The Havasupai żyli, uprawiali i polowali na całym ich tradycyjnym terytorium, obejmującym kaniony i płaskowyże w i wokół Havasu Canyon, przez wieki przed przybyciem Europejczyków. Gospodarowali w kanionach wiosną i latem, a jesienią i zimą przenosili się na płaskowyże. W latach 70. XIX wieku, kiedy europejscy górnicy, ranczerzy i osadnicy przybyli na terytorium Arizony w coraz większej liczbie, wzrosła presja, aby ograniczyć Havasupai i inne plemiona do małych i wyznaczonych rezerwatów. W 1882 roku prezydent Chester Arthur ustanowił Havasupai Indian Reservation przez Executive Order, i ograniczył plemię do 518 akrów w kanionie Havasu. Reszta ich ziem przodków zostały podjęte przez rząd federalny do użytku publicznego. Według raportów, Havasupai byli całkowicie nieświadomi Rozporządzenia Wykonawczego przez kilka lat. Redukcja ich ziem doprowadziła do zakłóceń w sposobie życia plemienia i ciągłych napięć między plemieniem a rządem USA.
Z chwilą utworzenia Parku Narodowego Wielkiego Kanionu w 1919 roku rezerwat został całkowicie otoczony przez ziemie Parku Narodowego. Na mocy porozumienia z rządem federalnym, rezerwat i szlaki, które do niego prowadziły, pozostały suwerenne dla plemienia Havasupai. Plemię nieustannie lobbowało Stany Zjednoczone, aby przywrócić im więcej ziemi ich przodków, jednak bezskutecznie. W latach pięćdziesiątych ubiegłego wieku kurator Wielkiego Kanionu, John McLaughlin, zaproponował przejęcie rezerwatu, ale został odrzucony przez plemię.
W końcu upór plemienia zaczął się opłacać. W 1968 roku plemię wygrało sprawę przeciwko rządowi z Indian Claim Commission. Orzeczenie stwierdzało, że ziemie zostały odebrane plemieniu nielegalnie w 1882 roku i że plemię miało prawo do odzyskania tych ziem poprzez zapłacenie rządowi uczciwej wartości rynkowej za nieruchomość. Przy stawce 55 centów za akr, wartość ziem została ustalona na nieco ponad milion dolarów. Jednak plemię nadal walczyło o zwrot tych ziem, bez konieczności płacenia za nie. Plemię znalazło wsparcie w administracji Nixona i zaczęło lobbować na rzecz uchwalenia ustawy kongresowej S. 1296, która zwróciłaby ziemie plemieniu. W końcu, w 1975 roku, Kongres Stanów Zjednoczonych uchwalił ustawę o powiększeniu Parku Narodowego Wielkiego Kanionu, która została podpisana przez prezydenta Geralda Forda 4 stycznia 1975 roku. Wśród innych rzeczy, ustawa zwróciła 188,077 akrów (76,112 ha) płaskowyżu i kanionu ziemi do Havasupai, który jest co tworzy rezerwat dzisiaj.
Plemię nadal mówi Yuman, jeden z około 200 rdzennych języków nadal używane w Ameryce Północnej.