Streptococcus pneumoniae. Souvent appelées « pneumocoques », ces bactéries sont normalement présentes dans le nez et le pharynx de nombreuses personnes sans provoquer d’infection. Ce sont donc les porteurs sains de la population qui transmettent la bactérie aux personnes âgées, aux enfants ou à d’autres personnes sensibles, chez qui une maladie grave peut alors survenir. En Suisse, les pneumocoques provoquent chaque année environ un millier d’infections graves (dans le sang ou sous forme de méningite), ainsi que plusieurs milliers de cas de pneumonie. Ces bactéries sont également responsables de nombreuses infections à résolution automatique, notamment des bronchites et des otites.
Le staphylocoque doré est présent dans la flore cutanée d’environ un tiers de la population humaine, sans provoquer de maladie. Selon la souche et le système immunitaire de la personne infectée, S. aureus peut infecter la peau, les os et les tissus mous à l’intérieur du corps, y compris la circulation sanguine. Dans les hôpitaux, il est la cause la plus fréquente d’infections post-chirurgicales. Dans l’élevage, il peut déclencher diverses infections, notamment au niveau des mamelles des vaches laitières (mastites).
Escherichia coli est une entérobactérie qui vit dans les intestins des humains et des animaux sans provoquer de maladie. Elle est même utile et fait partie de la flore intestinale normale des individus en bonne santé. Mais elle peut provoquer des infections si elle se retrouve ailleurs dans l’organisme, comme dans les voies urinaires inférieures, l’abdomen ou le cerveau dans le cas des nouveau-nés. Certaines souches pathogènes d’E. coli (par exemple la souche O157:H7 qui produit des toxines) sont connues pour passer des animaux aux humains par le biais des produits alimentaires. Chez l’homme, ces bactéries peuvent entraîner de la fièvre, des nausées, des vomissements, des crampes d’estomac et des diarrhées, qui peuvent être mortelles dans certains cas.
Klebsiella pneumoniae est une autre espèce d’entérobactérie couramment présente dans le tube digestif des humains et des animaux en bonne santé. Elle est néanmoins l’un des responsables les plus fréquents des infections nosocomiales ainsi que des infections des voies urinaires et des voies respiratoires, notamment des pneumonies. Chez les nouveau-nés, Klebsiella pneumoniae peut infecter la circulation sanguine, ce qui entraîne une augmentation du taux de mortalité. Ce type de bactérie a également la capacité d’acquérir facilement de multiples formes de résistance aux antibiotiques.
Il faut également mentionner Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa, qui font partie des agents pathogènes dits hospitaliers, car ils produisent principalement des infections au sein des hôpitaux et des maisons de soins. La résistance de ces deux espèces bactériennes aux antibiotiques de dernier recours comme les carbapénèmes et les polymyxines est en augmentation, à l’échelle nationale et mondiale.