Ile Sudest, a maior ilha, foi colonizada pela primeira vez na última metade do século XVIII, na altura em que os outros atóis dos Chagos foram colonizados pelos franceses.
Comandante Robert Moresby fez um levantamento deste atol e cartografou-o em 1838. Nessa altura havia uma plantação de coco neste atol. Tinha sido construída uma estrada que ligava as ilhas e foi feita alguma recuperação de terras. Eventualmente algumas das ilhas fundiram-se entre si.
As Ilhas Egmont já não eram habitadas na segunda metade do século XX, na altura em que os Chagossianos ou Ilois foram expulsos dos Chagos.
Em 1972-73 houve uma expedição submarina às Ilhas Egmont pelos Serviços Conjuntos (JSEI). Liderada por Sqn Leader “Dickie” Bird RAF, foi a primeira expedição do seu género em Chagos. Cdr Alan Baldwin RN foi o Líder Adjunto e o trabalho científico foi realizado sob a direcção do Dr. David Bellamy. O seu objectivo era estudar a formação e crescimento dos recifes de coral, assim como a flora e fauna das ilhas. Os membros da expedição foram levados de Gan, Addu Atoll pela RFA Gold Ranger para Egmont Atoll e após a conclusão do seu levantamento foram trazidos de volta a Gan pela RFA Stromness. Após o seu sucesso, uma segunda expedição foi realizada à Ilha Perigosa no ano seguinte.