Subspecjalizacje samej chirurgii dziecięcej obejmują: chirurgię noworodka i chirurgię płodu.
Inne dziedziny chirurgii również mają swoje własne specjalności pediatryczne, które wymagają dalszego szkolenia podczas rezydentur i w ramach stypendium: kardiochirurgia dziecięca (operacje na sercu i/lub płucach dziecka, w tym przeszczepianie serca i/lub płuc), chirurgia nefrologiczna dziecięca (operacje na nerkach i moczowodach dziecka, w tym przeszczepianie nerek, czyli nerek), neurochirurgia dziecięca (operacje na mózgu dziecka, ośrodkowym układzie nerwowym, rdzeniu kręgowym i nerwach obwodowych), chirurgia urologiczna dziecięca (operacje na pęcherzu moczowym dziecka i innych strukturach poniżej nerek niezbędnych do ejakulacji), chirurgia ratunkowa dziecięca, chirurgia z udziałem płodów lub zarodków (pokrywa się z chirurgią położniczo-ginekologiczną, neonatologią i medycyną matczyno-płodową), chirurgia z udziałem młodzieży lub młodych dorosłych, dziecięca chirurgia hepatologiczna (wątroby) i chirurgia przewodu pokarmowego (żołądka i jelit) (w tym przeszczepianie wątroby i jelit u dzieci) chirurgia ortopedyczna dziecięca (chirurgia mięśni i kości u dzieci), chirurgia plastyczna dziecięca i rekonstrukcyjna (np. w przypadku oparzeń lub wad wrodzonych, takich jak rozszczep podniebienia nie obejmujący głównych narządów) oraz chirurgia onkologiczna dziecięca (nowotwory u dzieci).