Im Jahr darauf erlangte Bechuanaland seine Unabhängigkeit von Großbritannien. Die neue Republik wurde in Botswana umbenannt, und Seretse Khama wurde ihr erster Präsident.
Das Land, das Präsident Khama erbte, war von Problemen gezeichnet. Zu dieser Zeit war es wahrscheinlich das ärmste Land Afrikas, hoch verschuldet bei Großbritannien und umgeben von weiß-regierten Staaten. Doch Khama weigerte sich, sich deren Kontrolle zu unterwerfen, und unter seiner Herrschaft wurden Botswanas Wirtschaft, Verwaltung und die Beziehungen zu anderen schwarzafrikanischen Staaten repariert und ausgebaut. Während seiner Zeit als Präsident hatte Botswana die am schnellsten wachsende Wirtschaft der Welt. Es war eine Zeit vieler Unruhen in Afrika, aber Botswana blieb frei von Krieg und Korruption.
In seinen letzten Jahren spielte er eine wichtige Rolle in der Politik des südlichen Afrikas, als er über die Zukunft Simbabwes und Südwestafrikas/Namibias verhandelte und eine Vision eines südlichen Afrikas nach dem Kolonialismus und der Apartheid entwickelte, die als Schlüsselrolle bei der Entwicklung der inzwischen gegründeten Southern African Development Community gesehen wird.
Khamas Gesundheit machte ihm weiterhin zu schaffen. Er wurde häufig und intensiv medizinisch behandelt, und am 13. Juli 1980 starb er in Gabarone, Botswana. Vor seinem Tod erlebte er jedoch noch die Unabhängigkeit Simbabwes und die Gründung der Southern African Development Coordination Conference (SADCC) im April 1980. Der 1. Juli (sein Geburtsdatum) wird in Botswana als Feiertag begangen, als Sir Seretse Khama Day.
Nachfolgend ist Seretse Khamas Sicht auf die Geschichte, zitiert aus einer Rede an der Universität von Botswana, Lesotho und Swasiland im Jahr 1970:
„auf eine sehr positive Weise, uns selbst und unsere Lebensweise zu verachten. Man hat uns glauben gemacht, dass wir keine Vergangenheit haben, von der man sprechen könnte, keine Geschichte, derer wir uns rühmen könnten. Die Vergangenheit war, soweit es uns betraf, nur eine Leerstelle und nichts weiter. Nur die Gegenwart zählte, und über die hatten wir nur sehr wenig Kontrolle. Es schien, als stünden wir vor einer definitiven Periode fremder Vormundschaft, ohne jede Hoffnung, jemals wieder unsere eigenen Herren zu werden. Das Endergebnis von all dem war, dass unser Selbstwertgefühl und unser Selbstvertrauen stark untergraben wurden.
Es sollte nun unsere Absicht sein, zu versuchen, so viel wie möglich von unserer Vergangenheit zurückzuholen. Wir sollten unsere eigenen Geschichtsbücher schreiben, um zu beweisen, dass wir eine Vergangenheit hatten, und dass es eine Vergangenheit war, die es genauso wert war, darüber zu schreiben und zu lernen wie jede andere. Wir müssen dies aus dem einfachen Grund tun, dass eine Nation ohne Vergangenheit eine verlorene Nation ist, und ein Volk ohne Vergangenheit ist ein Volk ohne Seele“.