Treponema pallidum est une bactérie qui affecte les humains dans le monde entier, causant, entre autres maladies, la syphilis et le pian. En particulier, la syphilis sexuellement transmissible est considérée comme une maladie infectieuse réémergente, avec des millions de nouvelles infections signalées chaque année. Malgré son importance historique, l’évolution et l’origine de la syphilis, et d’autres maladies tréponémiques, ne sont pas bien comprises. En particulier, une pandémie de syphilis survenue en Europe au 15e siècle a suscité un débat sur l’origine de la maladie, à savoir le Nouveau ou l’Ancien Monde. Comme les différentes maladies tréponémiques laissent des signes similaires sur les restes du squelette, il n’était pas possible auparavant d’examiner définitivement les cas de syphilis.
Dans l’étude actuelle, les chercheurs ont examiné cinq individus dont les restes ont été récupérés dans l’ancien couvent de Santa Isabel, un site historique situé dans le centre-ville de Mexico utilisé par des religieuses de l’ordre franciscain de 1681 à 1861. Les restes ont été sélectionnés sur la base des caractéristiques du squelette qui suggéraient une maladie tréponémique. Trois des individus ont été testés positifs pour l’ADN tréponémique. Comme pour 90% des individus du cimetière, les trois individus étaient des nourrissons, dont un probablement prématuré. Ils ont tous été enterrés à l’époque coloniale, il y a environ 350 ans.
Les premiers génomes anciens de la syphilis reconstitués
Des génomes entiers de T. pallidum ont été récupérés chez les trois individus, et les chercheurs ont pu déterminer que deux des individus étaient porteurs de la sous-espèce T. pallidum ssp. pallidum (qui cause la syphilis) et un T. pallidum ssp. pertenue (qui cause le pian). La distinction entre le pian et la syphilis n’était pas discernable à partir des seules preuves morphologiques. Les résultats des chercheurs montrent que les deux sous-espèces reconstituées de T. pallidum peuvent présenter des symptômes similaires mais peuvent être différenciées génétiquement dans des échantillons anciens. « Notre travail démontre la valeur de l’identification moléculaire des anciens agents pathogènes, en particulier lorsqu’elle est appliquée aux maladies tréponémiques où les réponses squelettiques aux différentes sous-espèces pathogènes sont souvent partagées, ce qui remet en question l’élaboration d’un diagnostic sûr par l’observation ostéologique », explique Verena Schuenemann de l’Université de Zurich, premier auteur de l’article.
Les origines de la syphilis ?
La recherche commence à faire la lumière sur l’histoire évolutive de la maladie. Certains chercheurs ont émis l’hypothèse que la syphilis était une maladie du Nouveau Monde qui a été introduite en Europe pendant l’ère coloniale. D’autres suggèrent qu’elle était déjà répandue dans les populations humaines avant la pandémie du 15e siècle. Les résultats actuels compliquent ces hypothèses. « Des recherches antérieures qui ont révélé la présence de T. pallidum ssp. pertenue chez les singes de l’ancien monde, et notre découverte que deux sous-espèces de T. pallidum ont probablement causé des manifestations squelettiques similaires dans le passé, peuvent suggérer une histoire évolutive plus complexe de T. pallidum que ce que l’on supposait jusqu’à présent », déclare Alexander Herbig de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire de l’humanité et auteur co-correspondant.
Cette première reconstruction des génomes de T. pallidum à partir de matériel archéologique ouvre la possibilité d’étudier son histoire évolutive à une résolution jusqu’alors supposée hors de portée. « L’étude plus approfondie d’autres échantillons anciens provenant du monde entier permettra d’affiner notre compréhension de cette maladie », note Johannes Krause, également de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine et coauteur correspondant.
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