失敗した悪魔祓いを引き起こし、仲間の神父と妊婦を死なせてしまったジョン・バロウ神父(デボン・サワ)は、カトリックの精神病院に収容される。 チャプレンのヘンリー・デイヴィス（ピーター・マクニール）から、バチカンが彼の司祭としての地位を取り消したことを知らされる。 一方、モリー・ハートリー（サラ・リンド）は、24歳の誕生日を迎え、会社の最年少パートナーになった翌朝、騒音の苦情を受けて自宅を調べた警察が、前夜に3Pをした友人2人の死体を発見し、逮捕される。 モリーを取り調べていると、奇妙な音が聞こえてきた後、彼女は声が深くなり、自分のことを「私たち」と呼ぶようになる。 彼女は同じ精神病院に送られ、ローリー・ホーソン博士（ジーナ・ホールデン）のもとで精神鑑定を受けるが、昆虫のような生物が彼女の体に入り込んだことで、病状が悪化する。
ホーソンは、モリーの過去の記録に目を通し、モリーの症状は、彼女が高校のガイダンス・カウンセラーに語った「18歳の誕生日に悪魔にクレームをつけられた」という主張を潜在意識が実現したものだと診断し（このことは、平凡な学生から学業で成功するようになった突然の変化を説明している）、6年6ヶ月と6日の潜伏または妊娠だと説明する。 しかし、独房で無理やりベッドに縛り付けられたモリーの周りで超常現象が起こるようになり、ホーソン博士は悪魔憑きを信じるようになる。 限られた選択肢の中で、彼女はバローに釈放書類へのサインと引き換えに悪魔祓いをしてくれるよう頼む。 最初は断ったものの、精神病院の職員の自殺や超自然現象、そして自分の目でモリーを見たことで、デイヴィスを訪ね、モリーを助けることを勧められ、聖職者の服と悪魔祓いに必要なものを手渡される。 潜伏期間の最後の日、モリーの部屋に行く前に、バロウは外に黒い服を着た数人の人物が立っているのを目撃する。 バローは、モリーの口から出てくる数匹の虫を専用の箱に閉じ込め、聖水を入れた容器に入れておくことで、悪魔祓いを行うことに成功する。 モリーは相部屋で療養し、助けてくれたバローに感謝する。 ホーソーン博士は釈放の書類にサインするが、バロウ神父が精神病院を出て行くと、患者や看護師たちが彼をじっと見ていた。
バロウは容器をデイヴィスに返し、地下室に保管してもらう。
バローはデイヴィスが悪魔崇拝に関する本を持っていることに気づき、その表紙の文字が悪魔祓いの際にモリーの額に書かれた文字と一致することに気づく。 デイヴィスはこれが「リヴァイアサン」であることを説明する。悪魔教の聖書の第4巻で、犯した最悪の罪である「マトリックサイド」を「悪魔の母」、つまり悪魔を孵化させるために体を使った人に犯した後に反キリストが誕生すると説いている。 バローは箱を見せてくれと要求するが、容器を開けると、箱が大きな石に変わっていた。 デイヴィスはバロウを殴り、気絶させる。 一方、目を覚ましたモリーは、同室の他の患者たちが憑依されたような目をしていることに気づく。
バロウは精神病院の密室で目を覚まし、隣の部屋で患者が自殺し、他の患者が死んでいるのを目撃する。 そこには他の患者の死体で埋め尽くされた隣の部屋で自殺する患者の姿があった。 ホーソーン博士はオフィスにいたが、別の看護師に「ついてこい」と言われ、ハサミを持っていく。 彼は彼女を従業員の死体が詰まった部屋に連れて行くが、彼女は殺す前にハサミで彼を致命的に刺してしまう。 彼女はバロー神父がオーダーリーに連れられていくのを目撃し、逃げ出す。 バロウと令嬢は地下の部屋にたどり着くが、そこではデイヴィスとバロウが以前見た黒い服を着た人々が、モリーを生け贄にして反キリストを誕生させる儀式に参加しており、バロウは穢れた儀式によって悪魔を抽出した人物であることから、悪魔の父となる。 モリーを殺す前に、ホーソン博士がデイヴィスの腹部を突き刺し、箱を落として虫を放ち、モリーがデイヴィスを刺す際の気晴らしになる。 バロウ、ホーソン博士、モリーは逃げ出し、参加者の何人かは虫に殺されてしまうが、注文主と参加者の何人かは武器を持って追いかけてくる。 彼らは倒れ、注文主は彼らを撃ちそうになるが、警察が到着し、注文主を撃ち、その場にいた人々を逮捕する。 警察は地下の部屋に入り、生き残った数匹の昆虫がトンネルを通って逃げていく。
以前からデイヴィスを疑っていた警察は、彼を監視していた。 彼の自宅から教団の人々のリストを見つけ、バロウはモリーに安全を保証して救急車で運ばれていくのだった。 一方、移動中のスクールバスに1匹の昆虫が飛来し、バスの後部にいた仲間はずれの少女に接近する。 画面が真っ暗になると、虫は彼女の耳に向かってじりじりと近づいていく。