Margaret « Peggy » Shippen est née d’Edward Shippen IV et de Margaret Francis à Philadelphie, en Pennsylvanie, en 1760. Les Shippen faisaient partie des familles les plus éminentes de Philadelphie, bien que leur loyauté ait été divisée avec l’arrivée de la Révolution américaine. Edward, un marchand et juge éminent de Philadelphie, avait des sympathies tories modérées mais est resté extérieurement neutre lorsque la guerre a éclaté, tandis que sa sœur aînée Elizabeth a épousé un colonel de l’armée continentale.
Les propres opinions politiques de Peggy sont devenues évidentes pendant l’occupation britannique de Philadelphie. Peggy a rencontré un officier britannique du nom de John Andre, dont le croquis de la jeune femme donne un aperçu de sa vie et de sa personnalité. Peggy finira par conspirer avec André au moment de la trahison de son mari, Benedict Arnold, plus tard dans la guerre. Bien que l’on ait supposé que Peggy ait entretenu une relation amoureuse avec André pendant l’occupation britannique de Philadelphie, il existe peu de preuves à l’appui de cette affirmation, hormis un croquis de Peggy réalisé par André. Quoi qu’il en soit, les deux ont entretenu une correspondance après que les Britanniques aient abandonné Philadelphie.
Le 8 avril 1779, Peggy épouse Arnold, à l’âge de dix-neuf ans. Peu de temps après, Arnold a pris sa décision fatidique de faire défection aux Britanniques. Bien qu’il ne soit pas clair si elle fut l’instigatrice de sa défection, Peggy fut complice de l’exécution de la trahison d’Arnold et il est possible que ce soit elle qui ait présenté son mari à André. Peggy était restée à Philadelphie, où elle était en mesure de faire passer les informations des lettres de son mari par une chaîne de communication et de lettres codées qui se terminait par John André.
Lors de l’épisode culminant au cours duquel la défection d’Arnold fut révélée à l’armée continentale, Peggy feignit l’hystérie pour écarter les soupçons sur son implication dans la conspiration tout en contribuant à retarder la capture d’Arnold par les forces patriotes et à faire fuir l’armée continentale. Shippen le rejoint à New York, sous contrôle britannique, après que le conseil municipal de Philadelphie l’ait bannie.
Après la capitulation britannique à Yorktown, les Arnold s’installent à Londres, dont la haute société accueille Peggy à bras ouverts. La reine Charlotte lui accorde une pension annuelle de 100 £ pour s’occuper de ses enfants, et le roi George lui-même lui offre un cadeau de 350 £ pour ses services. Sa ville natale, par contre, n’avait pas autant d’affection pour elle, malgré l’influence continue de son père. Elle reçoit un accueil terriblement froid lorsqu’elle rend une dernière visite à sa famille en 1791, et doit même faire face à des protestations jusqu’à son départ. Pendant ce temps, Benedict s’efforce continuellement de bâtir sa fortune à Londres ou au Nouveau-Brunswick, au Canada, mais en vain ; à sa mort, il ne lui laisse qu’une collection de dettes. Peggy elle-même est décédée en 1804, et a été enterrée dans l’église Sainte-Marie à Battersea.