小児外科自体のサブスペシャリティには、新生児外科や胎児外科などがあります。
他の外科領域にも、それぞれ小児専門分野があり、レジデンシーやフェローシップでのさらなるトレーニングが必要です。 小児心臓外科（心臓や肺の移植を含む、子どもの心臓や肺の手術）、小児腎臓外科（腎臓や尿管の移植を含む、子どもの腎臓や尿管の手術）、小児脳神経外科（子どもの脳、中枢神経系、脊髄、末梢神経の手術）、小児泌尿器外科（子どもの膀胱や、射精に必要な腎臓以下の構造物の手術）、小児緊急手術。 胎児・胚を対象とした手術（産婦人科手術、新生児科、母体・胎児医学と重複）、青年・若年層を対象とした手術、小児の肝臓・胃腸を対象とした手術（小児の肝臓・胃腸移植を含む）。 小児整形外科（子供の筋肉や骨の手術）、小児形成・再建外科（火傷や口蓋裂などの先天性障害で主要臓器に影響がないもの）、小児腫瘍外科（小児がん）などがあります。