Les sous-spécialités de la chirurgie pédiatrique proprement dite comprennent : la chirurgie néonatale et la chirurgie fœtale.
D’autres domaines de la chirurgie ont également des spécialités pédiatriques propres qui nécessitent une formation complémentaire pendant les internats et dans le cadre d’un fellowship : chirurgie cardiothoracique pédiatrique (chirurgie du cœur et/ou des poumons de l’enfant, y compris la transplantation cardiaque et/ou pulmonaire), chirurgie néphrologique pédiatrique (chirurgie des reins et des uretères de l’enfant, y compris la transplantation rénale, ou rein,), neurochirurgie pédiatrique (chirurgie du cerveau, du système nerveux central, de la moelle épinière et des nerfs périphériques de l’enfant), chirurgie urologique pédiatrique (chirurgie de la vessie urinaire de l’enfant et d’autres structures situées sous le rein nécessaires à l’éjaculation), chirurgie d’urgence pédiatrique, la chirurgie des fœtus ou des embryons (qui recoupe la chirurgie obstétrique/gynécologique, la néonatologie et la médecine materno-fœtale), la chirurgie des adolescents ou des jeunes adultes, la chirurgie hépatologique (foie) et gastro-intestinale (estomac et intestins) pédiatrique (y compris la transplantation hépatique et intestinale chez l’enfant), la chirurgie orthopédique pédiatrique (chirurgie musculaire et osseuse chez l’enfant), la chirurgie plastique et reconstructive pédiatrique (par exemple pour les brûlures, ou pour des défauts congénitaux comme la fente palatine n’impliquant pas les organes principaux), et la chirurgie oncologique pédiatrique (cancer de l’enfant).