Pochodzenie kuskusu jest niepewne. Być może została wynaleziona przez Berberów. Lucie Bolens, z Uniwersytetu w Genewie, mówi, że Berberowie przygotowywali kuskus już w 238 do 149 roku przed naszą erą. C., opisując prymitywne garnki z kuskusem znalezione w grobowcach z czasów panowania numidyjskiego króla Berberów Masinisy.
Jedna z najwcześniejszych wzmianek o kuskusie pochodzi z XIII-wiecznego anonimowego pisma poświęconego gotowaniu, Kitāb al-taṭbīj fī l-Magrib wa-l-Andalus (Księga gotowania w Maghrebie i Al-Andalus), w którym wspomniany jest przepis na przygotowanie kuskusu. Kuskus był bardzo popularnym daniem w Al-Andalus i wśród ludności mauretańskiej w kolejnych wiekach, o czym świadczy fakt, że w starym kastylijskim istnieje nazwa tej potrawy: alcuzcuz. W języku walenckim pojawia się w Tirant lo Blanch (1464) Joanota Martorella, który wspomina o nim jako o „cuscusó” (rozdział 137). Znajdujemy go również pod nazwą „alcuzcuzú” w El retrato de la lozana andaluza Francisco Delicado, powieści wydanej w Wenecji w 1528 roku: „…que en su poder deprendí hacer fideos, empanadillas, alcuzcuzú con garbanzos, arroz entero, seco, graso, albondiguillas redondas y apretadas con culantro verde…”. W Don Kichocie jest o nim mowa pośrednio, kiedy to w rozdziale 9 części pierwszej narrator wynajmuje Maurów do przetłumaczenia z arabskiego rękopisów o Don Kichocie w zamian za „dwie arroby rodzynek i dwie buszle pszenicy”. Francisco Rico, w swoim wydaniu powieści, tak komentuje ten fragment: „Z rodzynek i kaszy pszennej przygotowywano alcuzcuz, potrawę bardzo cenioną przez Maurów”.