Les Havasupai ont vécu, cultivé et chassé sur l’ensemble de leur territoire traditionnel, comprenant les canyons et les plateaux dans et autour de Havasu Canyon, pendant des siècles avant l’arrivée des Européens. Ils cultivaient dans les canyons au printemps et en été, et se déplaçaient sur les plateaux en automne et en hiver. Dans les années 1870, lorsque les mineurs, les éleveurs et les colons européens sont arrivés en nombre croissant sur le territoire de l’Arizona, la pression s’est accrue pour confiner les Havasupai et les autres tribus dans de petites réserves délimitées. En 1882, le président Chester Arthur a établi la réserve indienne des Havasupai par décret, et a limité la tribu à 518 acres dans le canyon de Havasu. Le reste de leurs terres ancestrales ont été prises par le gouvernement fédéral pour un usage public. Selon les rapports, les Havasupai n’étaient absolument pas au courant de l’ordre exécutif pendant plusieurs années. La réduction de leurs terres a entraîné une perturbation sur le mode de vie de la tribu, et une tension constante entre la tribu et le gouvernement américain.
Avec la création du parc national du Grand Canyon en 1919, la réserve a été complètement entourée par les terres du parc national. Par accord avec le gouvernement fédéral, la réserve et les sentiers qui y descendaient restaient souverains pour la tribu des Havasupai. La tribu a continuellement fait pression sur les États-Unis pour qu’ils leur restituent une plus grande partie de leurs terres ancestrales, mais en vain. Dans les années 1950, un surintendant du Grand Canyon, John McLaughlin, a proposé de prendre en charge la réserve, mais il a été repoussé par la tribu.
Enfin, la persistance de la tribu a commencé à porter ses fruits. En 1968, la tribu a gagné un procès contre le gouvernement auprès de la Commission des revendications indiennes. La décision a déclaré que les terres avaient été prises illégalement à la tribu en 1882, et que la tribu avait le droit de récupérer les terres en payant au gouvernement la juste valeur marchande de la propriété. À raison de 55 cents par acre, la valeur des terres a été fixée à un peu plus d’un million de dollars. Cependant, la tribu se bat toujours pour que les terres lui soient rendues, sans avoir à les payer. La tribu a trouvé le soutien de l’administration Nixon, et a commencé à faire pression pour l’adoption du projet de loi S. 1296 du Congrès, qui rendrait les terres à la tribu. Enfin, en 1975, le Congrès américain a adopté la loi sur l’élargissement du parc national du Grand Canyon, qui a été promulguée par le président Gerald Ford le 4 janvier 1975. Cette loi rendait notamment aux Havasupai 188 077 acres (76 112 ha) de terres de plateau et de canyon, ce qui constitue la réserve actuelle.
La tribu parle toujours le yuman, l’une des quelque 200 langues indigènes encore parlées en Amérique du Nord.