Układ odpornościowy człowieka (i większości ssaków) składa się z fizycznych barier (skóra i śluz), komórek wrodzonych i adaptacyjnych, chemicznych posłańców (cytokin) oraz pierwotnej i wtórnej tkanki limfoidalnej.
Pierwotna tkanka limfoidalna obejmuje szpik kostny i grasicę. Progenitory komórek odpornościowych powstają w szpiku kostnym, wraz z czerwonymi krwinkami i płytkami krwi (rysunek 1). Szpik kostny dzieli się na szpik czerwony i szpik żółty. Szpik czerwony jest miejscem rozwoju progenitorów krwinek białych i różnicowania komórek B.
Prekursorzy limfocytów T wędrują do innego pierwotnego narządu limfoidalnego, grasicy. Grasica jest małym narządem znajdującym się w przedniej części serca. Jest miejscem wykształcenia komórek T, indukcji pierwotnej tolerancji i różnicowania. Grasica jest najbardziej aktywna po urodzeniu, aż do okresu dojrzewania, potem staje się stopniowo mniejsza i mniej aktywna (inwolucja grasicy).
W grasicy limfocyty T przechodzą różnicowanie, a następnie są eksportowane do reszty ciała, gdzie dojrzewają i odpowiadają na patogenne obrażenia.
Drugorzędowe narządy limfoidalne obejmują śledzionę, plamy Peyera, węzły chłonne, migdałki i migdałki. Przemieszczanie się pomiędzy narządami pierwotnymi i wtórnymi odbywa się poprzez układ krwionośny i limfatyczny. Układ limfatyczny jest napędzanym ruchem zestawem naczyń, które przemieszczają przejrzysty płyn bogaty w białko, limfę i białe krwinki w kierunku serca, gdzie ponownie wchodzą do układu krążenia.
Śledziona jest krytycznym miejscem interakcji komórek B i T, dojrzewania komórek B i wzmacniania adaptacyjnych reakcji immunologicznych. Śledziona ma wiele stref limfocytowych, z których każda pełni inną funkcję.
Płatki Peyera są wyspecjalizowaną tkanką limfoidalną występującą w całym układzie pokarmowym. Pełnią one kluczową funkcję w pobieraniu próbek i monitorowaniu populacji bakterii jelitowych.
Węzły chłonne są małymi, zamkniętymi organami rozmieszczonymi w całym organizmie. Chłonka odpływa z różnych części ciała przez miejscowy węzeł chłonny. W obrębie węzła chłonnego znajdują się komórki prezentujące antygen oraz komórki odpornościowe, które mogą rozpoznawać i wzmacniać sygnały generowane przez infekcję. W przebiegu infekcji, chorób autoimmunologicznych, nowotworów i innych stanów patogennych węzły chłonne mogą puchnąć, stając się twarde i tkliwe.
Jamistki gardła i migdałki znajdują się w gardle i stanowią pierwszą linię obrony przed połkniętymi lub pochodzącymi z dróg oddechowych patogenami. Komórki M, specjalne komórki wychwytujące antygen na powierzchni migdałków, „chwytają” antygen z patogenów i przedstawiają go komórkom B i T zamieszkującym migdałki. Komórki B, w odpowiedzi na antygen, mogą dojrzewać i rozmnażać się w celu zwalczania infekcji.