As subespecialidades da própria cirurgia pediátrica incluem: cirurgia neonatal e cirurgia fetal.
Outras áreas da cirurgia também têm especialidades pediátricas próprias que requerem formação adicional durante as residências e numa bolsa: cardiotorácica pediátrica (cirurgia no coração e/ou pulmões da criança, incluindo transplante cardíaco e/ou pulmonar), cirurgia nefrológica pediátrica (cirurgia nos rins e ureteres da criança, incluindo renal, ou renal, transplante), neurocirurgia pediátrica (cirurgia no cérebro da criança, sistema nervoso central, medula espinal, e nervos periféricos), cirurgia urológica pediátrica (cirurgia na bexiga urinária da criança e outras estruturas abaixo do rim necessárias para a ejaculação), cirurgia de emergência pediátrica, cirurgia envolvendo fetos ou embriões (sobreposição com cirurgia obstétrica/ginecológica, neonatologia, e medicina materno-fetal), cirurgia envolvendo adolescentes ou jovens adultos, cirurgia hepatológica (fígado) pediátrica e gastrointestinal (estômago e intestinos) (incluindo transplante de fígado e intestino em crianças), cirurgia ortopédica pediátrica (cirurgia muscular e óssea em crianças), cirurgia plástica e reconstrutiva pediátrica (como para queimaduras, ou para defeitos congénitos como fendas palatinas que não envolvem os órgãos principais), e cirurgia oncológica (cancro infantil) pediátrica.