O elenco e a tripulação do filme são vistos a viajar de autocarro para o deserto israelita, a fim de reencenar a Paixão de Cristo. Eles montam os seus adereços e vestem-se. Um do grupo, Ted Neeley, está rodeado pelos outros. Ele veste um manto branco e emerge como Jesus (“Overture”).
A história começa com Judas, que está preocupado com a popularidade de Jesus; Ele está a ser saudado como o Filho de Deus, mas Judas sente que tem demasiada fé na Sua própria mensagem. Judas teme as consequências do seu crescente movimento (“Céu nas Suas Mentes”). Os outros discípulos vão em vão para Jesus por informações sobre os Seus planos futuros (“O que é o Buzz?”). Judas chega e declara subsequentemente que Jesus não deve associar-se a pessoas como Maria Madalena (historicamente acusada de ser uma prostituta); isto amortece o estado de espírito (“Estranha Coisa Misteriosa”). Com raiva, Jesus diz a Judas que ele deve deixar Maria em paz, porque a sua própria tábua não está limpa. Jesus acusa então todos os Apóstolos de não se preocuparem com Ele. Naquela noite no Templo, Caifás está preocupado que o povo coroará Jesus como rei, o que os romanos levarão para uma revolta. Anás tenta acalmar os seus medos, mas finalmente vê o ponto de vista de Caifás. Anás sugere que eles convoquem o conselho e lhes expliquem os medos de Caifás. Caifás concorda (“Então Estamos Decididos”). Enquanto Jesus e os Apóstolos se instalam para a noite, Maria acalma-o com algum ungüento caro. Judas diz que tal dinheiro deve ser dado aos pobres, em vez de ser desperdiçado desta forma. Jesus repreende-o novamente…explicando que os pobres estarão sempre por perto, mas Ele próprio não (“Tudo está bem”).
No dia seguinte, no Templo de Jerusalém, o concílio de sacerdotes discute os seus medos acerca de Jesus. Caifás diz-lhes que só há uma solução: tal como João Baptista, Jesus deve ser executado por causa da nação (“Este Jesus tem de morrer”). Quando Jesus e os seus seguidores chegam alegremente a Jerusalém, Caifás ordena-O a dispersar a multidão por medo de um motim. Jesus responde que tal gesto seria inútil, e em vez disso procede a saudar as massas (“Hosana”). Mais tarde, Simão, o Zelota, e uma horda de compatriotas zelota exprimem a sua admiração por Jesus (“Simão Zelota”). Embora Jesus inicialmente aprecie isto, fica preocupado quando Simão sugere que se dirija a multidão para uma revolta contra os seus ocupantes romanos. Jesus lamentavelmente rejeita esta sugestão, dizendo que eles não compreendem o seu verdadeiro propósito (“Pobre Jerusalém”).
p>Pontius Pilatos, o governador romano da Judeia, revela que sonhou com um homem Galileu (Jesus) e que será culpado pela morte deste homem (“Sonho de Pilatos”). Jesus e os seus seguidores chegam ao templo, que foi tomado por cambistas e prostitutas (“O Templo”). Os padres enfurecidos observam de fundo como, para horror de Judas, um Jesus furioso destrói as bancas e obriga os vendedores a sair (“O Meu Templo Deve Ser…”). Vagueando sozinho fora da cidade, Jesus está rodeado de leprosos à procura da Sua ajuda. Jesus cura o maior número possível deles, mas é esmagado pelos seus números; Ele acaba por desistir, gritando-lhes para O deixarem em paz. Nessa noite, Maria conforta Jesus enquanto Ele vai dormir (“Tudo está bem”). Maria ama Jesus, mas está confusa porque Ele é tão diferente de qualquer outro homem que ela conheceu (“Eu não sei amá-lo”). Judas vai ter com os sacerdotes e expressa as suas preocupações, juntamente com as suas preocupações sobre as consequências de trair Jesus (“Maldito por todos os tempos”). Aproveitando as dúvidas de Judas, os sacerdotes oferecem-lhe dinheiro para os levar a Jesus. Judas inicialmente recusa-se, mas Caifás e Anás conquistam-no, salientando que ele poderia usar o dinheiro para ajudar os pobres. Judas revela que Jesus estará no Jardim do Getsémani na quinta-feira à noite (“Dinheiro de Sangue”).
Na Última Ceia (montada num jardim ao ar livre durante o dia), Jesus revela que sabe que Pedro O negará…e que Judas O trairá. Segue-se uma amarga discussão entre Jesus e Judas, uma vez que Judas repreende Jesus por (supostamente) destruir as próprias esperanças e ideais que Ele próprio lhes deu. Judas ameaça arruinar a ambição de Jesus, ficando lá sem O ajudar a alcançar a Glória. Jesus diz-lhe para partir – apontando que “Eles estão à tua espera!”. — o que Ele finalmente faz (“A Última Ceia”). Enquanto os Apóstolos adormecem, Jesus vai mais fundo no Getsémani para rezar sobre a Sua morte iminente; relutantemente, Ele concorda em avançar com o plano de Deus (“Gethsemane/I Only Want to Say”). Jesus espera por Judas, que de facto chega…acompanhado por guardas. Ele trai Jesus com um beijo. Os discípulos oferecem-se para lutar contra os guardas, mas ficam de braços cruzados com a insistência de Jesus. Jesus é levado para a casa de Caifás, considerado culpado de blasfémia, e enviado a Pilatos (“A Prisão”). Pedro, entretanto, é acusado de ser um dos seguidores de Jesus; temerosamente, ele nega Jesus três vezes (“A Negação de Pedro”). Jesus é levado para a residência de Pilatos; o governador zomba dele, sem saber que Jesus é o homem do seu sonho. Como ele não lida com judeus, Pilatos envia Jesus ao rei Herodes (“Pilatos e Cristo”). O flamboyant Herodes está entusiasmado por finalmente conhecer Jesus, pois esta é uma oportunidade para confirmar o hype que tem andado por aí. Herodes exorta Jesus a realizar vários milagres; quando não o faz, Herodes rejeita-o como um falso inofensivo. Ele faz com que os guardas devolvam Jesus a Pilatos (“King Herod’s Song/Try It And See”).
Mary and the Apostles remember how things began, and wish that their situation had not gotten getten so out of hand out of hand (“Could We Start Again Please?”). Jesus é atirado para uma cela; lá Ele é visto por Judas, que agora lamenta a sua parte na prisão. Judas atira o seu dinheiro para o chão e pragueja os padres, antes de correr para o deserto. Vencido pela dor e pelo arrependimento por ter traído Jesus, Judas culpa Deus pelos seus sofrimentos, dando-lhe o papel de traidor. Enquanto Judas se enforca (“Morte de Judas”), Jesus é levado de volta a Pilatos que procede a interrogá-lo; Herodes também está presente mas não se preocupa em testemunhar, tendo em conta o seu desprezo por Jesus. Caifás testemunha em nome de Herodes. Embora ele pense que Jesus está iludido, Pilatos apercebe-se de que não cometeu nenhum crime real. Ele flagelou Jesus; Herodes está alegre no início, mas subsequentemente revoltado, e eventualmente apavorado pelo terror. A indiferença maldosa de Pilatos transforma-se num frenesim de confusão e raiva…principalmente com a sede de sangue irracional da multidão, mas também com a inexplicável resignação e recusa de Jesus em se defender. Pilatos percebe que não tem outra opção senão mandar executar Jesus, ou as multidões tornar-se-ão violentas (“Julgamento perante Pilatos; as Trinta e Nove Chibatadas”). Um Pilatos enfurecido decreta a sentença de morte, conforme exigido pelos sacerdotes. Pilatos faz então um grande espectáculo de lavagem das suas mãos sobre o destino de Jesus. A aparência de Jesus transforma-se, os céus abrem-se, e um Judas vestido de branco desce sobre uma cruz de prata. Judas lamenta que Jesus deveria ter regressado como Messias hoje, nos anos 70; Ele teria sido mais popular, e a sua mensagem mais fácil de espalhar. Judas também se pergunta o que pensa Jesus dos profetas de outras religiões…e, em última análise, se Jesus pensa que é quem dizem que é, possivelmente significando o Filho de Deus (“Superestrela”). As perguntas de Judas ficam sem resposta. Jesus é enviado para morrer (“A Crucificação”) entre música atonal ameaçadora; Ele diz algumas das suas últimas palavras antes de morrer.
Quando o filme termina, os intérpretes (agora sem fato) embarcam no seu autocarro. Apenas Barry Dennen, Yvonne Elliman, e Carl Anderson — que tinham tocado (respectivamente) Pilatos, Maria Madalena, e Judas — reparam que o colega Ted Neeley, que tinha tocado Jesus, parece estar desaparecido. Anderson agarra-se à entrada traseira do autocarro no momento em que este arranca e sai de carro. Num tiro de fecho semelhante ao de Ben Hur, um pastor e o seu rebanho atravessam a encosta sob a cruz agora vazia (“John Nineteen Forty-One”).