Il y a beaucoup de débats sur les définitions de l’homoplasie et de l’homologie, et sur la façon de les repérer parmi les états de caractères utilisés dans une analyse phylogénétique. Beaucoup préconisent ce que j’appelle une » approche processuelle « , dans laquelle les informations sur la génétique, le développement, la fonction ou d’autres critères aident a priori à identifier deux états de caractères comme homologues ou homoplastiques. Je soutiens que les processus représentés par ces critères sont insuffisamment connus pour la plupart des organismes et des caractères pour être utilisés de manière fiable pour identifier les homoplasies et les homologies. Au lieu de cela, bien que non infaillible, la phylogénie devrait être le test ultime pour l’homologie. Les états de caractères sont supposés être homologues a priori parce que cela est falsifiable et parce que leur inclusion initiale dans l’analyse des états de caractères est basée sur l’hypothèse qu’ils peuvent être phylogénétiquement informatifs. S’ils tombent en tant que symplesiomorphies ou synapomorphies dans une analyse phylogénétique, leur statut d’homologies reste non falsifié. S’ils tombent en tant qu’homoplasies, ayant évolué indépendamment dans plus d’un clade, leur statut d’homologie est falsifié, et une homoplasie est identifiée. La série de transformation des états de caractères, la morphologie fonctionnelle, les niveaux plus fins de comparaison morphologique, ainsi que la distribution et la corrélation des caractères contribuent tous à expliquer la présence d’homoplasies dans une phylogénie donnée. Expliquer ces homoplasies, et ne pas les ignorer comme du » bruit « , devrait être un objectif de l’analyse phylogénétique autant que la production d’une phylogénie. Des exemples tirés du registre fossile des hominoïdes du Miocène sont donnés pour illustrer les avantages d’une approche de type processus-information-reconnaissance des modèles-après-le-fait pour comprendre l’évolution des états de caractères.