Apgar foi a primeira mulher a dirigir uma divisão de especialidade no Columbia-Presbyterian Medical Center (agora NewYork-Presbyterian Hospital) e no Columbia University College of Physicians and Surgeons. Em conjunto com Allen Whipple, ela iniciou P&S divisão de anestesia. Foi encarregada das funções administrativas da divisão e foi também encarregada de coordenar o pessoal da divisão e o seu trabalho em todo o hospital. Durante grande parte da década de 1940, foi administradora, professora, recrutadora, coordenadora e médica praticante.
Virginia Apgar examinando um recém-nascido em 1966
Era muitas vezes difícil encontrar residentes para o programa, uma vez que a anestesiologia só recentemente tinha sido convertida de uma especialidade de enfermagem para uma especialidade médica. Os novos anestesistas também enfrentaram o escrutínio de outros médicos, especificamente cirurgiões, que não estavam habituados a ter um médico anestesiologista especializado na sala de operações. Estas dificuldades levaram a problemas na obtenção de financiamento e apoio para a divisão. Com a entrada dos Estados Unidos na Segunda Guerra Mundial em 1941, muitos profissionais médicos alistaram-se nas forças armadas para ajudar no esforço de guerra, o que criou um grave problema de pessoal para os hospitais domésticos, incluindo a divisão de Apgar.
Quando a guerra terminou em 1945, o interesse pela anestesiologia foi renovado nos médicos que regressavam, e o problema de pessoal para a divisão de Apgar foi rapidamente resolvido. A crescente popularidade da especialidade e o desenvolvimento do programa de residência do Apgar levou P&S a estabelecê-la como um departamento oficial em 1949. Devido à sua falta de investigação, Apgar não foi nomeado chefe do departamento como se esperava e o trabalho foi dado ao seu colega, Emmanuel Papper. Apgar recebeu um lugar de professor em P&S.
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Em 1949, Apgar tornou-se a primeira mulher a tornar-se professora titular em P&S, onde permaneceu até 1959. Durante este tempo, fez também trabalho clínico e de investigação no Hospital Sloane para Mulheres filiado, ainda uma divisão do Hospital NewYork-Presbyterian. Em 1953, ela introduziu o primeiro teste, chamado Apgar score, para avaliar a saúde dos recém-nascidos.
Entre os anos 30 e 50, a taxa de mortalidade infantil nos Estados Unidos diminuiu, mas o número de mortes infantis nas primeiras 24 horas após o nascimento permaneceu constante. Apgar notou esta tendência e começou a investigar métodos para diminuir a taxa de mortalidade infantil especificamente dentro das primeiras 24 horas de vida da criança. Como anestesista obstétrico, Apgar foi capaz de documentar tendências que podiam distinguir bebés saudáveis de bebés com problemas.
Esta investigação levou a um sistema de pontuação padronizado utilizado para avaliar a saúde do recém-nascido após o nascimento, com o resultado referido como a “pontuação Apgar” do recém-nascido. A cada recém-nascido é atribuída uma pontuação de 0, 1 ou 2 (uma pontuação de 2 significa que o recém-nascido está em óptimas condições, estando 0 em dificuldades) em cada uma das seguintes categorias: frequência cardíaca, respiração, cor, tónus muscular e irritabilidade reflexiva. As pontuações compiladas para cada recém-nascido podem variar entre 0 e 10, sendo 10 a melhor condição possível para um recém-nascido. As pontuações deviam ser dadas a um recém-nascido um minuto após o nascimento, e as pontuações adicionais podiam ser dadas em incrementos de cinco minutos para orientar o tratamento se a condição do recém-nascido não melhorasse suficientemente. Na década de 1960, muitos hospitais nos Estados Unidos estavam a utilizar a pontuação Apgar de forma consistente. No século XXI, a pontuação continua a ser utilizada para fornecer um método aceite e conveniente para relatar o estado do recém-nascido imediatamente após o nascimento .
Em 1959, Apgar deixou a Columbia e obteve um mestrado em Saúde Pública pela Escola de Higiene e Saúde Pública Johns Hopkins. Desde 1959 até à sua morte em 1974, Apgar trabalhou para a Fundação March of Dimes, servindo como vice-presidente para assuntos médicos e dirigindo o seu programa de investigação para prevenir e tratar defeitos de nascença.
Como a idade gestacional está directamente relacionada com a pontuação Apgar de uma criança, Apgar foi um dos primeiros na March of Dimes a chamar a atenção para o problema do nascimento prematuro, agora uma das principais prioridades da March of Dimes. Durante este tempo, escreveu e deu amplas palestras, escrevendo artigos em revistas populares, assim como trabalhos de investigação. Em 1967, Apgar tornou-se vice-presidente e director de investigação básica na The National Foundation-March of Dimes.
p>Durante a pandemia de rubéola de 1964-65, Apgar tornou-se um defensor da vacinação universal para prevenir a transmissão mãe-filho de rubéola. A rubéola pode causar graves perturbações congénitas se uma mulher ficar infectada durante a gravidez. Entre 1964 e 1965, os Estados Unidos tiveram cerca de 12,5 milhões de casos de rubéola, o que levou a 11.000 abortos espontâneos ou abortos terapêuticos e 20.000 casos de síndrome da rubéola congénita. Estes conduziram a 2.100 mortes na infância, 12.000 casos de surdez, 3.580 casos de cegueira devido a cataratas e/ou microftalmia e 1.800 casos de incapacidade intelectual. Só em Nova Iorque, a rubéola congénita afectou 1% de todos os bebés nascidos nessa altura.
Apgar também promoveu a utilização eficaz de testes Rh, que podem identificar mulheres em risco de transmissão de anticorpos maternos através da placenta, onde podem posteriormente ligar-se e destruir os glóbulos vermelhos fetais, resultando em hidropisia fetal ou mesmo aborto espontâneo.
Apgar viajou milhares de quilómetros por ano para falar a audiências muito variadas sobre a importância da detecção precoce de defeitos congénitos e a necessidade de mais investigação nesta área. Ela provou ser uma excelente embaixadora da Fundação Nacional, e o rendimento anual dessa organização mais do que duplicou durante o seu mandato. Também serviu a Fundação Nacional como Directora da Investigação Médica Básica (1967-1968) e Vice-Presidente para os Assuntos Médicos (1971-1974). As suas preocupações pelo bem-estar das crianças e famílias foram combinadas com o seu talento para ensinar no livro Is My Baby All Right? de 1972, escrito com Joan Beck.
p>Apgar foi também professora (1965-1971) e depois professora clínica (1971-1974) de pediatria na Faculdade de Medicina da Universidade de Cornell, onde ensinou teratologia (o estudo dos defeitos de nascença). Foi a primeira a ocupar um cargo docente nesta nova área da pediatria. Em 1973, foi nomeada professora de genética médica na Johns Hopkins School of Public Health.
Apgar publicou mais de sessenta artigos científicos e numerosos ensaios mais curtos para jornais e revistas durante a sua carreira, juntamente com o seu livro, Is My Baby All Right? Recebeu muitos prémios, incluindo doutoramentos honorários do Colégio Médico da Mulher da Pensilvânia (1964) e do Colégio Mount Holyoke (1965), o Prémio Elizabeth Blackwell da Associação Americana de Mulheres Médicas (1966), o Prémio de Serviço Distinto da Sociedade Americana de Anestesiologistas (1966), a Medalha de Ouro dos Antigos Alunos por Distinção do Colégio de Médicos e Cirurgiões da Universidade de Columbia (1973) e o Prémio Ralph M. Waters Award da Sociedade Americana de Anestesiologistas (1973). Em 1973 foi também eleita a Mulher do Ano em Ciência pelo Ladies Home Journal.
Apgar estava igualmente em casa, falando aos adolescentes como estava aos que se movem e agitam a sociedade. Falou em Março das Conferências da Juventude de Dimes sobre gravidez adolescente e doenças congénitas, numa altura em que estes temas eram considerados tabu.