肺炎連鎖球菌。 しばしば「肺炎球菌」と呼ばれるこの細菌は、通常、多くの人の鼻や咽頭に存在し、感染を引き起こすことはありません。 そのため、健康な保菌者が高齢者や子供などの感染しやすい人に細菌を感染させ、その人たちが重篤な病気を引き起こすことがある。 スイスでは、肺炎球菌は、毎年約1,000件の重篤な感染症（血流や髄膜炎）や数千件の肺炎を引き起こすと言われている。 また、肺炎だけでなく、気管支炎や耳鼻咽喉科の感染症など、自然治癒する感染症の原因にもなっている。
黄色ブドウ球菌は、ヒトの人口の約3分の1が皮膚のフローラの一部として存在し、病気を引き起こすことはありません。 黄色ブドウ球菌は、菌株と感染者の免疫システムに応じて、血流を含む体内の皮膚、骨、軟部組織に感染します。 病院では、術後の感染症の原因として最も頻繁に使用されます。 畜産業では、特に乳牛の乳房に様々な感染症を引き起こします（乳房炎）。
大腸菌は、人や動物の腸内に生息し、病気を起こさない腸内細菌です。
大腸菌は、人間や動物の腸内に生息する腸内細菌で、病気を起こすことはなく、健康な人の正常な腸内フローラの一部を構成する有用な菌でもあります。 しかし、下部尿路や腹部、新生児の場合は脳など、体内のどこかに入ると感染症を引き起こすことがあります。 ある種の病原性大腸菌（例えば、毒素を産生するO157:H7）は、動物から食品を介して人に感染することが知られている。 人間の場合、このような細菌は、発熱、吐き気、嘔吐、胃けいれん、下痢などを引き起こし、場合によっては命にかかわることもあります。
Klebsiella pneumoniaeは、健康な人や動物の消化管によく存在する腸内細菌の一種です。 しかし、病院関連の感染症、尿路感染症、呼吸器感染症、特に肺炎を引き起こす最も一般的な原因菌の一つです。 新生児の場合、Klebsiella pneumoniaeは血流に感染し、死亡率の上昇につながります。 また、この種の細菌は、複数の抗生物質耐性を容易に獲得する能力を持っています。
また、病院や介護施設での感染症を引き起こす、いわゆる病院病原菌の一つであるアシネトバクター・バウマンニや緑膿菌も注目すべき存在です。 この2つの細菌種は、カルバペネム系やポリミキシン系などの最後の砦となる抗生物質に対する耐性が、国内だけでなく世界的にも高まっています。