La liberté religieuse en Égypte est entravée à des degrés divers par des politiques gouvernementales discriminatoires et restrictives. Les chrétiens coptes, étant la plus grande minorité religieuse en Égypte, sont également affectés négativement. Les coptes ont été de plus en plus marginalisés après le coup d’État de 1952 dirigé par Gamal Abdel Nasser. Jusqu’à récemment, les chrétiens étaient tenus d’obtenir l’approbation présidentielle pour toute réparation, même mineure, dans les églises. Bien que la loi ait été assouplie en 2005 en transférant l’autorité d’approbation aux gouverneurs, les coptes continuent de faire face à de nombreux obstacles et restrictions pour la construction de nouvelles églises. Ces restrictions ne s’appliquent pas à la construction de mosquées.
La communauté copte a été la cible de crimes haineux de la part d’extrémistes islamiques. Le plus important a été les attentats d’El Kosheh en 2000-2001, au cours desquels des musulmans et des chrétiens ont été impliqués dans des affrontements interreligieux sanglants suite à une dispute entre un musulman et un chrétien. « Vingt chrétiens et un musulman ont été tués après que des violences ont éclaté dans la ville d’el-Kosheh, à 440 kilomètres (270 mi) au sud du Caire ». International Christian Concern a signalé qu’en février 2001, des musulmans ont brûlé une nouvelle église égyptienne et les maisons de 35 chrétiens, et qu’en avril 2001, une jeune chrétienne égyptienne de 14 ans a été enlevée parce que ses parents étaient soupçonnés d’héberger une personne qui s’était convertie de l’islam au christianisme.
En 2006, une personne a attaqué trois églises à Alexandrie, tuant une personne et en blessant 5 à 16. L’attaquant n’était lié à aucune organisation et décrit comme « psychologiquement perturbé » par le ministère de l’Intérieur. En mai 2010, le Wall Street Journal a fait état de vagues croissantes d’attaques collectives de musulmans contre des coptes. Malgré des appels à l’aide frénétiques, la police arrivait généralement après la fin des violences. La police a également contraint les coptes à accepter une « réconciliation » avec leurs agresseurs afin d’éviter de les poursuivre, et aucun musulman n’a été condamné pour ces attaques. À Marsa Matrouh, une foule bédouine de 3 000 musulmans a tenté d’attaquer la population copte de la ville, 400 coptes ayant dû se barricader dans leur église pendant que la foule détruisait 18 maisons, 23 magasins et 16 voitures.
Le journaliste John R. Bradley écrivant vers 2008 notait que
» … d’autres plaintes de longue date des coptes incluent la sous-représentation des chrétiens dans la police, la justice, les forces armées, la fonction publique, le gouvernement et le système éducatif. Il existe également une interdiction virtuelle d’accès à la radio et à la télévision contrôlées par l’État. Un exemple souvent cité de discrimination officielle est une loi qui, jusqu’à récemment, exigeait l’approbation personnelle du président pour effectuer des réparations, même simples, dans une église, comme la réparation d’une toilette, et qui a été blâmée pour les retards de plus d’une décennie dans la délivrance des permis de construire des églises. Mubarak a assoupli la loi en 2005, déléguant cette responsabilité aux gouverneurs locaux. »
Les membres du Congrès américain. Congrès ont exprimé leur inquiétude quant au « trafic d’êtres humains » des femmes et des filles coptes qui sont victimes d’enlèvements, de conversion forcée à l’islam, d’exploitation sexuelle et de mariage forcé avec des hommes musulmans.
Boutros Boutros-Ghali était un Copte qui a été ministre des Affaires étrangères de l’Égypte sous le président Anouar Sadate. Sous le régime de Moubarak, deux Coptes faisaient partie du cabinet gouvernemental égyptien : Le ministre des finances Youssef Boutros Ghali et le ministre de l’environnement Magued George. Il y avait également un gouverneur copte sur 25, celui du gouvernorat de Qena en haute Égypte, et le premier gouverneur copte depuis quelques décennies. En outre, Naguib Sawiris, un homme d’affaires extrêmement prospère, est un Copte qui vivait en Égypte à cette époque. En 2002, sous le gouvernement Moubarak, le Noël copte (7 janvier) a été reconnu comme un jour férié officiel. Cependant, de nombreux Coptes continuent de se plaindre d’être peu représentés dans les forces de l’ordre, la sécurité de l’État et la fonction publique, et d’être victimes de discrimination sur le marché du travail en raison de leur religion. La plupart des Coptes ne soutiennent pas l’indépendance ou le mouvement de séparation des autres Égyptiens.
Les Coptes sont non représentés et marginalisés dans la politique, la bureaucratie et la société égyptienne. Minorities at Risk rapporte qu’il n’y a aucun gouverneur, président d’université ou doyen chrétien dans le pays. La discrimination officielle et officieuse à l’encontre des coptes se manifeste sous des formes telles que des désavantages dans l’éducation et le système judiciaire, des violences de la part de militants islamiques et des restrictions à l’activité et à l’expression religieuses.
Bien que la liberté de religion soit garantie par la constitution égyptienne, selon Human Rights Watch, « les Égyptiens peuvent se convertir à l’islam généralement sans difficulté, mais les musulmans qui se convertissent au christianisme rencontrent des difficultés pour obtenir de nouveaux papiers d’identité et certains ont été arrêtés pour avoir prétendument falsifié ces documents. » La communauté copte, cependant, s’efforce d’empêcher les conversions du christianisme à l’islam en raison de la facilité avec laquelle les chrétiens peuvent souvent devenir musulmans. Les fonctionnaires, étant eux-mêmes conservateurs, intensifient la complexité des procédures juridiques requises pour reconnaître le changement de religion comme l’exige la loi. Les agences de sécurité prétendent parfois que ces conversions de l’islam au christianisme (ou parfois l’inverse) peuvent provoquer des troubles sociaux, et se justifient ainsi en détenant indûment les sujets, en insistant sur le fait qu’ils prennent simplement des mesures pour empêcher les troubles sociaux probables de se produire. En 2007, un tribunal administratif du Caire a refusé à 45 citoyens le droit d’obtenir des papiers d’identité attestant de leur retour au christianisme après s’être convertis à l’islam. Cependant, en février 2008, la Cour administrative suprême a annulé la décision, permettant à 12 citoyens qui étaient revenus au christianisme de réinscrire leur religion sur les cartes d’identité, mais ils préciseront qu’ils avaient adopté l’islam pour une brève période de temps.
Le recensement égyptien de 1897 a indiqué que le pourcentage de non-musulmans dans les provinces urbaines était de 14,7% (13,2% de chrétiens, 1,4% de juifs). Le recensement égyptien de 1986 rapporte que le pourcentage de non-musulmans dans les provinces urbaines est de 6,1% (5,7% de chrétiens, 0% de juifs). Le déclin de la représentation juive s’explique par la création de l’État d’Israël et l’émigration subséquente des Juifs égyptiens. Il n’y a aucune explication à la baisse de 55% du pourcentage de chrétiens en Égypte. Il a été suggéré que les recensements égyptiens tenus après 1952 ont été politisés pour sous-représenter la population chrétienne.
En août 2013, après le coup d’État du 3 juillet 2013 et les affrontements entre l’armée et les partisans de Morsi, il y a eu des attaques généralisées contre les églises et les institutions coptes en Égypte par les partisans de Morsi. Selon au moins un universitaire égyptien (Samuel Tadros), ces attaques constituent la pire violence contre l’Église copte depuis le 14e siècle.
USA Today a rapporté que « quarante églises ont été pillées et incendiées, tandis que 23 autres ont été attaquées et fortement endommagées ». La page Facebook du parti Liberté et Justice des Frères musulmans était « truffée de fausses accusations destinées à fomenter la haine contre les coptes », selon la journaliste Kirsten Powers. La page du parti affirmait que l’Église copte avait déclaré « la guerre à l’islam et aux musulmans » et que « le pape de l’Église est impliqué dans la destitution du premier président islamiste élu ». Le pape de l’Église prétend que la charia islamique est arriérée, têtue et réactionnaire. » Le 15 août, neuf groupes égyptiens de défense des droits de l’homme, sous l’égide du groupe « Initiative égyptienne pour les droits personnels », ont publié une déclaration disant :
En décembre… les dirigeants de la confrérie ont commencé à fomenter une incitation sectaire anti-chrétienne. L’incitation et les menaces anti-coptes se sont poursuivies sans relâche jusqu’aux manifestations du 30 juin et, avec la destitution du président Morsi … se sont transformées en violence sectaire, qui a été sanctionnée par … la rhétorique anti-copte continue entendue de la part des dirigeants du groupe sur la scène … tout au long du sit-in.
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