Mass spectrometry (MS) é um tipo de análise utilizado para determinar que moléculas constituem uma amostra, com base no espectro de massa que são criadas pelos iões. Os espectrómetros de massa são capazes de efectuar a identificação e quantificação tradicional do analito alvo; no entanto, também podem ser utilizados num ambiente clínico para a rápida identificação de bactérias. O agente causador na sepsis é alterado ao longo do tempo, e as decisões clínicas que afectam a gestão das infecções baseiam-se frequentemente nos resultados da identificação bacteriana. Por conseguinte, é essencial que tais identificações sejam realizadas rapidamente e interpretadas correctamente. O espectrómetro de massa de Dessorção/ionização a laser assistida por matriz (MALDI-TOF) é um dos instrumentos de EM mais populares utilizados em biologia, devido à sua rápida e precisa identificação do género e espécies de uma extensa gama de bactérias Gram-negativas e -positivas. A identificação de microrganismos por Espectrometria de Massa baseia-se na identificação de um espectro característico de cada espécie e, em seguida, é compatível com uma grande base de dados dentro do instrumento. A presente revisão dá uma perspectiva contemporânea sobre os desafios e oportunidades para a identificação bacteriana, bem como um relatório escrito sobre como a inovação tecnológica fez avançar a EM. As futuras aplicações clínicas serão também abordadas, particularmente a utilização da EM MALDI-TOF no campo da microbiologia para a identificação e a análise da resistência aos antibióticos.