William III. und Maria II. regierten Großbritannien gemeinsam, nachdem sie König Jakob II. in der so genannten Glorreichen Revolution von 1688 abgesetzt hatten. Obwohl Mary die Tochter von James war, war sie eine überzeugte Protestantin, ebenso wie ihr Ehemann William (Prinz von Oranien), und viele Parlamentarier und Adlige wollten Mary als Monarchin anstelle ihres römisch-katholischen Vaters.Im Herbst 1688, nachdem das Parlament sie gebeten hatte, gegen König James vorzugehen, kam William mit einer Armee in England an, um ihn abzusetzen. James floh aus dem Land, dankte ab, und Mary wurde eingeladen, den Thron zu übernehmen. Maria wollte jedoch nicht allein regieren. Sie war der Meinung, dass stattdessen ihr Mann gekrönt werden sollte (er war auch ein Enkel von König Karl I.). Da William jedoch wollte, dass die Krone auf den nächsten legitimen Erben übergeht (was Mary war) und er die Krone nicht durch Eroberung beanspruchte, wurde ein Kompromiss erzielt: Mary und William würden gemeinsam regieren.
Im Jahr 1690 unternahm Marys Vater einen Versuch, den Thron zurückzuerobern, wurde aber in der Schlacht am Boyne schwer besiegt.
James war verletzt von dem, was er als Verrat seiner beiden protestantischen Töchter ansah (seine jüngere Tochter Anne unterstützte ebenfalls seine Absetzung) und verleugnete sie beide. Mary war durch die Entfremdung von ihrem Vater beunruhigt, sah es aber als ihre Pflicht an, ihren Gott, ihr Land und ihren Ehemann an die erste Stelle zu setzen.