Es gibt viele Debatten über die Definitionen von Homoplasie und Homologie und darüber, wie man sie unter den in einer phylogenetischen Analyse verwendeten Merkmalszuständen erkennt. Viele befürworten das, was ich einen „prozessualen Ansatz“ nenne, bei dem Informationen über Genetik, Entwicklung, Funktion oder andere Kriterien a priori dabei helfen, zwei Merkmalszustände als homolog oder homoplastisch zu identifizieren. Ich argumentiere, dass die Prozesse, die durch diese Kriterien repräsentiert werden, für die meisten Organismen und die meisten Merkmale nicht ausreichend bekannt sind, um zuverlässig zur Identifizierung von Homoplasien und Homologien verwendet zu werden. Stattdessen sollte, obwohl nicht narrensicher, die Phylogenie der ultimative Test für Homologie sein. Merkmalszustände werden a priori als homolog angenommen, weil dies falsifizierbar ist und weil ihre anfängliche Einbeziehung in die Merkmalszustandsanalyse auf der Annahme beruht, dass sie phylogenetisch informativ sein könnten. Fallen sie als Symplesiomorphien oder Synapomorphien in einer phylogenetischen Analyse heraus, bleibt ihr Status als Homologien unfalsifiziert. Fallen sie als Homoplasien heraus, die sich unabhängig in mehr als einer Klade entwickelt haben, wird ihr Status als homolog falsifiziert und eine Homoplasie identifiziert. Die Charakter-Status-Transformationsreihe, die funktionelle Morphologie, feinere Ebenen des morphologischen Vergleichs und die Verteilung und Korrelation der Charaktere helfen alle dabei, das Vorhandensein von Homoplasien in einer gegebenen Phylogenie zu erklären. Diese Homoplasien zu erklären und sie nicht als „Rauschen“ zu ignorieren, sollte ebenso ein Ziel der phylogenetischen Analyse sein wie die Erstellung einer Phylogenie. Anhand von Beispielen aus der Fossilaufzeichnung miozäner Hominoiden werden die Vorteile eines „Process-informs-pattern-recognition-after-the-fact“-Ansatzes zum Verständnis der Evolution von Merkmalsausprägungen aufgezeigt.