Sottospecialità della chirurgia pediatrica stessa includono: chirurgia neonatale e chirurgia fetale.
Anche altre aree della chirurgia hanno specialità pediatriche proprie che richiedono ulteriore formazione durante le residenze e in una fellowship: cardiotoracica pediatrica (chirurgia sul cuore e/o sui polmoni del bambino, incluso il trapianto di cuore e/o di polmoni), chirurgia nefrologica pediatrica (chirurgia sui reni e sugli ureteri del bambino, incluso il trapianto di reni), neurochirurgia pediatrica (chirurgia sul cervello, sul sistema nervoso centrale, sul midollo spinale e sui nervi periferici del bambino), chirurgia urologica pediatrica (chirurgia sulla vescica urinaria del bambino e altre strutture sotto il rene necessarie per l’eiaculazione), chirurgia pediatrica d’urgenza, chirurgia che coinvolge feti o embrioni (sovrapposizione con la chirurgia ostetrico-ginecologica, neonatologia e medicina materno-fetale), chirurgia che coinvolge adolescenti o giovani adulti, chirurgia pediatrica epatologica (fegato) e gastrointestinale (stomaco e intestino) (incluso il trapianto di fegato e intestino nei bambini), chirurgia ortopedica pediatrica (chirurgia muscolare e ossea nei bambini), chirurgia plastica e ricostruttiva pediatrica (come per le ustioni, o per difetti congeniti come la palatoschisi che non coinvolgono gli organi principali), e chirurgia oncologica pediatrica (cancro infantile).