A liberdade religiosa no Egipto é dificultada em vários graus por políticas governamentais discriminatórias e restritivas. Os cristãos coptas, sendo a maior minoria religiosa no Egipto, são também negativamente afectados. Os coptas têm enfrentado uma marginalização crescente após o golpe de Estado de 1952 liderado por Gamal Abdel Nasser. Até há pouco tempo, os cristãos eram obrigados a obter a aprovação presidencial mesmo para reparações menores nas igrejas. Embora a lei tenha sido flexibilizada em 2005, ao entregar a autoridade de aprovação aos governadores, os coptas continuam a enfrentar muitos obstáculos e restrições na construção de novas igrejas. Estas restrições não se aplicam à construção de mesquitas.
A comunidade copta tem sido alvo de crimes de ódio por parte de extremistas islâmicos. O mais significativo foram os ataques de El Kosheh 2000-01, nos quais muçulmanos e cristãos estiveram envolvidos em sangrentos confrontos inter-religiosos na sequência de uma disputa entre um muçulmano e um cristão. “Vinte cristãos e um muçulmano foram mortos após a eclosão da violência na cidade de el-Kosheh, 440 quilómetros a sul do Cairo”. A International Christian Concern relatou que em Fevereiro de 2001, os muçulmanos queimaram uma nova igreja egípcia e as casas de 35 cristãos, e que em Abril de 2001 uma rapariga cristã egípcia de 14 anos foi raptada porque se acreditava que os seus pais estavam a abrigar uma pessoa que se tinha convertido do islamismo ao cristianismo.
Em 2006, uma pessoa atacou três igrejas em Alexandria, matando uma pessoa e ferindo 5-16. O atacante não estava ligado a nenhuma organização e foi descrito como “psicologicamente perturbado” pelo Ministério do Interior. Em Maio de 2010, The Wall Street Journal relatou ondas crescentes de ataques da máfia por muçulmanos contra a etnia Copts. Apesar dos pedidos frenéticos de ajuda, a polícia chegou normalmente depois de a violência ter terminado. A polícia também coagiu os coptas a aceitarem a “reconciliação” com os seus agressores para evitarem processá-los, não havendo muçulmanos condenados por qualquer dos ataques. Em Marsa Matrouh, uma turba beduína de 3.000 muçulmanos tentou atacar a população copta da cidade, com 400 coptas a terem de se barricar na sua igreja enquanto a turba destruía 18 casas, 23 lojas e 16 carros.
Jornalista John R. Bradley escrevendo por volta de 2008 observou que
” … outras queixas coptas de longa data incluem a sub-representação dos cristãos na polícia, no sistema judicial, nas forças armadas, no serviço civil, no governo e no sistema educativo. Existe também uma proibição virtual de acesso à rádio e televisão controladas pelo Estado. Um exemplo frequentemente citado de discriminação oficial é uma lei que, até há pouco tempo, exigia a aprovação presidencial pessoal para realizar mesmo reparações simples na igreja, tais como arranjar uma casa de banho e que era acusada de atrasos de mais de uma década na emissão de licenças para construir igrejas. Mubarak facilitou a lei em 2005, delegando tal responsabilidade aos governadores locais”
Membros dos EUA. O Congresso expressou preocupação sobre o “tráfico humano” de mulheres e raparigas coptas que são vítimas de raptos, conversão forçada ao Islão, exploração sexual e casamento forçado com homens muçulmanos.
Boutros Boutros-Ghali era um copta que serviu como Ministro dos Negócios Estrangeiros do Egipto sob o Presidente Anwar Sadat. Durante o regime de Mubarak, havia dois Coptas a servir no gabinete governamental do Egipto: O Ministro das Finanças Youssef Boutros Ghali e o Ministro do Ambiente Magued George. Havia também um governador copta em 25, o da Alta Governação egípcia da Qena, e o primeiro governador copta em poucas décadas. Além disso, Naguib Sawiris, um homem de negócios extremamente bem sucedido, é um Copt que viveu no Egipto durante essa época. Em 2002, sob o governo de Mubarak, o Natal Copta (7 de Janeiro) foi reconhecido como um feriado oficial. No entanto, muitos Coptas continuam a queixar-se de estarem minimamente representados na aplicação da lei, na segurança do Estado e em cargos públicos, e de serem discriminados na força de trabalho com base na sua religião. A maioria dos coptas não apoia o movimento de independência ou separação de outros egípcios.
Os coptas não estão representados e são marginalizados na política, na burocracia e na sociedade egípcias. As minorias em risco informam que não há governadores cristãos, presidentes de universidades, ou reitores no país. A discriminação oficial e não oficial contra os coptas ocorre sob formas como desvantagens na educação e no sistema judicial, violência de militantes islâmicos, e restrições à actividade e expressão religiosas.
Embora a liberdade religiosa seja garantida pela constituição egípcia, segundo a Human Rights Watch, “os egípcios conseguem converter-se ao islamismo em geral sem dificuldades, mas os muçulmanos que se convertem ao cristianismo enfrentam dificuldades em obter novos documentos de identidade e alguns foram presos por alegadamente falsificarem tais documentos”. A comunidade copta, contudo, esforça-se por impedir as conversões do cristianismo para o islamismo, devido à facilidade com que os cristãos podem frequentemente tornar-se muçulmanos. Os funcionários públicos, sendo eles próprios conservadores, intensificam a complexidade dos procedimentos legais necessários para reconhecer a mudança de religião, tal como exigido por lei. As agências de segurança irão por vezes afirmar que tais conversões do Islão para o Cristianismo (ou ocasionalmente vice-versa) podem provocar agitação social, justificando-se assim na detenção indevida dos súbditos, insistindo que estão simplesmente a tomar medidas para impedir a ocorrência de prováveis problemas sociais. Em 2007, um tribunal administrativo do Cairo negou a 45 cidadãos o direito de obter documentos de identidade que documentassem a sua reversão ao cristianismo após a conversão ao islamismo. Contudo, em Fevereiro de 2008, o Supremo Tribunal Administrativo anulou a decisão, permitindo que 12 cidadãos que tinham regressado ao cristianismo, pudessem voltar a inscrever a sua religião nos bilhetes de identidade, mas especificarão que tinham adoptado o Islão por um breve período de tempo.
O Recenseamento Egípcio de 1897 relatou a percentagem de não-muçulmanos nas províncias urbanas como sendo de 14,7% (13,2% de cristãos, 1,4% de judeus). O Censo Egípcio de 1986 relatou a percentagem de não-muçulmanos nas Províncias Urbanas como 6,1% (5,7% cristãos, 0% judeus). O declínio da representação judaica é interpretado através da criação do Estado de Israel, e a subsequente emigração dos judeus egípcios. Não há explicação para um declínio de 55% na percentagem de cristãos no Egipto. Tem sido sugerido que os censos egípcios realizados após 1952 foram politizados para subrepresentar a população cristã.
Em Agosto de 2013, após o golpe de Estado de 3 de Julho de 2013 e os confrontos entre os apoiantes militares e Morsi, houve ataques generalizados às igrejas e instituições coptas no Egipto por parte dos apoiantes Morsi. Segundo pelo menos um estudioso egípcio (Samuel Tadros), os ataques são a pior violência contra a Igreja copta desde o século XIV.
USA Hoje relatou que “quarenta igrejas foram saqueadas e incendiadas, enquanto outras 23 foram atacadas e fortemente danificadas”. A página Facebook do Partido da Liberdade e Justiça dos Irmãos Muçulmanos estava “cheia de falsas acusações destinadas a fomentar o ódio contra os coptas”, segundo a jornalista Kirsten Powers. A página do partido afirmava que a Igreja Copta tinha declarado “guerra contra o Islão e os muçulmanos” e que “O Papa da Igreja está envolvido na remoção do primeiro presidente islâmico eleito”. O Papa da Igreja alega que a Sharia islâmica é retrógrada, teimosa, e reaccionária”. A 15 de Agosto, nove grupos egípcios de direitos humanos sob o grupo de cúpula “Iniciativa Egípcia para os Direitos Pessoais”, divulgaram uma declaração dizendo,
p> em Dezembro … Os líderes da irmandade começaram a fomentar o incitamento sectário anti-cristão. O incitamento e as ameaças anti-Coptic continuaram até às manifestações de 30 de Junho e, com a remoção do Presidente Morsi … transformou-se em violência sectária, que foi sancionada por … a retórica anti-Coptic contínua ouvida dos líderes do grupo no palco … durante todo o sit-in.