Os Havasupai viveram, cultivaram, e caçaram em todo o seu território tradicional, compreendendo os desfiladeiros e planaltos no Canyon de Havasu e arredores, durante séculos antes da chegada dos europeus. Cultivaram nos desfiladeiros na Primavera e no Verão, e mudaram-se para as terras do planalto no Outono e no Inverno. Nos anos 1870, quando os mineiros, rancheiros e colonos europeus chegaram ao território do Arizona em número crescente, a pressão aumentou para confinar os Havasupai e outras tribos a reservas pequenas e demarcadas. Em 1882, o Presidente Chester Arthur estabeleceu a Reserva Indígena Havasupai por Ordem Executiva, e restringiu a tribo a 518 acres no Havasu Canyon. O resto das suas terras ancestrais foram tomadas pelo governo federal para uso público. De acordo com relatórios, os Havasupai desconheciam completamente a Ordem Executiva durante vários anos. A redução das suas terras levou a uma perturbação no modo de vida da tribo, e a uma tensão constante entre a tribo e o Governo dos EUA.
Com a criação do Parque Nacional do Grand Canyon em 1919, a reserva foi completamente cercada por terras do Parque Nacional. Por acordo com o governo federal, a reserva e as trilhas que a levaram até ela permaneceram soberanas para a tribo Havasupai. A tribo pressionou continuamente os Estados Unidos a restaurar-lhes mais das suas terras ancestrais, embora em vão. Nos anos 50, um superintendente do Grand Canyon, John McLaughlin, propôs assumir a reserva, mas foi rejeitado pela tribo.
Eventualmente, a persistência da tribo começou a dar frutos. Em 1968, a tribo ganhou um processo contra o governo com a Comissão de Reivindicações da Índia. A decisão declarou que as terras tinham sido retiradas ilegalmente da tribo em 1882, e que a tribo tinha o direito de recuperar as terras pagando ao governo o valor justo de mercado pela propriedade. A uma taxa de 55 cêntimos por acre, o valor das terras foi fixado em pouco mais de um milhão de dólares. Contudo, a tribo ainda lutava para que as terras lhes fossem devolvidas, sem ter de pagar por elas. A tribo encontrou apoio da administração Nixon, e começou a pressionar para a aprovação do projecto de lei S. 1296 do Congresso, que devolveria as terras à tribo. Finalmente, em 1975, o Congresso dos EUA aprovou a Lei de Alargamento do Parque Nacional do Grand Canyon, que foi assinada pelo Presidente Gerald Ford a 4 de Janeiro de 1975. Entre outras coisas, a Lei devolveu 188.077 acres (76.112 ha) de terras de planalto e canyon aos Havasupai, que é o que forma hoje a reserva.
A tribo ainda fala Yuman, uma das cerca de 200 línguas indígenas ainda faladas na América do Norte.