アプガーは、コロンビア・プレスビテリアン医療センター（現ニューヨーク・プレスビテリアン病院）とコロンビア大学医師・外科医学校で専門部門の責任者を務めた最初の女性です。 彼女は、アレン・ウィップルと共同で、P&Sの麻酔部門を立ち上げました。 彼女は部門の管理業務を担当し、部門の人員配置や病院全体の業務を調整する役割を担っていました。 1940年代のほとんどの期間、彼女は管理者、教師、リクルーター、コーディネーター、そして現役の医師として活躍しました。
1966年、新生児を診察するバージニア・アプガー
麻酔科が看護師の専門分野から医師の専門分野に変更されて間もない頃だったので、プログラムに参加する研修生を見つけるのはしばしば困難でした。 また、新しい麻酔科医は、手術室に麻酔専門の医師がいることに慣れていない他の医師、特に外科医からの批判にもさらされました。 これらの困難は、部門の資金調達や支援を得るための問題にもつながりました。
1945年に終戦を迎えると、帰還した医師たちの間で麻酔学への関心が再び高まり、Apgarの部門の人員問題はすぐに解決しました。 麻酔科の人気が高まり、アプガーがレジデントプログラムを開発したことで、P&Sは1949年に正式な学科として設立しました。 しかし、アプガーの研究不足が原因で、期待されていた学科長にはなれず、同僚のエマニュエル・パッパーがその任に就きました。
産科
1949年、アプガーは女性として初めてP&Sの正教授となり、1959年まで在籍しました。 その間、ニューヨーク・プレスビテリアン病院の一部門である、付属のスローン女性病院でも臨床と研究を行っていました。
1930年代から1950年代にかけて、アメリカの乳児死亡率は低下しましたが、生後24時間以内に死亡する乳児の数は一定していました。 アプガーはこの傾向に着目し、特に生後24時間以内の乳児死亡率を低下させる方法を研究し始めた。
この調査により、新生児の健康状態を評価するための標準的なスコアリングシステムが生まれ、その結果を新生児の「アプガースコア」と呼ぶようになった。 新生児の心拍数、呼吸数、顔色、筋緊張、反射性過敏性の各項目について、0点、1点、2点（2点は最適な状態、0点は苦痛を感じている状態）のスコアが付けられます。 新生児のスコアは、0から10までの範囲で集計され、10が新生児の最良の状態となります。 新生児の状態が十分に改善されない場合には、治療の指針とするために、生後1分後にスコアを与え、5分刻みで追加のスコアを与えることができることになっていた。 1960年代には、アメリカの多くの病院でアプガースコアが採用されるようになりました。
1959年、アプガーはコロンビア大学を卒業し、ジョンズ・ホプキンス大学衛生・公衆衛生学部で公衆衛生学の修士号を取得しました。
妊娠期間が乳児のアプガースコアに直接関係していることから、アプガーはマーチ・オブ・ダイムス財団で、現在マーチ・オブ・ダイムスの最優先事項の1つである早産の問題に注目した最初の人物の1人でした。 この間、彼女は執筆活動や講演活動を精力的に行い、人気雑誌に記事を寄稿するとともに、研究活動も行った。
1964年から65年にかけて風疹が大流行した際、アプガーは風疹の母子感染を防ぐための世界共通のワクチン接種を提唱した。 風疹は、妊娠中の女性が感染すると重篤な先天性疾患を引き起こす可能性があります。 1964年から1965年の間に、米国では推定1,250万人の風疹患者が発生し、11,000件の流産または治療目的の中絶、20,000件の先天性風疹症候群が発生しました。 その結果、2,100人の乳児死亡、12,000人の難聴、3,580人の白内障および／または小眼球症による失明、1,800人の知的障害が発生しました。
アプガーはRh検査の有効利用も推進しました。Rh検査は、母親の抗体が胎盤を通過して胎児の赤血球と結合して破壊され、胎児の水腫や流産を引き起こすリスクのある女性を特定することができます。
アプガーは、毎年何千キロもの距離を移動して、先天性異常の早期発見の重要性と、この分野での研究の必要性について、さまざまな聴衆を前に講演しました。
アプガーは、毎年何千キロもの距離を移動しながら、先天性異常の早期発見の重要性や、この分野の研究の必要性について、さまざまな聴衆に向けて講演を行っていました。 また、ナショナルファウンデーションでは、基礎医学研究部長（1967年～1968年）、医事担当副会長（1971年～1974年）を務めました。
アプガーは、コーネル大学医学部の小児科講師（1965年～1971年）、臨床教授（1971年～1974年）を務め、奇形学（先天性欠損症の研究）を教えていました。 彼女は、小児科のこの新しい分野で教授職に就いた最初の人でした。
エイプガーはこれまでに、新聞や雑誌に60以上の科学論文や多くの短いエッセイを発表しており、著書には『Is My Baby All Right?
エイプガーは、そのキャリアの中で、60の科学論文と多くの短いエッセイを新聞や雑誌に発表し、著書『Is My Baby All Right? Waters賞」を受賞しました（1973年）。
アプガーは、社会の有力者と同様に、10代の若者にも積極的に話しかけていました。
アプガーは、社会の有力者だけでなく、10代の若者にも積極的に話しかけることができ、当時はタブーとされていた10代の妊娠や先天性疾患について、March of Dimes Youth Conferenceで講演しました。