L’origine du couscous est incertaine. Il a peut-être été inventé par les Berbères. Lucie Bolens, de l’Université de Genève, affirme que les Berbères préparaient le couscous dès 238 à 149 av. C., décrivant des pots primitifs de couscous trouvés dans des tombes datant du règne du roi berbère numide Masinisa.
L’une des plus anciennes références au couscous provient d’un écrit anonyme du 13e siècle sur la cuisine, Kitāb al-taṭbīj fī l-Magrib wa-l-Andalus (Livre de cuisine du Maghreb et d’Al-Andalus) dans lequel une recette de préparation du couscous est mentionnée. Le couscous était un plat très populaire en Al-Andalus et parmi la population maure au cours des siècles suivants, comme en témoigne le fait qu’en vieux castillan il existe un nom pour ce plat : alcuzcuz. En valencien, il apparaît dans le Tirant lo Blanch (1464) de Joanot Martorell, qui le mentionne comme « cuscusó » (chapitre 137). On le trouve également sous le nom d' »alcuzcuzú » dans El retrato de la lozana andaluza de Francisco Delicado, roman publié à Venise en 1528 : « …que en su poder deprendí hacer fideos, empanadillas, alcuzcuzú con garbanzos, arroz entero, seco, graso, albondiguillas redondas y apretadas con culantro verde… ». Il est mentionné indirectement dans Don Quichotte, lorsque, au chapitre 9 de la première partie, le narrateur engage un Maure pour traduire de l’arabe des manuscrits sur Don Quichotte en échange de « deux arrobas de raisins secs et deux boisseaux de blé ». Francisco Rico, dans son édition du roman, commente ce passage : « Avec les raisins secs et la semoule du blé, on préparait l’alcuzcuz, un plat très apprécié des Maures ».