A origem do couscous é incerta. Pode ter sido inventado pelos berberes. Lucie Bolens, da Universidade de Genebra, diz que os berberes estavam a preparar o cuscuz já no período de 238 a 149 B. C., descrevendo potes primitivos de cuscuz encontrados em túmulos datados do reinado do rei numidiano berbere Masinisa.
Uma das primeiras referências ao cuscuz vem de uma escrita anónima sobre cozinha do século XIII, Kitāb al-taṭbīj fī l-Magrib wa-l-Andalus (Livro de cozinha no Magrebe e Al-Andalus) em que é mencionada uma receita para preparar o cuscuz. O cuscuz foi um prato muito popular em Al-Andalus e entre a população moura durante os séculos seguintes, como o demonstra o facto de que na antiga castelhana existe um nome para este prato: alcuzcuz. Em Valenciano aparece no Tirant lo Blanch (1464) de Joanot Martorell, que o menciona como “cuscusó” (capítulo 137). Também o encontramos sob o nome de “alcuzcuzú” em El retrato de la lozana andaluza de Francisco Delicado, um romance publicado em Veneza em 1528: “…que en su poder deprendí hacer fideos, empanadillas, alcuzcuzcuzú con garbanzos, arroz entero, seco, graso, albondiguillas redondas y apretadas con culantro verde…”. É mencionado indirectamente em Dom Quixote, quando, no Capítulo 9 da Parte I, o narrador contrata um mouro para traduzir alguns manuscritos sobre Dom Quixote do árabe em troca de “duas arrobas de passas e duas alqueires de trigo”. Francisco Rico, na sua edição do romance, comenta esta passagem: “Com as passas e a sêmola do trigo, foi preparado alcuzcuz, um prato muito apreciado pelos mouros”.