Le personnage joueur peut commencer les lignes de quêtes de l’extension de plusieurs façons. Les gardes de la ville peuvent être entendus discuter du retour de la Dawnguard, ou le personnage du joueur peut être abordé directement par un membre orque de la Dawnguard nommé Durak et être invité à rejoindre l’ordre pour combattre la menace croissante des vampires au sein de Skyrim. Quelle que soit la manière dont il est initié, le personnage se rend à Fort Dawnguard, accessible par le canyon de Dayspring, situé près de Riften. Il rencontre le commandant de la Dawnguard, Isran, qui lui rappelle la force et la menace renouvelées des vampires, citant la destruction du quartier général des Vigilants de Stendarr dans le Pale, le Hall des Vigilants, et le meurtre du Gardien Carcette, comme raison de reformer la Dawnguard et d’éradiquer les vampires. Le personnage du joueur reçoit une arbalète et doit se rendre dans une ruine que les vampires étudient dans le Pale, la crypte de Dimhollow. À son arrivée, après avoir affronté les vampires qui enquêtent déjà dans la ruine, y compris leur chef Lokil, le joueur découvre une vampire nommée Serana (interprétée par Laura Bailey) piégée dans une statue. Elle est en possession d’un parchemin de vieillesse et informe le joueur que sa famille vit dans une demeure au large de Skyrim, près de Solitude, appelée Château Volkihar. Elle demande au joueur de l’escorter en toute sécurité jusqu’à sa maison. Une fois qu’elle a été ramenée chez elle, son père, le vampire Lord Harkon, chef du puissant clan des vampires Volkihar, offre au joueur la possibilité de devenir un seigneur vampire par gratitude apparente pour la sécurité de sa fille et de rejoindre le clan, ou la possibilité de quitter le château Volkihar en toute sécurité et de retourner à la Dawnguard. Ce choix commence l’intrigue principale de Dawnguard.
Voir chemin Volkihar
Si le joueur accepte l’offre de Lord Harkon, le seigneur vampire mord le personnage du joueur. Le joueur se réveille dans une pièce, devant un sanctuaire dédié au prince daedrique de la domination, Molag Bal. Harkon explique que Molag Bal est considéré comme le « père du genre ». Il y a des milliers d’années, Harkon était un roi et un mortel. Il a voué son âme à Molag Bal et a sacrifié « un millier d’innocents » en son nom. Le Daedra a accordé l’immortalité à Harkon et à sa famille en les affligeant du vampirisme. Harkon montre au personnage du joueur comment utiliser sa nouvelle forme de seigneur vampire et ses pouvoirs. Le joueur est ensuite chargé de récupérer le Calice de pierre de sang, un puissant artefact destiné à aider la cause d’Harkon, de le remplir d’eau de l’antre de Redwater, puis d’y ajouter le sang d’un puissant vampire. Alors qu’il récupère le Calice, le personnage du joueur est attaqué par deux des Volkihar, Stalf et Salonia, qui complotent pour renverser Harkon sous les ordres de Vingalmo et Orthjolf, les principaux conseillers d’Harkon. Après les avoir tués, le joueur ajoute leur sang au Calice et retourne au Château Volkihar.
Après avoir reçu le Calice, Harkon répand de fausses rumeurs autour de Skyrim concernant la prétendue découverte d’un Parchemin Ancien, pour tenter d’attirer un Prêtre Moth sur ses terres. Les Prêtres Moth sont un ordre ancien, capable de voir les Parchemins Anciens et d’en déchiffrer les prophéties. Le joueur se rend dans la cachette de Forebear, juste au sud du pont du Dragon, et capture un prêtre Moth nommé Dexion Evicus, qui avait été captivé par un vampire orque nommé Malkus avant d’être tué par les Dawnguard dirigés par leur commandant Vanik. Le joueur transforme le prêtre en esclave et, après avoir lu le parchemin, Evicus révèle aux Volkihar qu’ils doivent trouver une arme appelée l’arc d’Auriel, ainsi que deux autres parchemins anciens. L’un des parchemins se trouve dans la ruine Dwemer de Blackreach, et est récupéré dans le cadre de la quête principale originale, en même temps que la quête Daedric pour le prince Daedric de Molag Bal, Hermaeus Mora. L’autre a été pris par la mère de Serana, Valerica, lorsqu’elle a fui le château. Le personnage du joueur et Serana se rendent dans un plan de l’Oblivion connu sous le nom de Soul Cairn. Ils retrouvent Valerica et récupèrent le dernier parchemin des anciens. Avant de retourner à Tamriel, Valerica les avertit d’arrêter Harkon, qui a l’intention de tuer Serana pour accomplir la prophétie. Le joueur gagne également le respect du dragon Durnehviir, qui avait agi en tant que gardien de Valerica dans le Cairn des âmes avant d’être vaincu au combat par le joueur, et fournit au joueur le cri pour l’invoquer hors du Cairn des âmes pendant un certain temps.
Le personnage du joueur apprend dans les Rouleaux anciens que l’Arc d’Auriel se trouve dans la grotte de Darkfall. Le joueur rencontre Gelebor, l’un des derniers elfes des neiges, et un chevalier-paladin de la Chantrie d’Auri-El. Il lui explique comment récupérer l’arc d’Auriel en accomplissant une série de tâches et en battant l’archi-curateur Vyrthur, le frère de Gelebor, qui a été corrompu par le Falmer. Le joueur et Serana affrontent Vyrthur dans le Sanctum intérieur de la Chantrie et découvrent qu’il est à la fois un vampire et le créateur de la prophétie, et qu’il désire bloquer le soleil afin de perturber l’influence d’Auri-El en Tamriel, en représailles pour le dieu qui lui a permis d’être atteint de vampirisme.
Après avoir récupéré l’Arc, le joueur et Serana affrontent Lord Harkon dans le château de Volkihar. Ils combattent Harkon et le tuent, mettant fin à la menace qui pèse sur Tamriel et sur Serana, et les membres de la cour d’Harkon reconnaissent le personnage joueur comme leur nouveau maître et souverain du château.
Modification du chemin des Dawnguard
Si le personnage joueur refuse l’offre d’Harkon et retourne chez les Dawnguard, l’intrigue se déroule presque à l’identique, bien que vue du point de vue des Dawnguard, le joueur étant chargé par Isran de recruter ses anciens coéquipiers Sorine Jurard et Gunmar pour rétablir les effectifs des Dawnguard. Une fois que les Dawnguard ont pu reconstituer leurs effectifs et se reformer, notamment en ajoutant Florentius Baenius au groupe, Serana se fait connaître des Dawnguard, leur transmettant des informations sur le plan d’Harkon et leur promettant son aide, bien qu’Isran ait toujours des soupçons sur les véritables intentions de Serana. Après avoir tué Malkus et libéré Dexion de l’enchantement dont il était victime, il retourne au fort Dawnguard pour lire à Isran le parchemin de Serana, avant d’être fatigué et qu’Isran lui permette de se reposer et de récupérer dans le fort pendant que Serana et le joueur recherchent les deux autres parchemins. Pour pénétrer dans le Cairn des âmes, le joueur doit être ensanglanté en tant que vampire par Serana ou être partiellement piégé par son âme pour pouvoir y accéder. À part ces détails, les quêtes suivent un chemin similaire à celui du Volkihar, mais elles divergent lors de la dernière mission de l’histoire, lorsque le joueur mène l’assaut final de la Dawnguard contre Harkon et sa cour pour les massacrer et empêcher la réalisation de la prophétie. Le joueur et Serana parviennent à tuer Harkon lors d’une épreuve de force, éliminant ainsi la grande menace vampirique de Skyrim. Isran remercie Serana pour son soutien, montrant un nouveau respect pour elle, et offre au joueur une chance de continuer à aider la Dawnguard à éliminer les vampires qui posent encore un problème dans Skyrim.