Mission San Juan Capistrano był domem dla wielu ludzi w ciągu swojej 240-letniej historii. Jego historia składa się ze wspomnień i opowieści jego dawnych mieszkańców i obecnych gości. Jest to miejsce o znaczeniu historycznym, kulturowym i religijnym, a także miejsce inspiracji i edukacji.
Mission San Juan Capistrano została na stałe założona przez Junipero Serra 1 listopada 1776 roku, jako siódma z 21 misji założonych w Kalifornii przez Hiszpanów. To pierwotnie rozpoczął się pod koniec października 1775 roku, ale musiał zostać opuszczony po zaledwie tygodniu. Grupa wojenna Kumeyaay zniszczyła Mission San Diego na początku listopada, a żołnierze otrzymali rozkaz powrotu do San Diego, aby wzmocnić tamtejszy garnizon. Księża musieli udać się do San Diego wraz z żołnierzami.
Misja San Juan Capistrano została założona w celu rozszerzenia granic terytorialnych Hiszpanii i szerzenia chrześcijaństwa wśród rdzennych mieszkańców Kalifornii. Misje i presidios (forty) miały być głównymi instytucjami dla rozprzestrzeniania się hiszpańskiego panowania. Misje miały być agentami asymilacji, przekonując tubylców do zostania katolikami i ucząc ich podstaw hiszpańskiego rolnictwa i życia wiejskiego. Celem było przekształcenie ich w samowystarczalnych hiszpańskich poddanych i członków porządku kolonialnego. Presidios miały chronić misje przed wrogimi tubylcami, a także chronić terytorium przed potencjalnym wtargnięciem Rosji lub innych europejskich potęg.
Założenie misji San Juan Capistrano w 1776 roku oznaczało wiele zmian i wyzwań dla rdzennych Acjachemen (Ah-HAWSH-eh-men). Hiszpanie przywieźli ze sobą nowe rodzaje technologii, ubrania, żywność, zwierzęta i pomysły. Misjonarze zachęcali Acjachemenów do poznania wiary katolickiej i przyjęcia chrztu, aby przyłączyć się do Misji. Oficjalne przyłączenie się do Misji oznaczało jednak, że Acjachemen musieli zmienić prawie wszystko w swoim życiu. Musieli zmienić swoją kulturę, język, religię, pracę, ubrania, jedzenie, a nawet swój codzienny rozkład dnia.
Decyzja o przyłączeniu się do misji nie zawsze była łatwa. Historyk misji kalifornijskich, Steven Hackel, wyjaśnia, że wraz z przybyciem Hiszpanów „przybyły konie, muły, woły i owce, które rozmnożyły się i rozkwitły. Spustoszyły one również rodzimą roślinność i zwierzęta, kształtując wiele z ikonicznego krajobrazu Kalifornii – wzgórz pozbawionych wszystkiego poza dębami i suchymi trawami. Rdzenni mieszkańcy stanu zostali zmuszeni do znalezienia nowych źródeł pożywienia, a wielu z nich nie miało innego wyboru, jak tylko opuścić swoje wioski i udać się na misje.”
Co więcej, życie w misji oznaczało również narażenie na zarazki. Wraz z ich przybyciem, Hiszpanie nieumyślnie narazili rdzennych Amerykanów na choroby takie jak zapalenie płuc, gruźlica, odra i syfilis. Bez nowoczesnej wiedzy medycznej, nie było wielu sukcesów w zapobieganiu rozprzestrzeniania się chorób. Bliskie kwatery, złe warunki sanitarne i brak naturalnej odporności na powszechne choroby europejskie okazały się śmiertelne dla rdzennej ludności.
Oszacowano, że około 65 000 rdzennych Amerykanów żyło w strefie przybrzeżnej Kalifornii (strefa łańcucha misji) w 1770 roku, a w 1830 roku tylko 17 000 pozostało przy życiu, co stanowi spadek o 74%.
Po 1812 roku Misje zaczęły podupadać. Wiele czynników przyczyniło się do upadku Misji, w tym trzęsienie ziemi w grudniu 1812 roku, które spowodowało zawalenie się Wielkiego Kamiennego Kościoła, spadek liczby urodzeń, rosnąca śmiertelność wśród tubylców spowodowana chorobami, niezdolność rządu hiszpańskiego do odpowiedniej ochrony i zaopatrzenia Misji w potrzebne towary.
Do 1821 roku Meksyk zdobył niepodległość od Hiszpanii, co spowodowało, że Alta California stała się terytorium Meksyku. Pod nowym kierownictwem rządowym, Misja nadal podupadała.
W 1845 roku, gubernator Pio Pico sprzedał samą Misję. Misja została sprzedana na aukcji Johnowi Forsterowi, szwagrowi gubernatora Pico. Przez następne 20 lat, Misja była prywatną posiadłością rodziny Forster.
Kalifornia stała się stanem w 1850 roku. Katolicki biskup Kalifornii, Joseph Alemany, złożył petycję do rządu USA, aby budynki i ziemie misji wróciły do Kościoła katolickiego. W 1865 roku, prezydent Abraham Lincoln zwrócił Misję Kościołowi Katolickiemu.
Zaczynając od lat 70-tych XIX wieku i przez całe wczesne lata 1900, artyści, fotografowie i wizjonerzy zainteresowali się misjami. Wielu liderów społeczności przyłączyło się do kampanii na rzecz renowacji. Landmarks Club, prowadzony przez Charlesa Lummisa i ojca St. John O’Sullivan byli największymi orędownikami zachowania Mission San Juan Capistrano, rozpoczynając nową erę dla tego zabytku.
Dzisiaj Mission jest kulturalnym celem podróży, miejscem inspiracji, edukacji i ochrony i służy jako żywe miejsce ciągłej nauki i kultu.