最大の島であるイル・スデストは、チャゴス諸島の他の環礁がフランス人によって開拓された時期である18世紀後半に最初に入植されました。
司令官ロバート・モレスビーがこの環礁の調査を行い、1838年に海図を作成しました。 当時、この環礁にはココナッツのプランテーションがありました。 島と島を結ぶ土手が作られ、埋め立ても行われていました。
エグモント諸島に人が住まなくなったのは、20世紀後半、チャゴス諸島からチャゴシ人やイロイロ人が追い出された頃です。
1972年から73年にかけて、統合サービス（JSEI）によるエグモント諸島への水中探査が行われました。 英国空軍のSqn Leader “Dickie” Birdが率いたこの探検は、チャゴス諸島では初の試みでした。 アラン・ボールドウィン海軍大将が副リーダーを務め、デビッド・ベラミー博士の指揮の下、科学的作業が行われた。 目的は、サンゴ礁の形成と成長、および島の動植物の研究であった。 探検隊のメンバーは、アドゥ環礁のガンからRFAゴールドレンジャーでエグモント環礁に向かい、調査終了後、RFAストロムネスでガンに戻ってきました。
この成功を受けて、翌年にはデンジャー島への第2次遠征が行われました。