Ile Sudest, największa wyspa, została po raz pierwszy zasiedlona w ostatniej połowie XVIII wieku, w czasie, gdy inne atole Czagos zostały zasiedlone przez Francuzów.
Komandor Robert Moresby dokonał pomiarów tego atolu i sporządził jego mapę w 1838 roku. W tym czasie na atolu znajdowała się plantacja kokosów. Grobla została zbudowana łącząc wyspy i niektóre rekultywacji gruntów została wykonana. Ostatecznie niektóre z wysp połączyły się ze sobą.
Wyspy Egmont nie były już zamieszkane w drugiej połowie XX wieku, w czasie, gdy Czagoszowie lub Iloci zostali wysiedleni z Chagos.
W latach 1972-73 odbyła się podwodna ekspedycja na Wyspy Egmont przez Joint Services (JSEI). Była to pierwsza tego typu ekspedycja na Chagos, prowadzona przez dowódcę Sqn Leader „Dickie” Birda RAF. Zastępcą dowódcy był komandor Alan Baldwin RN, a prace naukowe prowadzono pod kierunkiem dr Davida Bellamy’ego. Celem ekspedycji było zbadanie formowania się i wzrostu rafy koralowej, a także flory i fauny wysp. Członkowie ekspedycji zostali zabrani z Gan, Atol Addu przez RFA Gold Ranger na Atol Egmont, a po zakończeniu badań zostali przywiezieni z powrotem do Gan przez RFA Stromness. Po sukcesie ekspedycji, w następnym roku podjęto drugą ekspedycję na wyspę Danger Island.
.