Konflikt
Walki rozpoczęły się 12 stycznia 1904 r. w małym miasteczku Okahandja, siedzibie wodzostwa Herero pod przywództwem Samuela Maharero. Nadal nie jest jasne, kto oddał pierwsze strzały, ale do południa tego dnia bojownicy Herero oblegli niemiecki fort. W następnych tygodniach walki rozlały się po centralnych wyżynach. Starając się zapanować nad sytuacją, Maharero wydał szczegółowe zasady walki, które wykluczały przemoc wobec kobiet i dzieci. Mimo to w atakach tych zginęło 123 osadników i żołnierzy, w tym co najmniej cztery kobiety.
Major Theodor Leutwein, dowódca wojskowy i gubernator kolonii, był odpowiedzialny za niemiecką reakcję. Ponieważ Herero byli dobrze uzbrojeni, a ponadto znacznie przeważali liczebnie nad niemieckim garnizonem kolonialnym, opowiadał się za rozwiązaniem konfliktu w drodze negocjacji. Nie zgodził się z nim jednak sztab generalny w Berlinie, który domagał się rozwiązania militarnego. 13 kwietnia wojska Leutweina zostały zmuszone do żenującego odwrotu, w wyniku czego gubernator został zwolniony z dowództwa wojskowego. Na jego miejsce cesarz niemiecki Wilhelm II mianował nowym głównodowodzącym gen. broni Lothara von Trotha. Był on weteranem wojen kolonialnych w Niemieckiej Afryce Wschodniej i powstania bokserów w Chinach.
Von Trotha przybył 11 czerwca 1904 roku. W tym momencie od dwóch miesięcy nie toczyły się żadne większe walki. Herero uciekli na odległy płaskowyż Waterberg na skraju Kalahari (pustyni), aby oddalić się od niemieckich wojsk i linii zaopatrzenia, próbując uniknąć dodatkowych bitew i bezpiecznie czekać na ewentualne negocjacje pokojowe lub, w razie potrzeby, być dobrze przygotowanym do ucieczki do brytyjskiego Bechuanalandu (obecnie Botswana). Von Trotha wykorzystał tę przerwę, by stopniowo okrążyć Herero. Przeniesienie wojsk na płaskowyż Waterberg było dużym przedsięwzięciem, zważywszy na to, że niemieckie mapy tego obszaru były niekompletne, a przez nierówny teren trzeba było przewieźć wodę wraz z ciężką artylerią, która była niezbędna do skutecznego ataku. Strategią generała było „unicestwienie tych mas za pomocą jednoczesnego uderzenia.”
Wczesnym rankiem 11 sierpnia 1904 roku von Trotha rozkazał swoim 1500 żołnierzom zaatakować. Stając przeciwko około 40 000 Herero, z których tylko około 5 000 nosiło broń, Niemcy polegali na elemencie zaskoczenia i nowoczesnej broni. Strategia się sprawdziła. Ciągły ostrzał artyleryjski zmusił Herero do desperackiego ataku, na który czekały niemieckie karabiny maszynowe. Do późnego popołudnia Herero zostali pokonani. Jednak słaba niemiecka flanka na południowym wschodzie pozwoliła większości Herero na desperacką ucieczkę do Kalahari. W tym exodusie do brytyjskiego Bechuanalandu wiele tysięcy mężczyzn, kobiet i dzieci ostatecznie zmarło z pragnienia.
W kolejnych miesiącach von Trotha kontynuował pościg za Herero na pustyni. Ci, którzy się poddali lub zostali schwytani przez Niemców, byli często rozstrzeliwani. Na początku października von Trotha został jednak zmuszony do zaniechania pościgu z powodu wyczerpania i braku zaopatrzenia.