エジプトにおける宗教の自由は、政府の差別的・制限的な政策によって、程度の差こそあれ妨げられています。 また、エジプト最大の宗教的少数派であるコプト教徒も悪影響を受けている。 1952年にガマル・アブデル・ナセルが起こしたクーデター以降、コプト教徒はますます疎外されるようになりました。 最近まで、キリスト教徒は教会のちょっとした修理でも大統領の承認を得なければなりませんでした。 2005年には承認権限が知事に移譲され、この法律は緩和されましたが、コプト教徒は新しい教会を建てる際に多くの障害や制限に直面しています。
コプト教徒のコミュニティは、イスラム過激派によるヘイトクライムの対象となっています。
コプトのコミュニティは、イスラム過激派によるヘイトクライムの対象となってきました。最も重要なのは、2000年から2001年にかけてのエル・コシェ襲撃事件です。この事件では、イスラム教徒とキリスト教徒の間で論争が起こり、血まみれの宗教間衝突が起こりました。 “カイロの南440kmに位置するエル・コシェの町で暴力が発生し、20人のキリスト教徒と1人のイスラム教徒が死亡した」という。 国際キリスト教コンサーンは、2001年2月にイスラム教徒がエジプトの新しい教会と35人のキリスト教徒の家を燃やしたこと、2001年4月に14歳のエジプト人キリスト教徒の少女が、彼女の両親がイスラム教からキリスト教に改宗した人物をかくまっていると考えられたために誘拐されたことを報告しました。 襲撃者はどの組織にも属しておらず、内務省は「精神的に混乱している」と説明しています。 2010年5月、ウォール・ストリート・ジャーナル紙は、イスラム教徒によるコプト教徒への暴行事件が増加していることを報じました。 必死に助けを求めても、警察が到着するのは暴力が終わった後というのが一般的でした。 また、警察はコプト教徒の起訴を避けるために、加害者との「和解」を受け入れるように強要しましたが、いずれの襲撃事件でもイスラム教徒の有罪判決はありませんでした。 マルサ・マトルーでは、3,000人のイスラム教徒からなるベドウィンの暴徒が、この街のコプト教徒を襲撃しようとし、400人のコプト教徒が教会に立てこもり、18軒の家、23軒の店、16台の車が破壊されました。
ジャーナリストのJohn R. Bradley氏が2008年頃に書いた記事によると、
「…その他のコプト教徒の長年の不満は、警察、司法、軍隊、公務員、政府、教育制度におけるキリスト教徒の割合が少ないことです。 また、国が管理するラジオやテレビへのアクセスも事実上禁止されています。 よく言われる公的な差別の例として、最近まで教会のトイレの修理など簡単な修理をするにも大統領の個人的な承認が必要とされていた法律があり、これが原因で教会建設の許可が10年以上も遅れていると言われています。
米国議会のメンバーは、「人身売買」を懸念しています。
ブトロス・ガリはコプト教徒で、アンワル＝サダット大統領の下でエジプトの外務大臣を務めました。
ブトロス・ガリは、アンワル＝サダット大統領の下で外務大臣を務めたコプト人で、ムバラク政権下では、エジプト政府の内閣に2人のコプト人がいました。 ムバラク政権では、ユセフ・ブトロス・ガリ財務大臣とマグエド・ジョージ環境大臣の2人のコプト人が内閣に就いていた。 また、25人中1人のコプト教徒が上エジプトのケーナ県知事に就任し、数十年ぶりにコプト教徒の知事が誕生しました。 また、実業家として大成功を収めているナグイブ・サウィリス氏は、その時代にエジプトで暮らしていたコプト人です。 2002年、ムバラク政権下で、コプトのクリスマス（1月7日）が公式の祝日として認められました。 しかし、多くのコプト教徒は、法執行機関や国家保安機関、公職に就いている人が少ないことや、宗教を理由に労働力として差別されていることに不満を持ち続けています。 ほとんどのコプト教徒は、他のエジプト人からの独立や分離運動を支持していません。
コプト教徒は、エジプトの政治、官僚、社会において、代表されず、疎外されています。 マイノリティ・アット・リスクの報告によると、国内にはキリスト教徒の知事、大学の学長、学部長はいません。
エジプトの憲法では信教の自由が保障されていますが、ヒューマン・ライツ・ウォッチによると、”エジプト人はイスラム教に改宗することは一般的に困難ではないが、キリスト教に改宗したイスラム教徒は新しい身分証明書を手に入れることが困難であり、中にはそのような書類を偽造した疑いで逮捕された人もいる “としています。 しかし、コプト教徒は、キリスト教徒が容易にイスラム教徒になることができるため、キリスト教からイスラム教への改宗を防ぐために苦心しています。 公務員は自身が保守的であるため、法律で定められた宗教変更を認めるために必要な法的手続きの複雑さを強めている。 治安当局は、イスラム教からキリスト教への改宗（場合によってはその逆も）が社会不安を引き起こす可能性があると主張し、社会的トラブルの発生を防ぐための措置を取っているだけだと主張して、対象者を不当に拘束することを正当化することがある。 2007年、カイロの行政裁判所は、45人の市民がイスラム教に改宗した後にキリスト教に復帰したことを証明する身分証明書を取得する権利を否定した。
1897年のエジプト国勢調査では、都市部における非イスラム教徒の割合は14.7％（キリスト教徒13.2％、ユダヤ教徒1.4％）と報告されている。 1986年のエジプト国勢調査では、都市部における非イスラム教徒の割合は6.1％（キリスト教徒5.7％、ユダヤ教徒0％）であった。 ユダヤ人の割合が減少したのは、イスラエルの誕生とそれに伴うエジプトのユダヤ人の移住によるものと解釈されています。 エジプトのキリスト教徒の割合が55％も減少していることについては説明がつかない。
2013年7月3日のクーデターと軍部とモルシ支持派の衝突を受けて、2013年8月、エジプトではモルシ支持派によるコプト教の教会や施設への攻撃が拡大しました。 少なくとも1人のエジプト人学者（Samuel Tadros）によると、この攻撃は14世紀以降のコプト教会に対する最悪の暴力だといいます。
USA Todayは、「40の教会が略奪や放火を受け、23の教会が攻撃を受けて大きく損傷した」と報じています。 ジャーナリストのカーステン・パワーズ氏によると、ムスリム同胞団の「自由と正義党」のFacebookページには、「コプト教徒に対する憎しみを煽るためのデマが氾濫していた」とのことです。 同党のページでは、コプト教会が「イスラム教とイスラム教徒に対する戦争」を宣言したとし、「教会の法王が、初めて選出されたイスラム主義者の大統領の解任に関与している」と主張していました。 教会の教皇は、イスラムのシャリーアは後ろ向きで、頑固で、反動的だと主張している。” 8月15日には、「Egyptian Initiative for Personal Rights」という傘下の9つのエジプトの人権団体が声明を発表し、次のように述べています。
12月に・・・同胞団の指導者たちは、反キリスト教の宗派的な扇動を煽り始めた。 反コプト派の扇動と脅迫は6月30日のデモまで衰えることなく続き、モルシ大統領が解任されると…宗派間の暴力に変化し、それは…座り込みの間中、ステージ上で同胞団の指導者から聞かれた反コプト派の継続的なレトリックによって制裁された。