Wolność religijna w Egipcie jest w różnym stopniu utrudniana przez dyskryminacyjną i restrykcyjną politykę rządu. Chrześcijanie koptyjscy, będący największą mniejszością religijną w Egipcie, są również negatywnie dotknięci. Po zamachu stanu przeprowadzonym w 1952 r. przez Gamala Abdela Nassera Koptowie są coraz bardziej marginalizowani. Do niedawna chrześcijanie musieli uzyskiwać zgodę prezydenta nawet na drobne naprawy w kościołach. Chociaż prawo to zostało złagodzone w 2005 roku poprzez przekazanie uprawnień do wydawania zezwoleń gubernatorom, Koptowie nadal napotykają wiele przeszkód i ograniczeń w budowaniu nowych kościołów. Ograniczenia te nie dotyczą budowy meczetów.
Społeczność koptyjska była celem przestępstw z nienawiści ze strony islamskich ekstremistów. Najbardziej znaczące były ataki w El Kosheh w latach 2000-01, w których muzułmanie i chrześcijanie byli zaangażowani w krwawe starcia międzyreligijne po sporze między muzułmaninem a chrześcijaninem. „Dwudziestu chrześcijan i jeden muzułmanin zostali zabici po tym, jak wybuchła przemoc w mieście el-Kosheh, 440 kilometrów (270 mil) na południe od Kairu”. International Christian Concern donosi, że w lutym 2001 r. muzułmanie spalili nowy egipski kościół i domy 35 chrześcijan, a w kwietniu 2001 r. porwano 14-letnią egipską chrześcijańską dziewczynkę, ponieważ uważano, że jej rodzice ukrywają osobę, która przeszła z islamu na chrześcijaństwo.
W 2006 r. jedna osoba zaatakowała trzy kościoły w Aleksandrii, zabijając jedną osobę i raniąc 5-16. Napastnik nie był związany z żadną organizacją i został określony przez Ministerstwo Spraw Wewnętrznych jako „zaburzony psychicznie”. W maju 2010 roku The Wall Street Journal donosił o nasilających się falach ataków muzułmanów na etnicznych Koptów. Pomimo gorączkowych wezwań o pomoc, policja zazwyczaj przybywała na miejsce już po zakończeniu przemocy. Policja wymuszała również na Koptach „pojednanie” z napastnikami, aby uniknąć postawienia ich w stan oskarżenia, przy czym żaden z muzułmanów nie został skazany za żaden z ataków. W Marsa Matrouh, beduiński tłum 3,000 muzułmanów próbował zaatakować koptyjską populację miasta, z 400 Koptami zmuszonymi do zabarykadowania się w swoim kościele, podczas gdy tłum zniszczył 18 domów, 23 sklepy i 16 samochodów.
Dziennikarz John R. Bradley pisząc około 2008 roku zauważył, że
” … inne długotrwałe skargi Koptów obejmują niedostateczną reprezentację chrześcijan w policji, sądownictwie, siłach zbrojnych, służbie cywilnej, rządzie i systemie edukacji. Istnieje również wirtualny zakaz dostępu do kontrolowanego przez państwo radia i telewizji. Jednym z często przywoływanych przykładów oficjalnej dyskryminacji jest prawo, które do niedawna wymagało osobistej zgody prezydenta na przeprowadzenie nawet prostych napraw w kościele, takich jak naprawa toalety, i które było obwiniane za opóźnienia w wydawaniu pozwoleń na budowę kościołów o ponad dekadę. Mubarak złagodził to prawo w 2005 roku, przekazując taką odpowiedzialność lokalnym gubernatorom.”
Członkowie Kongresu USA wyrazili zaniepokojenie „handlem ludźmi”. Kongresu wyrazili zaniepokojenie „handlem ludźmi” koptyjskich kobiet i dziewcząt, które są ofiarami uprowadzeń, przymusowej konwersji na islam, wykorzystywania seksualnego i przymusowych małżeństw z muzułmańskimi mężczyznami.
Boutros Boutros-Ghali był Koptem, który służył jako minister spraw zagranicznych Egiptu za czasów prezydenta Anwara Sadata. Podczas reżimu Mubaraka w egipskim rządzie zasiadało dwóch Koptów: Minister Finansów Youssef Boutros Ghali i Minister Środowiska Magued George. Był też jeden koptyjski gubernator spośród 25 – gubernator górnoegipskiego gubernatorstwa Qena, pierwszy koptyjski gubernator od kilkudziesięciu lat. Ponadto Naguib Sawiris, odnoszący ogromne sukcesy biznesmen, jest Koptem, który mieszkał w Egipcie w tamtych czasach. W 2002 roku, za rządów Mubaraka, koptyjskie Boże Narodzenie (7 stycznia) zostało uznane za oficjalne święto. Jednak wielu Koptów nadal skarży się, że są w minimalnym stopniu reprezentowani w organach ścigania, bezpieczeństwa państwowego i urzędach publicznych, a także, że są dyskryminowani w pracy ze względu na swoją religię. Większość Koptów nie popiera ruchu niepodległościowego lub separacji od innych Egipcjan.
Koptowie są niereprezentowani i marginalizowani w egipskiej polityce, biurokracji i społeczeństwie. Minorities at Risk donosi, że w kraju nie ma chrześcijańskich gubernatorów, rektorów uniwersytetów czy dziekanów. Oficjalna i nieoficjalna dyskryminacja Koptów przejawia się w takich formach, jak niekorzystna sytuacja w edukacji i systemie sądowniczym, przemoc ze strony bojowników islamskich oraz ograniczenia działalności i ekspresji religijnej.
Podczas gdy wolność wyznania jest gwarantowana przez egipską konstytucję, według Human Rights Watch, „Egipcjanie są w stanie przejść na islam generalnie bez trudności, ale muzułmanie, którzy przechodzą na chrześcijaństwo napotykają na trudności w uzyskaniu nowych dokumentów tożsamości, a niektórzy zostali aresztowani za rzekome fałszowanie takich dokumentów.” Wspólnota koptyjska stara się jednak zapobiegać konwersji z chrześcijaństwa na islam ze względu na łatwość, z jaką chrześcijanie mogą często stać się muzułmanami. Urzędnicy państwowi, sami będąc konserwatystami, potęgują złożoność procedur prawnych wymaganych do uznania zmiany religii zgodnie z wymogami prawa. Agencje bezpieczeństwa czasami twierdzą, że takie konwersje z islamu na chrześcijaństwo (lub czasami odwrotnie) mogą wywołać niepokoje społeczne, i w ten sposób usprawiedliwiają się z bezprawnego zatrzymania osób, twierdząc, że po prostu podejmują kroki w celu zapobieżenia prawdopodobnym kłopotom społecznym. W 2007 r. sąd administracyjny w Kairze odmówił 45 obywatelom prawa do otrzymania dokumentów tożsamości dokumentujących ich powrót na chrześcijaństwo po przejściu na islam. Jednak w lutym 2008 r. Najwyższy Sąd Administracyjny uchylił tę decyzję, zezwalając 12 obywatelom, którzy przeszli na chrześcijaństwo, na ponowne wpisanie swojej religii do dowodów osobistych, ale będą oni musieli podać, że przyjęli islam na krótki okres czasu.
Egipski Spis Powszechny z 1897 r. podaje, że odsetek niemuzułmanów w prowincjach miejskich wynosi 14,7% (13,2% chrześcijan, 1,4% Żydów). Egipski Spis Powszechny z 1986 roku podał procent niemuzułmanów w prowincjach miejskich jako 6,1% (5,7% chrześcijan, 0% Żydów). Spadek reprezentacji żydowskiej jest interpretowany poprzez utworzenie państwa Izrael i późniejszą emigrację egipskich Żydów. Nie ma wytłumaczenia dla 55% spadku odsetka chrześcijan w Egipcie. Sugerowano, że egipskie spisy ludności przeprowadzone po 1952 r. zostały upolitycznione, aby niedoreprezentować populacji chrześcijańskiej.
W sierpniu 2013 r., po przewrocie z 3 lipca 2013 r. i starciach między wojskiem a zwolennikami Morsiego, doszło do powszechnych ataków na koptyjskie kościoły i instytucje w Egipcie ze strony zwolenników Morsiego. Według co najmniej jednego egipskiego uczonego (Samuel Tadros), ataki te są najgorszą przemocą wobec Kościoła koptyjskiego od XIV wieku.
USA Today donosi, że „czterdzieści kościołów zostało splądrowanych i spalonych, a 23 inne zostały zaatakowane i poważnie uszkodzone”. Strona Bractwa Muzułmańskiego Partii Wolności i Sprawiedliwości na Facebooku była „pełna fałszywych oskarżeń mających na celu podsycanie nienawiści wobec Koptów”, jak twierdzi dziennikarka Kirsten Powers. Strona partii twierdziła, że Kościół koptyjski wypowiedział „wojnę islamowi i muzułmanom” i że „Papież Kościoła jest zaangażowany w usunięcie pierwszego wybranego islamskiego prezydenta”. Papież Kościoła twierdzi, że islamski szariat jest zacofany, uparty i reakcyjny.” 15 sierpnia, dziewięć egipskich grup praw człowieka pod parasolem grupy „Egipska Inicjatywa na rzecz Praw Osobistych”, wydało oświadczenie, w którym napisano,
W grudniu … przywódcy Bractwa zaczęli podsycać antychrześcijańskie podżeganie sekciarskie. Antyklerykalne podżeganie i groźby trwały nieprzerwanie aż do demonstracji 30 czerwca, a po usunięciu prezydenta Morsiego … przekształciły się w przemoc na tle religijnym, która została usankcjonowana przez … ciągłą antyklerykalną retorykę, którą można było usłyszeć od liderów grupy na scenie … przez cały czas trwania strajku.