Autofagia, também chamada autofagocitose, a degradação de componentes celulares desgastados, anormais, ou com mau funcionamento que tem lugar dentro das organelas conhecidas como lisossomas. A autofagia serve funções domésticas, permitindo a degradação e reciclagem de materiais celulares, e ajuda a equilibrar as necessidades energéticas durante períodos de stress. O termo autofagia foi introduzido em 1963 pelo citólogo e bioquímico belga Christian René de Duve, cujo trabalho também forneceu as primeiras provas do envolvimento dos lisossomas no processo autofágico.
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Tres tipos de autofagia são conhecidos: macroautofagia, microautofagia, e autofagia com acompanhamento. As células dependem principalmente da macroautofagia, na qual os materiais celulares gastos ou danificados nas regiões citosólicas (as áreas cheias de fluido que rodeiam as organelas) das células são engolfadas por um autofagosoma (vesículas com membranas duplas que entregam o seu conteúdo aos lisossomas, onde os materiais são degradados). Na microautofagia, os componentes celulares são engolfados directamente através de invaginações da membrana lisossomal. A autofagia mediada por chaperone é um processo selectivo, pelo qual uma proteína conhecida como hsc70 chaperone reconhece e liga-se a substratos proteicos contendo um certo motivo de aminoácidos. O substrato alvo é transportado para o lisossoma, onde depois transloca através da membrana através de um processo mediado por receptores.
Genes múltiplos codificam os vários componentes da máquina de autofagia necessários para a sequestração, transporte, degradação, e reciclagem de materiais celulares. Enzimas codificadas por vários genes de autofagia conjugam-se (juntam-se), aumentando assim a actividade enzimática, particularmente durante a formação do autofagosoma. Várias vias celulares não específicas são também críticas para a autofagia, incluindo várias vias secretas e endocíticas (engolfamento). Além disso, o citoesqueleto parece servir múltiplas funções na autofagia, chave entre elas o papel dos microtubos na facilitação do transporte do autofagosoma em células de mamíferos.
Além das suas funções de manutenção doméstica e de resposta ao stress, a autofagia também contribui para a imunidade, ajudando a defender as células contra organismos causadores de doenças e participando na apresentação de antigénios. A autofagia também está envolvida na morte programada de células, ajudando a eliminar células apoptóticas durante o desenvolvimento embrionário e ajudando a processos de morte em células apoptóticas-defectivas. A autofagia também pode proteger contra a morte celular, fornecendo nutrientes às células durante os períodos de fome. No cancro, a autofagia parece prevenir e, sob certas condições, promover a progressão de tumores. A acumulação anormal de vesículas autofágicas está associada a múltiplas condições neurodegenerativas, incluindo doença de Parkinson e esclerose lateral amiotrófica, bem como a miopatia (uma doença do tecido muscular esquelético).