Définition du microbiote et du microbiome
Auteur : John Deaton, docteur en médecine
Catégorie : Articles pédagogiques
Beaucoup de gens ont maintenant entendu le terme » probiotiques » et comprennent qu’ils sont bénéfiques pour la santé digestive, immunitaire et globale. Les probiotiques, sous forme de suppléments et dans les yaourts, ont été consommés en connaissance de cause pour ces avantages généraux pour la santé.
Deux termes plus récents (pour les consommateurs) apparaissent maintenant dans les médias de santé et de masse, « microbiote » et « microbiome ». Et ils sont souvent mal compris, et utilisés de manière incorrecte. Nous pensons qu’il est important de clarifier ce qu’ils signifient, afin que lorsque nous faisons des reportages sur de nouvelles souches de probiotiques – et sur la façon dont elles interagissent dans le microbiote et affectent potentiellement le microbiome – ce soit plus facilement compris.
Le microbiote fait référence à une communauté bio-écologique (qui ressemble à une ville) composée de multiples micro-organismes symbiotiques, commensaux et même pathogènes. C’est comme toute communauté, avec des membres qui travaillent pour la maintenir entière, et bien sûr, un » mauvais élément » ; mais si, comme dans les communautés saines, ce mauvais élément peut être gardé sous contrôle, la communauté peut fonctionner assez bien, même sous la contrainte. Les bactéries commensales font partie de la communauté de flore normale de la cavité buccale, et une bactérie commensale profite d’une autre sans lui nuire.
Le microbiote humain est en effet comme une ville – il contient des trillions de bactéries ; il contient aussi des champignons, des virus, des protistes (organismes unicellulaires) et des archées (microbes sans noyau cellulaire ni aucun organite lié à une membrane). Le microbiote, en grande partie, réside dans l’intestin.
Le microbiote est impacté par le régime alimentaire et d’autres facteurs liés au mode de vie que l’hôte individuel pratique. Et, comme les empreintes digitales, la composition du microbiote est individualisée, il n’y en a pas deux qui soient exactement semblables. Certaines personnes ont moins d’éléments dans leurs communautés que d’autres.
Pendant ce temps, le microbiome fait référence aux gènes contenus dans les organismes composant le microbiote – et ces gènes sont également étudiés de la même manière que le génome humain. Les chercheurs Grice et Segre, dans leur article publié « The Human Microbiome : Our Second Genome » (Annu Rev Genomics Hum Genet June 6, 2013), écrivent : « La caractérisation et l’analyse du microbiome humain ont été grandement catalysées par les progrès des technologies génomiques. »
Les recherches menées au cours des cinq dernières années ont suggéré qu’il existe une association entre le nombre de gènes du microbiome et le régime alimentaire. Plusieurs études associent également un nombre plus élevé de microbiomes à une fourchette de poids saine, à moins d’inflammation, à un risque plus faible de diabète et à un système immunitaire fonctionnant plus efficacement que les personnes ayant un nombre de gènes plus faible. Et généralement, ces études ont constaté que ceux qui avaient un microbiome moins dense consommaient aussi régulièrement des viandes rouges et plus de graisses ; tandis que ceux qui avaient un nombre de gènes bactériens plus élevé avaient tendance à avoir un régime alimentaire plus végétal.
Le microbiote à l’intérieur de chacun est une communauté vivante et est impacté par le régime alimentaire de l’hôte (entre autres facteurs de style de vie), et certains aliments aident à peupler et à promouvoir une communauté intestinale saine. Dans l’ensemble, les recherches ont montré que les glucosinolates présents dans les légumes crucifères peuvent contribuer à empêcher certains agents pathogènes d’entrer dans l’enclave, et que les fibres insolubles telles que l’inuline fermentent dans le côlon, créant de nouveaux bons voisins. Les haricots sont également excellents, car ils servent aussi à nourrir la communauté.
Tout le monde ne peut pas manger des haricots, ou des aliments fermentés, et c’est là que les suppléments de probiotiques et d’enzymes deviennent de précieux employés municipaux pour la communauté du microbiote. Un microbiote sain est celui de la diversité, et les suppléments probiotiques (et prébiotiques) améliorent grandement la composition et la fonctionnalité de cette communauté, tandis que les suppléments enzymatiques aident à faciliter une digestion douce et plus efficace, qui à son tour, soutient la communauté.
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A propos de l’expert
John Deaton, Ph.D.
Dr. John Deaton est vice-président de la technologie chez Deerland Probiotics & Enzymes, avec plus de 18 ans d’expérience de travail avec les protéines et les enzymes. Il est titulaire d’un doctorat en biochimie de l’université Texas A&M, avec des études supérieures en microbiologie, biophysique et recherche sur le cancer. Il a publié deux articles dans les Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) et est membre depuis six ans de l’Association of Official Analytical Chemists (AOAC), dont trois ans au sein du comité de microbiologie.
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