この映画のキャストとスタッフは、キリストの受難を再現するために、バスでイスラエルの砂漠に移動します。 彼らは小道具を組み立て、衣装を身につけます。 その中の一人、テッド・ニーリーは他のメンバーに囲まれている。
物語は、イエスの人気を心配するユダから始まります。イエスは神の子と称えられていますが、ユダはイエスが自分のメッセージを信じすぎていると感じています。 ユダは、自分たちの成長した運動がもたらす結果を恐れている（「Heaven on Their Minds」）。 他の弟子たちは、イエスの将来の計画について聞き出そうとする。 そこへユダがやってきて、イエスはマグダラのマリア（歴史的には売春婦とされている）と付き合うべきではないと言い出し、雰囲気が悪くなる（「不思議なことがあるものだ」）。 イエスは怒ってユダに、自分の過去が清算されていないのだから、マリアを放っておくべきだと言う。 そして、イエスはすべての使徒たちが自分のことを気にかけていないと非難する。 その夜、神殿でカイアファスは、民衆がイエスを王として戴くことで、ローマ人が反乱を起こすのではないかと心配する。 アンナスは彼の不安を和らげようとするが、ついにカイアファの言い分を理解する。 アンナスは、評議会を招集して、カイアファの恐れを説明することを提案する。 カイアファはそれに同意する（「それでは、私たちは決着をつけます」）。 イエスと使徒たちが夜を明かすと、マリアは高価な軟膏でイエスをなぐさめる。 ユダは、そんなお金はこんな風に浪費するのではなく、貧しい人たちに与えるべきだと言う。
翌日、エルサレムの神殿では、祭司たちがイエスについての不安を話し合っていました。 それは、洗礼者ヨハネのように、国のためにイエスを処刑しなければならないということだった（「This Jesus Must Die」）。 イエスとその従者たちがエルサレムに到着して喜ぶと、カイアファは暴動を恐れて群衆を解散させるようイエスに命じる。 イエスはそのようなことをしても無駄だと答え、代わりに群衆に挨拶をする（「ホサナ」）。 その後、狂信者のシモンと狂信者の仲間たちが、イエスを称賛する声を上げる（”Simon Zealotes”）。 しかし、シモンが群衆にローマ人に対する反乱を起こさせようと提案すると、イエスは心配になる。
ローマ帝国のユダヤ総督ポンティウス・ピラトは、ガリラヤ人（イエス）の夢を見て、自分がその人の死の責任を負うことになると明かす（「ピラトの夢」）。 イエスとその従者たちは、両替人と売春婦に占拠されてしまった神殿に到着する（「神殿」）。 激怒した祭司たちが背後から見守る中、ユダの恐怖をよそに、激怒したイエスは露店を破壊し、商人たちを退去させる（「私の神殿は…」）。 ひとりで街の外をさまよっていたイエスは、助けを求めるハンセン病患者に囲まれる。 イエスはできるだけ多くの人を癒すが、その数の多さに圧倒され、ついにはあきらめて「自分にかまわないでくれ」と叫ぶ。 その夜、マリアはイエスを慰めながら眠りにつく（”Everything’s Alright”）。 マリアはイエスを愛しているが、今まで出会った男性とはあまりにも違うので戸惑っている（”I Don’t Know How to Love Him”）。 ユダは祭司のところに行き、イエスを裏切った結果についての不安を訴える（”Damned for All Time”）。 祭司たちはユダの不安を利用して、イエスのところに案内してくれたらお金を払うと言う。 ユダは最初は断ったが、カイアファとアンナスは、そのお金を貧しい人たちを助けるために使えると指摘して、ユダを説得する。 ユダは、イエスが木曜日の夜にゲッセマネの園にいることを明かす（「Blood Money」）。
最後の晩餐（昼間の屋外の庭が舞台）で、イエスはペテロが自分を否定すること、そしてユダが裏切ることを知っていると明かす。 イエスとユダの間で激しい口論が繰り広げられ、ユダは、イエスが自ら与えた希望や理想を破壊した（と思われる）ことで、イエスを非難します。 ユダは、イエスが栄光に到達するのを助けずにそこに留まることで、イエスの野心を台無しにすると脅します。 イエスは彼に去るように言い、「彼らはあなたを待っている」と指摘します。 — 最後の晩餐」で、ユダはついにそれを実行する。 使徒たちが寝静まった頃、イエスはゲッセマネの奥深くに入り、迫り来る死について祈るが、不本意ながらも神の計画を進めることに同意する（「ゲッセマネ／ただ言いたいことがある」）。 イエスはユダを待っていたが、ユダは確かに到着した…衛兵を伴って。 ユダはキスでイエスを裏切る。 弟子たちは衛兵と戦うことを申し出るが、Jesusに促されて身を引く。 イエスはカイアファの家に連れて行かれ、神への冒涜の罪で有罪となり、ピラトのもとに送られる（「逮捕」）。 一方、ペテロは、イエスの従者の一人として告発され、恐る恐る、イエスを3回否定する（「ペテロの否定」）。 イエスはピラトの屋敷に連れて行かれるが、ピラトはイエスが夢に出てきた男であることを知らず、イエスをあざ笑った。 ピラトはユダヤ人を相手にしないので、イエスをヘロデ王に送る（「ピラトとキリスト」）。 派手好きのヘロデは、ようやくイエスに会えたことで、これまでの誇大広告を確かめるチャンスだと興奮する。 ヘロデはイエスに様々な奇跡を起こすように促すが、イエスが奇跡を起こさないと、ヘロデはイエスを無害なインチキだと切り捨てる。
マリアと使徒たちは、事の始まりを思い出し、自分たちの状況がこれほど手に負えないものではなかったと願う（「もう一度やり直してもらえませんか」）。 イエスは独房に入れられ、そこでユダに見られてしまう。ユダは逮捕に関わったことを後悔している。 ユダは金を地面に投げ捨て、祭司たちを罵倒し、砂漠へと走っていく。 イエスを裏切った悲しみと後悔に打ちひしがれたユダは、自分に裏切り者の役割を与えた神を非難する。 ユダが首を吊っている間に（「ユダの死」）、イエスはピラトのもとに連れて行かれ、ピラトはイエスを尋問する。ヘロデも同席しているが、イエスを軽蔑しているため、わざわざ証言することはない。 ヘロデの代わりにカイアファが証言する。 ピラトは、イエスが騙されていると思いながらも、イエスが実際には何の罪も犯していないことに気づく。 ヘロデは最初は喜んでいたが、その後反乱を起こし、最終的には恐怖に襲われる。 ピラトの困惑した無関心は、混乱と怒りの熱狂へと変わる…主に群衆の理不尽な血の渇きに対するものだが、イエスの不可解な諦めと自分を守ろうとしない態度に対するものでもある。 ピラトは、イエスを処刑する以外に選択肢がないことを悟る。さもなければ、群衆は暴力的になるだろう（「ピラトの前での裁判、三十九の鞭打ち」）。 激怒したピラトは、祭司たちの要求通りに死刑を宣告する。 そしてピラトは、イエスの運命を手で洗うような大見得を切る。 イエスの姿が変わり、天が開き、白いジャンパーを着たユダが銀の十字架に乗って降りてくる。 ユダは、イエスは1970年代の今日、メシアとして戻ってくれば、もっと人気が出て、メッセージも広まりやすかっただろうと嘆く。 ユダはまた、イエスが他の宗教の預言者をどう思っているのか…そして最終的に、イエスは自分が彼らの言う通りの人物、おそらく神の子を意味すると思っているのかどうかを疑問に思う（「スーパースター」）。 ユダの質問には答えられない。
映画が終わると、出演者たちは（衣装を脱いで）バスに乗り込む。
映画が終わり、衣装を脱いだ出演者たちはバスに乗り込みますが、ピラト、マグダラのマリア、ユダを演じたバリー・デネン、イボンヌ・エリマン、カール・アンダーソンだけが、イエスを演じたテッド・ニーリーがいないことに気づきます。 アンダーソンは、バスが走り出す瞬間に後部の入り口を掴んで走り去っていく。 そして、『ベン・ハー』と同じように、羊飼いとその群れが、空っぽになった十字架の下の丘を横切っていくシーンで幕を閉じます（「John Nineteen Forty-One」）。