Historia misji San Juan Bautista: 1797 do 1827
W 1797 r. ojciec Junipero Serra poprowadził rzymskokatolicką pielgrzymkę, aby przynieść chrześcijaństwo na pustkowia Kalifornii. Na lokalizację, on i franciszkanie wybrali miejsce u podnóża gór Gavilan w pobliżu El Camino Real, które nazwali Misją San Juan Bautista po świętym Janie Chrzcicielu. Miejsce to zostało wybrane, ponieważ obiecywało „obfite żniwo dusz” w dolinie San Juan. Późną wiosną przybył hiszpański kapral Juan Ballesteros i pięciu mężczyzn, którzy w ciągu miesiąca wznieśli kaplicę, domy dla siebie i dla Padres oraz spichlerz.
Wtedy, zaledwie trzynaście dni po poświęceniu misji San Jose, Ojciec Lasuen przybył na uroczyste poświęcenie misji San Juan Bautista w sobotę 24 czerwca 1797 roku.
Wczesne lata w Misji San Juan Bautista
Pierwszym chrztem w San Juan Bautista było indiańskie dziecko w wieku około dziesięciu lat, z kapralem Ballesterosem jako sponsorem. Pierwszy biały chrzest był syna kaprala, a pierwszy pogrzeb, we wrześniu, był dla jego niemowlęcia.
Ojcowie Jose Manuel de Martiarena i Pedro Martinez, którzy nadzorowali budowę, znaleźli tubylców przyjaznych i chętnych do współpracy, a Misja San Juan Bautista szybko się rozrastała. Pierwsze sześć miesięcy było pracowite, a do Bożego Narodzenia zbudowano kościół z adobe, klasztor, spichlerz, koszary, wartownie i domy z adobe dla neofitów. Do 1800 roku ponad 500 Indian żyło w misji San Juan Bautista.
1800 Trzęsienie ziemi w misji San Juan Bautista
Gdy założono misję San Juan Bautista, nikt nie wiedział, że znajduje się ona na szczycie uskoku San Andreas. Jednak wkrótce dowiedzieli się o uskoku i jego przerywanych wstrząsach. W październiku 1798 roku, wstrząsy były tak silne, że misjonarze spali na zewnątrz przez cały miesiąc. Było aż sześć wstrząsów w ciągu jednego dnia, które spowodowały ogromne pęknięcia w budynkach i ziemi.
Uskok spowodował kilka niszczących trzęsień ziemi we wczesnej historii, ale misja San Juan Bautista nigdy się nie poruszyła. Pierwsze znaczące trzęsienie ziemi miało miejsce w październiku 1800 roku, wyrządzając znaczne szkody, a część oryginalnego budynku upadła.
Misja San Juan Bautista 1800-1820
Populacja Indian nadal wzrastała, a w 1803 roku pojawiły się plany budowy kolejnego kościoła. Ludzie z całej prowincji zostali zaproszeni na skomplikowaną ceremonię, która zapoczątkowała budowę. Nowy kościół misji San Juan Bautista został ukończony dopiero w 1812 roku.
W 1808 roku przybył nowy ojciec Arroyo de la Cuesta. Ojciec Cuesta był energiczny i entuzjastyczny, i przekonał budowniczych, że szeroki kościół z trzema nawami byłby niezwykłym atutem w tym miejscu. Dzięki wpływom ojca Cuesty był to największy kościół w prowincji i jedyna tego typu budowla wzniesiona przez franciszkanów w Kalifornii.
Podczas gdy kościół rozrastał się, zgromadzenie, dla którego był przeznaczony, podupadło. W 1805 roku, tubylcza populacja liczyła 1,100 osób, ale do 1812 roku zmniejszyła się do mniej niż połowy z powodu śmierci i dezercji. Wielka nowa przestrzeń przyćmiła małe zgromadzenia i Ojciec de la Cuesta zamurował dwa rzędy łuków, które oddzielały trzy nawy kościoła.
W 1812 roku Ojciec Tapis odszedł z urzędu Presidente i dołączył do Ojca de la Cuesta. Nauczanie było kontynuowane przez Ojca Tapis od 1812 do 1825 roku.
Misja San Juan Bautista 1820 – 1830
W 1824 roku populacja misji San Juan Bautista ponownie wzrosła, z ludźmi przybyłymi z Doliny Tulare, prawdopodobnie z powodu agresywnych ekspedycji wojskowych na terytoria wewnętrzne. Populacja osiągnęła szczyt w 1823 roku, z 641 mężczyznami i 607 kobietami. Dwadzieścia dwa mieszkania z adobe dla Indian zostały zbudowane w tym samym roku, i były raporty z adobe corrals, spichlerz, piec i pokoje tkackie przywrócone z nowej dużej siły roboczej.
W 1827 roku, raport złożony do gubernatora wymienione San Juan Bautista misja zwierząt gospodarskich i ziem rancho, wymieniając gospodarstwa, które zawierały 6500 sztuk bydła, 750 koni, 37 mułów, owiec. Nie było nawadniania, ale pastwiska były nawadniane przez przelew rzeki Pajaro. Mieli dobre drewno z gór na północnym wschodzie. Źródła z Gór Gavilan spływały, aby nawadniać ogrody, winnice i pola kukurydzy.
W 1833 roku franciszkanie z Zacatecan z Meksyku przejęli władzę.
W 1833 roku franciszkanie z Zacatecan przejęli władzę.