ミッション・サンファン・カピストラーノは、240年の歴史の中で、多くの人々が暮らしてきました。 その歴史は、過去の住人と現在の訪問者の記憶と物語で構成されています。
サンファン・カピストラーノは、1776年11月1日にジュニペロ・セラによって、スペイン人がカリフォルニアに設立した21のミッションのうち、7番目のミッションとして恒久的に設立されました。 当初は1775年10月末に開始されたが、わずか1週間で放棄せざるを得なくなった。 11月初旬にクメヤイ族の兵士がサンディエゴのミッションを破壊したため、兵士たちはサンディエゴの守備隊を強化するためにサンディエゴに戻ることになった。
ミッション・サンファン・カピストラーノは、スペインの領土を拡大し、カリフォルニアの先住民にキリスト教を普及させるために設立された。
ミッション・サンファン・カピストラーノは、スペインの領土を拡大し、カリフォルニアの先住民にキリスト教を広めるために設立された。 伝道所は、先住民にカトリック信者になるよう説得し、スペインの農業や村の生活の基礎を教える、同化のための機関であった。 その目的は、先住民を自立したスペイン人として、植民地秩序の一員に変えることであった。
1776年にサンファン・カピストラーノ伝道所が設立されたことは、先住民であるアクジャケメン（Ah-HAWSH-eh-men）にとって多くの変化と課題を意味しました。 スペイン人は、新しい技術、衣服、食物、動物、そしてアイデアを持ち込んできました。 宣教師は、カトリックの信仰を学び、洗礼を受けて伝道部に参加することをアチャヘメンに勧めました。 しかし、正式にミッションに参加するということは、アクジャヘムの人々の生活のほとんどすべてを変えなければならないということでした。 文化、言語、宗教、仕事、衣服、食べ物、そして一日のスケジュールまで変えなければならなかったのです。
ミッションに参加するという決断は、必ずしも簡単ではありませんでした。 カリフォルニア伝道部の歴史家、スティーブン・ハッケル氏は、スペイン人の到来とともに「馬、ラバ、牛、羊がやってきて、どんどん増えていった。 馬は先住民の植物や動物を駆逐し、オークや枯れ草以外は何もない丘陵地帯という、現在のカリフォルニアを象徴する風景を形成したのです。
さらに、伝道所での生活は病原菌にさらされることを意味します。
さらに、伝道所での生活は、細菌に触れることでもありました。スペイン人は、伝道所に到着したことで、意図せずして、肺炎、結核、はしか、梅毒などの病気にネイティブ・アメリカンをさらしてしまったのです。 近代的な医学知識がなければ、病気の蔓延を防ぐことはほとんどできなかった。
1770年にはカリフォルニアの沿岸部（ミッションチェーンゾーン）に約65,000人のネイティブアメリカンが住んでいたと推定されますが、1830年には17,000人しか残っておらず、74％も減少しました。
1812年以降、ミッションは衰退していきました。1812年12月の地震で大石教会が倒壊したこと、出生率の低下、病気による先住民の死亡率の上昇、スペイン政府がミッションを十分に保護し、必要な物資を供給できなかったことなど、多くの要因が絡んでいました。
1821年にはメキシコがスペインから独立し、アルタ・カリフォルニアはメキシコの領土となりました。
1821年にメキシコがスペインから独立し、アルタ・カリフォルニアはメキシコ領となりましたが、新しい政府の下でミッションは衰退の一途をたどりました。
1845年、ピオ・ピコ総督はミッションを売却しました。
1850年にカリフォルニア州が誕生しました。
1850年にカリフォルニアが州になり、カリフォルニアのカトリック司教、ジョセフ・アレマニーは、ミッションの建物と土地がカトリック教会に返還されるよう、アメリカ政府に請願しました。
1870年代から1900年代初頭にかけて、芸術家や写真家、先見の明のある人々がミッションに関心を寄せました。
1870年代から1900年代初頭にかけて、芸術家や写真家、先見の明のある人々がミッションに関心を寄せ、多くの地域のリーダーが修復運動に参加しました。
現在のミッションは、文化的な目的地であり、インスピレーションの場であり、教育の場であり、保存の場であり、継続的な学習と礼拝の場としての役割を果たしています。