On voit les acteurs et l’équipe du film se rendre en bus dans le désert israélien, afin de reconstituer la Passion du Christ. Ils assemblent leurs accessoires et se mettent en costume. L’un des membres du groupe, Ted Neeley, est entouré par les autres. Il enfile une robe blanche et émerge en tant que Jésus (« Overture »).
L’histoire commence avec Judas, qui s’inquiète de la popularité de Jésus ; il est acclamé comme le Fils de Dieu, mais Judas estime qu’il a trop de foi en son propre message. Judas craint les conséquences de leur mouvement croissant (« Le ciel dans leur tête »). Les autres disciples harcèlent vainement Jésus pour obtenir des informations sur ses projets d’avenir (« What’s the Buzz ? »). Judas arrive et déclare que Jésus ne devrait pas fréquenter des personnes comme Marie-Madeleine (historiquement accusée d’être une prostituée), ce qui a pour effet de refroidir l’atmosphère (« Une chose étrange et mystérieuse »). En colère, Jésus dit à Judas qu’il doit laisser Marie tranquille, car son ardoise n’est pas propre. Jésus accuse ensuite tous les apôtres de ne pas se soucier de lui. Cette nuit-là, au Temple, Caïphe craint que le peuple ne couronne Jésus comme roi, ce que les Romains prendront pour un soulèvement. Annas essaie d’apaiser ses craintes, mais il finit par comprendre le point de vue de Caïphe. Annas suggère de convoquer le conseil et de lui expliquer les craintes de Caïphe. Caïphe accepte (« Nous sommes alors décidés »). Alors que Jésus et les apôtres s’installent pour la nuit, Marie l’apaise avec un onguent coûteux. Judas dit que cet argent devrait être donné aux pauvres, plutôt que d’être gaspillé de la sorte. Jésus le réprimande à nouveau… en expliquant que les pauvres seront toujours là, mais que Lui-même ne le sera pas (« Everything’s Alright »).
Le lendemain, au Temple de Jérusalem, le conseil des prêtres discute de leurs craintes concernant Jésus. Caïphe leur dit qu’il n’y a qu’une seule solution : comme Jean le Baptiste, Jésus doit être exécuté pour le bien de la nation (« Ce Jésus doit mourir »). Alors que Jésus et ses disciples arrivent avec joie à Jérusalem, Caïphe lui ordonne de disperser la foule par crainte d’une émeute. Jésus répond qu’un tel geste serait futile et salue plutôt la foule (« Hosanna »). Plus tard, Simon le Zélote et une horde d’autres zélotes expriment leur admiration pour Jésus (« Simon Zélote »). Bien que Jésus apprécie d’abord cela, il s’inquiète lorsque Simon suggère de diriger la foule vers un soulèvement contre les occupants romains. Jésus rejette tristement cette suggestion, disant qu’ils ne comprennent pas son véritable objectif (« Pauvre Jérusalem »).
Pontius Pilate, le gouverneur romain de Judée, révèle qu’il a rêvé d’un Galiléen (Jésus) et qu’il sera blâmé pour la mort de cet homme (« Le rêve de Pilate »). Jésus et ses disciples arrivent au temple, qui a été investi par des changeurs de monnaie et des prostituées (« Le temple »). Les prêtres enragés observent en arrière-plan, à la grande horreur de Judas, un Jésus furieux qui détruit les étals et oblige les vendeurs à partir (« Mon temple devrait être… »). Se promenant seul en dehors de la ville, Jésus est entouré de lépreux qui cherchent son aide. Il en guérit autant que possible, mais il est dépassé par leur nombre ; il finit par abandonner en leur criant de le laisser tranquille. Cette nuit-là, Marie réconforte Jésus au moment où il s’endort (« Everything’s Alright »). Marie aime Jésus, mais elle est troublée par le fait qu’il ne ressemble à aucun autre homme qu’elle a rencontré ( » Je ne sais pas comment l’aimer « ). Judas va voir les prêtres et leur fait part de ses inquiétudes, ainsi que de ses craintes quant aux conséquences de la trahison de Jésus (« Damné pour toujours »). Profitant des doutes de Judas, les prêtres lui proposent de l’argent pour les conduire à Jésus. Judas refuse d’abord, mais Caïphe et Anne le convainquent en lui faisant remarquer qu’il pourrait utiliser cet argent pour aider les pauvres. Judas révèle que Jésus sera au jardin de Gethsémani le jeudi soir (« Blood Money »).
Lors de la dernière Cène (dont l’action se déroule de jour dans un jardin extérieur), Jésus révèle qu’il sait que Pierre le reniera… et que Judas le trahira. Une dispute amère entre Jésus et Judas s’ensuit, Judas reprochant à Jésus de détruire (soi-disant) les espoirs et les idéaux qu’il leur a lui-même donnés. Judas menace de ruiner l’ambition de Jésus, en restant sur place sans l’aider à atteindre la Gloire. Jésus lui dit de partir, en lui faisant remarquer qu' »on t’attend ». — Ce qu’il fait finalement (« La dernière Cène »). Alors que les apôtres s’endorment, Jésus s’enfonce plus profondément dans Gethsémani pour prier au sujet de sa mort imminente ; à contrecœur, il accepte d’aller de l’avant avec le plan de Dieu (« Gethsémani/I Only Want to Say »). Jésus attend Judas, qui arrive effectivement… accompagné de gardes. Il trahit Jésus en lui donnant un baiser. Les disciples proposent de combattre les gardes, mais se retirent à la demande de Jésus. Jésus est emmené chez Caïphe, reconnu coupable de blasphème et envoyé à Pilate (« L’arrestation »). Pierre, quant à lui, est accusé d’être l’un des disciples de Jésus ; effrayé, il renie Jésus à trois reprises (« Le reniement de Pierre »). Jésus est emmené à la résidence de Pilate ; le gouverneur se moque de lui, ignorant que Jésus est l’homme de son rêve. Comme il ne traite pas avec les Juifs, Pilate envoie Jésus au roi Hérode (« Pilate et le Christ »). Le flamboyant Hérode est enthousiaste à l’idée de rencontrer enfin Jésus, car c’est l’occasion de confirmer les rumeurs qui circulent. Hérode presse Jésus d’accomplir divers miracles, mais comme il ne le fait pas, il le rejette comme un innocent imposteur. Il demande aux gardes de ramener Jésus à Pilate (« King Herod’s Song/Try It And See »).
Mary et les Apôtres se souviennent de comment les choses ont commencé, et souhaitent que leur situation n’ait pas dégénéré à ce point (« Could We Start Again Please ? »). Jésus est jeté dans une cellule ; là, il est vu par Judas, qui regrette maintenant son rôle dans l’arrestation. Judas jette son argent par terre et maudit les prêtres, avant de s’enfuir dans le désert. Accablé par le chagrin et le regret d’avoir trahi Jésus, Judas rend Dieu responsable de ses malheurs en lui donnant le rôle du traître. Alors que Judas se pend (« La mort de Judas »), Jésus est ramené à Pilate qui procède à son interrogatoire ; Hérode est également présent mais ne prend pas la peine de témoigner, compte tenu de son mépris pour Jésus. Caïphe témoigne à la place d’Hérode. Bien qu’il pense que Jésus est dans l’illusion, Pilate se rend compte qu’il n’a commis aucun crime réel. Il fait flageller Jésus ; Hérode, d’abord ravi, se révolte ensuite et finit par être terrorisé. L’indifférence déconcertée de Pilate se transforme en une frénésie de confusion et de colère… principalement face à la soif de sang irrationnelle de la foule, mais aussi face à la résignation inexplicable de Jésus et à son refus de se défendre. Pilate réalise qu’il n’a pas d’autre choix que de faire exécuter Jésus, sinon les masses deviendront violentes (« Trial Before Pilate ; the Thirty-Nine Lashes »). Pilate, furieux, décrète la peine de mort comme l’ont demandé les prêtres. Pilate fait ensuite un grand spectacle pour se laver les mains du sort de Jésus. L’apparence de Jésus se transforme, les cieux s’ouvrent et un Judas vêtu d’une combinaison blanche descend sur une croix d’argent. Judas se plaint que Jésus aurait dû revenir en tant que Messie aujourd’hui, dans les années 1970 ; il aurait été plus populaire et son message plus facile à diffuser. Judas se demande également ce que Jésus pense des prophètes des autres religions… et, en fin de compte, si Jésus pense être celui qu’ils disent être, c’est-à-dire peut-être le Fils de Dieu (« Superstar »). Les questions de Judas restent sans réponse. Jésus est envoyé à la mort (« The Crucifixion ») au milieu d’une musique sinistre et atonale ; il prononce certaines de ses dernières paroles avant de mourir.
À la fin du film, les interprètes (désormais sans costume) montent dans leur bus. Seuls Barry Dennen, Yvonne Elliman et Carl Anderson — qui avaient joué (respectivement) Pilate, Marie-Madeleine et Judas — remarquent que leur collègue Ted Neeley, qui avait joué Jésus, semble manquer à l’appel. Anderson s’accroche à la porte arrière du bus au moment où celui-ci démarre et s’en va. Dans un plan final semblable à celui de Ben Hur, un berger et son troupeau traversent la colline sous la croix désormais vide (« John Nineteen Forty-One »).
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